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Yorodumi- PDB-8bz5: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with HEPES -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bz5 | ||||||
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Title | Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with HEPES | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycosyltransferase | ||||||
Function / homology | Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Glycosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with HEPES Authors: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bz5.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bz5.ent.gz | 823.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bz5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8bz5_validation.pdf.gz | 3.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8bz5_full_validation.pdf.gz | 3.9 MB | Display | |
Data in XML | 8bz5_validation.xml.gz | 87.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8bz5_validation.cif.gz | 118.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8bz4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 71637.930 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Gene: APD94_03445 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A401AAP7 #2: Chemical | ChemComp-EPE / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5 20% (w/v) PEG 8,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.980112 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 9, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.980112 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→48.12 Å / Num. obs: 116033 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 49.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.121 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.295 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5688 / CC1/2: 0.596 / Rpim(I) all: 0.519 / Rrim(I) all: 1.396 / Rsym value: 1.295 / % possible all: 98.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 8BZ4 Resolution: 2.3→48.12 Å / SU ML: 0.3148 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.9564 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→48.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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