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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wrp | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of pks13-ACP domain from Corynebacterium diphtheriae | ||||||
要素 | Polyketide synthase involved in mycolic acid biosynthesis | ||||||
キーワード | RECOMBINATION (遺伝的組換え) / acyl-carrier protein | ||||||
機能・相同性 | 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Polyketide synthase involved in mycolic acid biosynthesis 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.794 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022 タイトル: Crystal structures of FadD32 and pks13-ACP domain from Corynebacterium diphtheriae. 著者: Chen, R. / Yuan, J. / Shi, X. / Tang, W. / Liu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wrp.cif.gz | 32.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wrp.ent.gz | 19.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wrp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/7wrp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/7wrp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6c4qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9349.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 参照: UniProt: A0A806GVW0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PNS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.59 % / Mosaicity: 0.83 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaAc??3H2O pH 4.6, 25% w/v PEG 4,000, VAPOR DIFFUSION, Sitting DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9784 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9784 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.794→50 Å / Num. obs: 13451 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.2 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 1.209 / Net I/σ(I): 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6c4q 解像度: 1.794→34.568 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.98 Å2 / Biso mean: 37.7649 Å2 / Biso min: 20.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.794→34.568 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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