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- PDB-2l55: Solution structure of the C-terminal domain of SilB from Cupriavi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l55
タイトルSolution structure of the C-terminal domain of SilB from Cupriavidus metallidurans
要素SilB,Silver efflux protein, MFP component of the three components proton antiporter metal efflux system
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / apo form / Ag(I)-binding site / Cu(I)-binding site / CusF ortholog
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane copper ion transport / copper ion export / transmembrane transporter activity / transition metal ion binding / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF superfamily / : / Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion ...Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF superfamily / : / Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Silver efflux protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Bersch, B. / Derfoufi, K. / Vandenbussche, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural and Metal Binding Characterization of the C-Terminal Metallochaperone Domain of Membrane Fusion Protein SilB from Cupriavidus metallidurans CH34.
著者: Bersch, B. / Derfoufi, K.M. / De Angelis, F. / Auquier, V. / Ngonlong Ekende, E. / Mergeay, M. / Ruysschaert, J.M. / Vandenbussche, G.
履歴
登録2010年10月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SilB,Silver efflux protein, MFP component of the three components proton antiporter metal efflux system


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5511
ポリマ－8,5511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 SilB,Silver efflux protein, MFP component of the three components proton antiporter metal efflux system / Silver efflux protein


分子量: 8550.808 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 440-521 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / 遺伝子: Rmet_6135, silB / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58AF3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HNCO
1423D HN(CA)CB
1523D HN(CO)CA
1623D HN(COCA)CB
1723D-intraHNCA
1823D-intraHN(CA)CB
1922D 1H-15N HADAMAC
11023D C(CO)NH
11113D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY
11332D 1H-1H NOESY
1141T1 relaxation
1151T1rho relaxation
1161T2 relaxation
1171Heteronuclear NOE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM MES, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM MES, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM MES, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSilB(440-521)-1[U-100% 15N]1
50 mMMES-21
1 mMSilB(440-521)-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMMES-42
1 mMSilB(440-521)-5[U-100% 15N]3
50 mMMES-63
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNMRSVarianVNMRS8001
Varian VNMRSVarianVNMRS6002
Varian VNMRSVarianVNMRS6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VnmrJVariancollection
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
バッチ法Lescop, Brutscherchemical shift assignment
UNIO08Torsten Herrmannpeak picking
UNIO08Torsten Herrmannchemical shift assignment
UNIO08Torsten Herrmann構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
curvefitAG Palmerデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdetermination of dihedral angles
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1 / 詳細: CYANA (UNIO08), CNS, CNS, water refinement
NMR constraintsNOE constraints total: 1597
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: -6.5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.39 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.022 Å / Distance rms dev error: 0.001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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