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Yorodumi- PDB-4dxe: 2.52 Angstrom resolution crystal structure of the acyl-carrier-pr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dxe | ||||||
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Title | 2.52 Angstrom resolution crystal structure of the acyl-carrier-protein synthase (AcpS)-acyl carrier protein (ACP) protein-protein complex from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / acyl-carrier-protein synthase / acyl carrier protein / type II fatty acid synthesis pathway / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Function / homology | Function and homology information holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.51 Å | ||||||
Authors | Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: 2.52 Angstrom resolution crystal structure of the acyl-carrier-protein synthase (AcpS)-acyl carrier protein (ACP) protein-protein complex from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL Authors: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dxe.cif.gz | 468.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dxe.ent.gz | 387.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dxe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4dxe_validation.pdf.gz | 553.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4dxe_full_validation.pdf.gz | 572.3 KB | Display | |
Data in XML | 4dxe_validation.xml.gz | 42.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4dxe_validation.cif.gz | 58.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dxe | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1f80S 3f09 S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Details | THE ACPS-ACP COMPLEX IS FORMED BY TRIMERIC ACPS ENZYME THAT BINDS THREE ACP PROTEINS |
-Components
#1: Protein | Mass: 16371.500 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: Staphylococcus aureus subsp. aureus COL / Gene: acpS, SACOL2061 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21/Magic References: UniProt: Q5HED0, holo-[acyl-carrier-protein] synthase #2: Protein | Mass: 11301.322 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: Staphylococcus aureus subsp. aureus COL / Gene: acpP, apcP, SACOL1247 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21/Magic / References: UniProt: Q5HGK0 #3: Chemical | ChemComp-MLI / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: AcpS:ACP 1:1 molar ratio (0.33:0.33 mM) in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 0.5 M NaCl, 5 mM BME. The PACT suite B2 (#14: 0.1 M MIB buffer pH 5.0, 25 %(w/v) PEG1500), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.97928 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2012 / Details: mirror | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111)Channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97928 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.51→30 Å / Num. all: 36820 / Num. obs: 36820 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 49.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 13.34 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.51→2.56 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique all: 1863 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3F09 (AcpS), 1F80 (ACP) Resolution: 2.51→28.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 26.111 / SU ML: 0.244 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.071 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.391 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.51→28.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.51→2.572 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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