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- PDB-7z3p: Crystal structure of the mouse leptin:LepR-CRH2 encounter complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z3p
タイトルCrystal structure of the mouse leptin:LepR-CRH2 encounter complex to 1.95 A resolution.
要素
  • Leptin
  • Leptin receptor
キーワードCYTOKINE / leptin / obesity / leptin receptor / LepR / adipose tissue / hypothalamus / immune system
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of metabolic process / negative regulation of locomotor rhythm / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of eating behavior / regulation of lipoprotein lipid oxidation / cellular response to L-ascorbic acid / positive regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of glutamine transport / leptin receptor activity / negative regulation of appetite by leptin-mediated signaling pathway ...negative regulation of metabolic process / negative regulation of locomotor rhythm / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of eating behavior / regulation of lipoprotein lipid oxidation / cellular response to L-ascorbic acid / positive regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of glutamine transport / leptin receptor activity / negative regulation of appetite by leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of glucagon secretion / regulation of endothelial cell proliferation / regulation of natural killer cell proliferation / leptin receptor binding / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / protein-hormone receptor activity / positive regulation of luteinizing hormone secretion / regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / bone growth / regulation of natural killer cell activation / positive regulation of monoatomic ion transport / glycerol biosynthetic process / elastin metabolic process / leptin-mediated signaling pathway / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / regulation of steroid biosynthetic process / regulation of intestinal cholesterol absorption / regulation of bone remodeling / regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / adult feeding behavior / positive regulation of hepatic stellate cell activation / response to leptin / regulation of nitric-oxide synthase activity / bone mineralization involved in bone maturation / sexual reproduction / regulation of feeding behavior / regulation of lipid biosynthetic process / activation of protein kinase C activity / negative regulation of cartilage development / fatty acid catabolic process / ovulation from ovarian follicle / negative regulation of appetite / positive regulation of developmental growth / leukocyte tethering or rolling / energy reserve metabolic process / regulation of metabolic process / negative regulation of glucose import / prostaglandin secretion / bile acid metabolic process / tyrosine phosphorylation of STAT protein / cellular response to leptin stimulus / hormone metabolic process / regulation of protein localization to nucleus / cardiac muscle hypertrophy / aorta development / intestinal absorption / insulin secretion / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / peptide hormone receptor binding / cytokine receptor activity / negative regulation of vasoconstriction / eating behavior / regulation of gluconeogenesis / glycogen metabolic process / cytokine binding / fatty acid beta-oxidation / central nervous system neuron development / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / peptide hormone binding / regulation of insulin secretion / response to dietary excess / negative regulation of lipid storage / T cell differentiation / positive regulation of TOR signaling / response to vitamin E / glial cell proliferation / regulation of angiogenesis / adipose tissue development / negative regulation of gluconeogenesis / phagocytosis / energy homeostasis / cellular response to retinoic acid / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-12 production / cholesterol metabolic process / negative regulation of autophagy / response to activity / positive regulation of interleukin-8 production / gluconeogenesis / determination of adult lifespan / female pregnancy / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of protein phosphorylation / response to insulin / placenta development
類似検索 - 分子機能
Leptin / Leptin / Leptin receptor, immunoglobulin-like domain / Obesity receptor immunoglobulin like domain / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core ...Leptin / Leptin / Leptin receptor, immunoglobulin-like domain / Obesity receptor immunoglobulin like domain / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Leptin / Leptin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.943 Å
データ登録者Tsirigotaki, A. / Verschueren, K. / Savvides, S.N. / Verstraete, K.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0619N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Mechanism of receptor assembly via the pleiotropic adipokine Leptin.
著者: Alexandra Tsirigotaki / Ann Dansercoer / Koen H G Verschueren / Iva Marković / Christoph Pollmann / Maximillian Hafer / Jan Felix / Catherine Birck / Wouter Van Putte / Dominiek Catteeuw / ...著者: Alexandra Tsirigotaki / Ann Dansercoer / Koen H G Verschueren / Iva Marković / Christoph Pollmann / Maximillian Hafer / Jan Felix / Catherine Birck / Wouter Van Putte / Dominiek Catteeuw / Jan Tavernier / J Fernando Bazan / Jacob Piehler / Savvas N Savvides / Kenneth Verstraete /
要旨: The adipokine Leptin activates its receptor LEP-R in the hypothalamus to regulate body weight and exerts additional pleiotropic functions in immunity, fertility and cancer. However, the structure and ...The adipokine Leptin activates its receptor LEP-R in the hypothalamus to regulate body weight and exerts additional pleiotropic functions in immunity, fertility and cancer. However, the structure and mechanism of Leptin-mediated LEP-R assemblies has remained unclear. Intriguingly, the signaling-competent isoform of LEP-R is only lowly abundant amid several inactive short LEP-R isoforms contributing to a mechanistic conundrum. Here we show by X-ray crystallography and cryo-EM that, in contrast to long-standing paradigms, Leptin induces type I cytokine receptor assemblies featuring 3:3 stoichiometry and demonstrate such Leptin-induced trimerization of LEP-R on living cells via single-molecule microscopy. In mediating these assemblies, Leptin undergoes drastic restructuring that activates its site III for binding to the Ig domain of an adjacent LEP-R. These interactions are abolished by mutations linked to obesity. Collectively, our study provides the structural and mechanistic framework for how evolutionarily conserved Leptin:LEP-R assemblies with 3:3 stoichiometry can engage distinct LEP-R isoforms to achieve signaling.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leptin
B: Leptin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5254
ポリマ－43,3792
非ポリマー1462
水2,774154
1
A: Leptin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3812
ポリマ－17,3411
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leptin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1452
ポリマ－26,0391
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.727, 52.811, 89.055
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Leptin / Obesity factor


