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- PDB-7v6w: Crystal structure of heterohexameric Sa2YoeB-Sa2YefM complex boun... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v6w

タイトル

Crystal structure of heterohexameric Sa2YoeB-Sa2YefM complex bound to 26bp-DNA

要素

Antitoxin
DNA (25-MER)
DNA (26-MER)
Putative mRNA interferase YoeB

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/ANTITOXIN/DNA / Toxin-antitoxin-DNA ternary complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-ANTITOXIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA catabolic process / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Xue, L. / Khan, M.H. / Yue, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The two paralogous copies of the YoeB-YefM toxin-antitoxin module in Staphylococcus aureus differ in DNA binding and recognition patterns.
著者: Xue, L. / Khan, M.H. / Yue, J. / Zhu, Z. / Niu, L.

履歴

登録	2021年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v6w.cif.gz	611.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v6w.ent.gz	416.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v6w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7v6w_validation.pdf.gz	519.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v6w_full_validation.pdf.gz	526.4 KB	表示
XML形式データ	7v6w_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	7v6w_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/7v6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/7v6w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7v5ySC 7v5zC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7v6w-2 6l8e-2 4dxe-2 3zkd-3 6l8e-1 3zkb-6 6rh2-d 3zkb-7 1kyq-1 6rh1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

F: Putative mRNA interferase YoeB

B: Antitoxin

C: Antitoxin

A: Antitoxin

E: Putative mRNA interferase YoeB

M: Putative mRNA interferase YoeB

L: Antitoxin

I: Antitoxin

K: Antitoxin

N: Putative mRNA interferase YoeB

D: Antitoxin

J: Antitoxin

G: DNA (26-MER)

H: DNA (25-MER)

P: DNA (25-MER)

O: DNA (26-MER)

153 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

F: Putative mRNA interferase YoeB

B: Antitoxin

C: Antitoxin

A: Antitoxin

E: Putative mRNA interferase YoeB

D: Antitoxin

G: DNA (26-MER)

H: DNA (25-MER)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
76.7 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

M: Putative mRNA interferase YoeB

L: Antitoxin

I: Antitoxin

K: Antitoxin

N: Putative mRNA interferase YoeB

J: Antitoxin

P: DNA (25-MER)

O: DNA (26-MER)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.7 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	236.609, 66.358, 129.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質	Putative mRNA interferase YoeB / Toxin YoeB 分子量: 10808.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: SAOUHSC_02756 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FVF8
#2: タンパク質	Antitoxin / Sa2YefM 分子量: 9783.692 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: SAOUHSC_02757 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FVF7
#3: DNA鎖	DNA (26-MER) 分子量: 7978.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
#4: DNA鎖	DNA (25-MER) 分子量: 7996.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.85 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 15% v/v 2-Propanol, 0.001 M Hexamine cobalt (III) chloride, 0.001 M Spermine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 66262 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / Num. unique obs: 3168 / CC_1/2: 0.79

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7V5Y

7v5y

解像度: 2.55→49.95 Å / SU ML: 0.3093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9852
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2309	3328	5.03 %
R_work	0.1906	62825	-
obs	0.1926	66153	98.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→49.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7595	2083	0	113	9791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	10066
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4753	14048
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0392	1563
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0021	1443
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.8779	5732

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.59	0.3332	138	0.2735	2728	X-RAY DIFFRACTION	87.27
2.59-2.64	0.3035	144	0.2759	3062	X-RAY DIFFRACTION	95.5
2.64-2.69	0.3584	162	0.2822	3018	X-RAY DIFFRACTION	96.39
2.69-2.74	0.3195	134	0.2752	3080	X-RAY DIFFRACTION	96.63
2.74-2.8	0.3031	150	0.2559	3089	X-RAY DIFFRACTION	97.27
2.8-2.87	0.3106	165	0.2461	3082	X-RAY DIFFRACTION	97.27
2.87-2.94	0.2877	153	0.2462	3105	X-RAY DIFFRACTION	98.43
2.94-3.02	0.2743	173	0.2318	3179	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3.02-3.11	0.2838	175	0.2237	3090	X-RAY DIFFRACTION	99.18
3.11-3.21	0.24	173	0.213	3157	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.21-3.32	0.276	188	0.2057	3153	X-RAY DIFFRACTION	98.85
3.32-3.46	0.2063	170	0.1777	3137	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.46-3.61	0.2034	159	0.1766	3192	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.61-3.8	0.2387	182	0.1882	3177	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.8-4.04	0.2244	178	0.184	3190	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.04-4.35	0.1905	169	0.1548	3190	X-RAY DIFFRACTION	99.2
4.35-4.79	0.1843	179	0.1478	3238	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.79-5.49	0.2196	164	0.1676	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
5.49-6.91	0.2199	178	0.1899	3285	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.91-49.95	0.1939	194	0.1622	3409	X-RAY DIFFRACTION	98.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.10007632666	-0.943631933027	-2.50361220296	5.38175660038	0.0180162089569	3.66207236095	-0.540648231363	-0.261926616702	0.882471733682	0.645245761293	0.0370705106065	0.0169606903699	-0.0969226961404	1.25375733326	0.264021359569	0.514387810903	-0.144433974184	-0.0287988336141	0.475397547683	-0.291297203133	0.607769762849	284.470973162	30.4407814153	66.9221947111
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64	9.00456889261	-0.530786956027	1.8627538468	8.48505826848	4.20913395729	9.76204161297	1.23381824779	0.313339698154	-0.631254653755	-1.53035117612	-0.547111791744	-1.51536948347	0.372227880222	0.418806125934	-0.933148273211	0.760774505251	0.245595069106	0.0232864689935	0.906706063761	-0.167397704931	0.459531651208	295.110588488	-0.302801329072	-23.6977189107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 10 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 52 through 88 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 12 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 13 through 33 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 34 through 42 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 43 through 57 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 58 through 69 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 70 through 76 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 77 through 85 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 5 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 6 through 33 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 34 through 42 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 43 through 56 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 1 through 12 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 13 through 22 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 23 through 42 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 43 through 58 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 0 through 37 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 38 through 88 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'M' and (resid 1 through 22 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'M' and (resid 23 through 51 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'M' and (resid 52 through 88 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'L' and (resid 1 through 12 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'L' and (resid 13 through 42 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'L' and (resid 43 through 57 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'L' and (resid 58 through 69 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'L' and (resid 70 through 85 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'I' and (resid 1 through 37 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'I' and (resid 38 through 56 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'K' and (resid 1 through 23 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'K' and (resid 24 through 29 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'K' and (resid 30 through 42 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'K' and (resid 43 through 58 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'N' and (resid 1 through 37 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'N' and (resid 38 through 51 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'N' and (resid 52 through 56 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'N' and (resid 57 through 82 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'N' and (resid 83 through 88 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 1 through 12 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 13 through 29 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'D' and (resid 30 through 42 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'D' and (resid 43 through 57 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'D' and (resid 58 through 76 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'D' and (resid 77 through 84 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'J' and (resid 1 through 5 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'J' and (resid 6 through 22 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'J' and (resid 23 through 33 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'J' and (resid 34 through 42 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 43 through 57 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 58 through 68 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 69 through 76 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 77 through 85 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'G' and (resid 1 through 10 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'G' and (resid 11 through 26 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 1 through 10 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 11 through 25 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'P' and (resid 1 through 5 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'P' and (resid 6 through 10 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'P' and (resid 11 through 26 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'O' and (resid 1 through 10 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'O' and (resid 11 through 15 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'O' and (resid 16 through 20 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'O' and (resid 21 through 26 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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