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- PDB-7vf4: Crystal structure of Vps75 from Candida albicans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vf4
タイトルCrystal structure of Vps75 from Candida albicans
要素Vps75
キーワードCHAPERONE / Candida albicans / Vps75 / Histone Chaperon / histone lysine acetylation / Rtt109
機能・相同性
機能・相同性情報


H3 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activator activity / protein modification process / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / chromatin / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP)
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 75
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, W. / Chen, X. / Yang, Z. / Chen, X. / Li, C. / Wang, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Other government2108085MC75 中国
Other government1808085MC53 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of histone chaperone Vps75 from Candida albicans.
著者: Wang, W. / Chen, X. / Yang, Z. / Chen, X. / Li, C. / Wang, M.
履歴
登録2021年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vps75
B: Vps75
C: Vps75
D: Vps75
E: Vps75
F: Vps75
G: Vps75
H: Vps75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,70120
ポリマ－224,3768
非ポリマー32612
水36020
1
A: Vps75
B: Vps75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2347
ポリマ－56,0942
非ポリマー1405
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
2
C: Vps75
D: Vps75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1404
ポリマ－56,0942
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area25320 Å2
手法PISA
3
E: Vps75
F: Vps75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1885
ポリマ－56,0942
非ポリマー943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
4
G: Vps75
H: Vps75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1404
ポリマ－56,0942
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.610, 137.170, 226.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))
21(chain B and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))
31(chain C and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))
41(chain D and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))
51(chain E and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))
61(chain F and resid 8 through 225)
71(chain G and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))
81(chain H and resid 8 through 225)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTYRTYR(chain A and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))AA8 - 1609 - 161
12ASPASPSERSER(chain A and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))AA167 - 225168 - 226
21LYSLYSTYRTYR(chain B and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))BB8 - 1609 - 161
22ASPASPSERSER(chain B and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))BB167 - 225168 - 226
31LYSLYSTYRTYR(chain C and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))CC8 - 1609 - 161
32ASPASPSERSER(chain C and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))CC167 - 225168 - 226
41LYSLYSTYRTYR(chain D and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))DD8 - 1609 - 161
42ASPASPSERSER(chain D and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))DD167 - 225168 - 226
51LYSLYSTYRTYR(chain E and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))EE8 - 1609 - 161
52ASPASPSERSER(chain E and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))EE167 - 225168 - 226
61LYSLYSSERSER(chain F and resid 8 through 225)FF8 - 2259 - 226
71LYSLYSTYRTYR(chain G and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))GG8 - 1609 - 161
72ASPASPSERSER(chain G and (resid 8 through 160 or resid 167 through 225))GG167 - 225168 - 226
81LYSLYSSERSER(chain H and resid 8 through 225)HH8 - 2259 - 226

-
要素

#1: タンパク質
Vps75


分子量: 28046.943 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
遺伝子: CAALFM_CR05890CA, orf19.6625 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D8PT39
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M cesium chloride, 0.1M MES monohydrate pH 6.5, 30% (v/v) Jeffamine M-600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 47803 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.953 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 613898
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.2112.71.36546650.8020.3941.4220.89598.8
3.21-3.3413.60.8747140.9210.2420.9040.90799.1
3.34-3.4913.50.54847050.9660.1530.5690.91399.2
3.49-3.6813.50.38547220.9780.1080.40.92799.3
3.68-3.9113.10.25547310.9870.0730.2650.9599.2
3.91-4.21120.16647640.9940.050.1740.98999.2
4.21-4.6313.50.12547900.9960.0350.130.98199.3
4.63-5.3130.10447940.9960.030.1081.00599.4
5.3-6.67120.09148590.9970.0270.0951.00699.5
6.67-5011.60.05650590.9990.0170.0590.96498.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q66

3q66


解像度: 3.1→37.75 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2922 2419 5.09 %
Rwork0.2445 45144 -
obs0.2468 47563 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.77 Å2 / Biso mean: 76.2979 Å2 / Biso min: 22.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→37.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14683 0 12 20 14715
Biso mean--60.62 48.63 -
残基数----1750
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8674X-RAY DIFFRACTION11.624TORSIONAL
12B8674X-RAY DIFFRACTION11.624TORSIONAL
13C8674X-RAY DIFFRACTION11.624TORSIONAL
14D8674X-RAY DIFFRACTION11.624TORSIONAL
15E8674X-RAY DIFFRACTION11.624TORSIONAL
16F8674X-RAY DIFFRACTION11.624TORSIONAL
17G8674X-RAY DIFFRACTION11.624TORSIONAL
18H8674X-RAY DIFFRACTION11.624TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.160.4491360.39112545268198
3.16-3.230.41021390.34562661280099
3.23-3.310.35291420.32352616275899
3.31-3.390.3441380.31412621275999
3.39-3.480.35271520.28552650280299
3.48-3.580.34121190.28082624274399
3.58-3.70.29881360.27082637277399
3.7-3.830.31551490.25722660280999
3.83-3.980.26131450.25382634277999
3.98-4.170.32061670.23842621278899
4.17-4.390.27491290.22232658278799
4.39-4.660.28191470.21152667281499
4.66-5.020.25771570.21322676283399
5.02-5.520.27461450.2112690283599
5.52-6.320.29881540.22832682283699
6.32-7.940.29971380.24952740287899
7.95-37.750.22221260.21162762288895

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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