分子量: 17340.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Mouse leptin:CRH2 complex was produced in HEK293 FreeStyle cells in the presence of kifunensine.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lep, Ob / プラスミド: pTWIST-CMV-BetaGlobin / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Hek293 / Variant (発現宿主): FreeStyle / 参照: UniProt: P41160
#2: タンパク質 Leptin receptor / LEP-R / B219 / OB receptor / OB-R


分子量: 26038.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Prior the crystallisation, the N-terminal His-tag was removed by a proteolytic digest with TEV protease.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lepr, Db, Obr / プラスミド: pCAGS / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): FreeStyle / 参照: UniProt: P48356
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: BCS screen, condition H1 0.04 M Calcium chloride dihydrate 0.04 M sodium formate 0.1 M Tris pH 8.0 25% PEG Smear Low cryo: 20 % PEG 400
Temp details: Temperature-controlled cabinet

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cold nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日 / 詳細: HPM and KB mirrors
放射モノクロメーター: Si[111] monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→46.35 Å / Num. obs: 34115 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 44.417 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 16.08
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2017 / CC1/2: 0.346 / Rrim(I) all: 3.271 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSversion March 15, 2019データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ax8, 3v6o

1ax8

3v6o


解像度: 1.943→46.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Blow DPI: 0.121 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.12
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 2865 -RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.1937 34115 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.833 Å20 Å20 Å2
2--7.3322 Å20 Å2
3---4.5008 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.943→46.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2485 0 8 154 2647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082548HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.973470HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d873SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes415HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2548HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion342SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2082SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.88
LS精密化 シェル解像度: 1.943→1.96 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 66 -
Rwork0.2265 --
obs--72.75 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.81730.80162.072111.57172.66967.11050.04420.229-0.90830.229-0.01680.0262-0.90830.0262-0.02730.04250.06970.0297-0.0676-0.027-0.0213-23.66957.442-10.2269
213.315-1.43183.61598.237914.5529.3333-0.4098-1.12980.1871-1.12980.23440.62320.18710.62320.17540.3679-0.1405-0.0070.4330.01320.2228-33.964215.0942-1.646
328.495812.932112.965827.18119.06416.1071-0.17140.6020.55990.6020.735-0.52580.5599-0.5258-0.56360.00840.1230.24710.06490.02090.1915-33.1259-2.4514-0.8712
411.328-0.16195.53726.77634.732812.2694-0.21720.33690.06440.33690.08-0.25580.0644-0.25580.1372-0.05080.06750.0775-0.019-0.0167-0.0354-24.1416-0.9483-4.7102
519.2541.6595-0.331110.9391.616810.88270.02292.10480.03232.10481.34760.28070.03230.2807-1.37050.80190.58530.26370.42440.13760.3234-26.3677-0.52934.9156
610.813211.5361.115222.54686.06589.81720.1078-0.1823-1.2852-0.1823-0.5395-0.9252-1.2852-0.92520.43170.0280.19170.08730.0883-0.08420.0114-35.87936.9707-4.9432
725.24412.274-2.40110.5459-2.554331.6958-1.2557-0.7309-2.0723-0.73091.25322.6036-2.07232.60360.00250.5815-0.14770.08740.1271-0.38120.3097-22.002612.933.9426
84.0464-2.1658-0.46566.53190.76772.79670.0869-0.37790.4184-0.3779-0.07710.33090.41840.3309-0.0098-0.01780.05550.0384-0.06540.0093-0.0198-11.7557-12.8691-20.9015
92.4053-0.2864-0.0315.69060.8622.8234-0.0366-0.3090.27-0.3090.00820.09990.270.09990.0283-0.04050.04570.0115-0.13210.0315-0.0743-14.0963-14.2973-21.2168
101.0978-1.25740.84279.1075-4.69716.0538-0.071-0.4547-0.5398-0.4547-0.0376-0.0239-0.5398-0.02390.10860.13940.0236-0.0826-0.1394-0.0119-0.0856-21.206417.4418-34.17
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|22 - A|44 }A23 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|45 - A|71 }A45 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|72 - A|91 }A72 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|92 - A|115 }A92 - 115
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|116 - A|142 }A116 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|143 - A|160 }A143 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|161 - A|167 }A161 - 167
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|426 - B|481 }B426 - 481
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|482 - B|531 }B482 - 531
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|532 - B|630 }B532 - 630

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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