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- PDB-1bw6: HUMAN CENTROMERE PROTEIN B (CENP-B) DNA BINDIGN DOMAIN RP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bw6
タイトルHUMAN CENTROMERE PROTEIN B (CENP-B) DNA BINDIGN DOMAIN RP1
要素PROTEIN (CENTROMERE PROTEIN B)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CENTROMERE PROTEIN / DNA-BINDING / HELIX-TURN-HELIX / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / centromeric DNA binding / condensed chromosome, centromeric region / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin / chromosome / sequence-specific DNA binding / nuclear body / chromatin binding / DNA binding ...satellite DNA binding / centromeric DNA binding / condensed chromosome, centromeric region / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin / chromosome / sequence-specific DNA binding / nuclear body / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Centromere protein CENP-B, C-terminal domain / CENP-B, dimerisation domain superfamily / Centromere protein B dimerisation domain / : / CENP-B N-terminal DNA-binding domain / DNA binding HTH domain, Psq-type / Psq-type HTH domain profile. / DDE superfamily endonuclease domain / HTH CenpB-type DNA-binding domain / DDE superfamily endonuclease ...Centromere protein CENP-B, C-terminal domain / CENP-B, dimerisation domain superfamily / Centromere protein B dimerisation domain / : / CENP-B N-terminal DNA-binding domain / DNA binding HTH domain, Psq-type / Psq-type HTH domain profile. / DDE superfamily endonuclease domain / HTH CenpB-type DNA-binding domain / DDE superfamily endonuclease / Tc5 transposase DNA-binding domain / CENPB-type HTH domain profile. / Putative DNA-binding domain in centromere protein B, mouse jerky and transposases. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Major centromere autoantigen B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Iwahara, J. / Kigawa, T. / Kitagawa, K. / Masumoto, H. / Okazaki, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: A helix-turn-helix structure unit in human centromere protein B (CENP-B).
著者: Iwahara, J. / Kigawa, T. / Kitagawa, K. / Masumoto, H. / Okazaki, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録1998年9月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CENTROMERE PROTEIN B)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5471
ポリマ－6,5471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 80
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CENTROMERE PROTEIN B)


分子量: 6546.627 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PHR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/PLYSS / 参照: UniProt: P07199

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: ENERGY-MINIMIZED STRUCTURE. THE STRUCTRURE WAS DETERMINED USING TRIPLE- RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED CENP-B DBD RP1.

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試料調製

試料状態イオン強度: 400 mM NA2SO4 / pH: 6 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX 500BrukerDMX 5005001
Bruker AMX 600BrukerAMX 6006002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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