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Yorodumi- PDB-7v5y: Crystal structure of hexameric complex of Sa2YoeB-Sa2YefM toxin-a... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7v5y | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of hexameric complex of Sa2YoeB-Sa2YefM toxin-antitoxin from Staphylococcus aureus | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | ANTITOXIN / Toxin/antitoxin | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationRNA catabolic process / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Xue, L. / Khan, M.H. / Yue, J. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2022Title: The two paralogous copies of the YoeB-YefM toxin-antitoxin module in Staphylococcus aureus differ in DNA binding and recognition patterns. Authors: Xue, L. / Khan, M.H. / Yue, J. / Zhu, Z. / Niu, L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7v5y.cif.gz | 246.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7v5y.ent.gz | 165.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7v5y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7v5y_validation.pdf.gz | 466 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7v5y_full_validation.pdf.gz | 468.3 KB | Display | |
| Data in XML | 7v5y_validation.xml.gz | 17.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 7v5y_validation.cif.gz | 25.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v5y | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7v5zC ![]() 7v6wC ![]() 2a6qS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 9783.692 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (bacteria)Strain: NCTC 8325 / PS 47 / Gene: SAOUHSC_02757 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 10670.266 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (bacteria)Strain: NCTC 8325 / PS 47 / Gene: SAOUHSC_02756 / Production host: ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97791 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 20, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97791 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 26095 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 40.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.7 |
| Reflection shell | Resolution: 2.25→2.29 Å / Num. unique obs: 1296 / CC1/2: 0.845 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2A6Q Resolution: 2.25→48.56 Å / SU ML: 0.2272 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.8148 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 51.06 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→48.56 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
Citation












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