+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bz4 | ||||||
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Title | Crystal structure of the apo form of the L. monocytogenes RmlT | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycosyltransferase | ||||||
Function / homology | Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Glycosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.52 Å | ||||||
Authors | Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the apo form of the L. monocytogenes RmlT Authors: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bz4.cif.gz | 589 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bz4.ent.gz | 412.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bz4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 72200.672 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Gene: APD94_03445 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A401AAP7 #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M Succinic acid pH 7.0 10% (w/v) PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.978565 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978565 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.52→49.78 Å / Num. obs: 53098 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 52.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.218 / Rsym value: 0.21 / Net I/σ(I): 9.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.52→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.735 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4546 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 1.804 / Rsym value: 1.735 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.52→49.78 Å / SU ML: 0.3564 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.9867 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 73.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.52→49.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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