PDB-7u1i: Crystal structure of Pisum sativum vicilin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u1i

タイトル

Crystal structure of Pisum sativum vicilin

要素

Vicilin

キーワード

ALLERGEN (アレルゲン) /

Pisum Sativum (エンドウ) / Pis s 1 /

Vicilin / Seed Storage Protein

機能・相同性

Cupin /

Cupin 1 /

Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold /

Vicilin

機能・相同性情報

生物種

Pisum sativum (エンドウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Beavington, B.A.G. / Bakestani, I.D. / Robinson, K.A. / Loewen, M.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Food Chem (Oxf) / 年: 2022
タイトル: Pea and lentil 7S globulin crystal structures with comparative immunoglobulin epitope mapping.
著者: Robinson, K.A. / St-Jacques, A.D. / Bakestani, I.D. / Beavington, B.A.G. / Loewen, M.C.

履歴

登録	2022年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u1i.cif.gz	418.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u1i.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/7u1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/7u1i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7u1hC 7u1jC 1uikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s7i-1 6v7j-d 6v7g-1 2eaa-d 1ipk-d 1uij-2 2cau-1 5vf5-2 6v7l-d 3smh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Vicilin

B: Vicilin

C: Vicilin

146 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.316, 52.688, 127.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.193, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Vicilin / 分子量: 48786.293 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q702P1
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.075M Sodium fluoride, 0.1M Bis-tris propane, 10% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→98.104 Å / Num. obs: 20422 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.288 / Num. unique obs: 20422 / CC_1/2: 0.878 / R_pim(I) all: 0.278 / R_rim(I) all: 0.401

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UIK

1uik

解像度: 3.1→98.104 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.835 / WR_factor R_free: 0.271 / WR_factor R_work: 0.177 / SU B: 26.175 / SU ML: 0.449 / Average fsc free: 0.8659 / Average fsc work: 0.9043 / 交差検証法: NONE / ESU R Free: 0.63 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	1022	5.007 %
R_work	0.1847	19391	-
all	0.19	-	-
obs	-	20413	84.386 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.421 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.951 Å²	0 Å²	-2.324 Å²
2-	-	1.555 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.788 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→98.104 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8488	0	0	20	8508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	8633
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8297
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.634	11682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.113	1.579	19067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.17	5	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.457	24.083	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.108	15	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.876	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	8719
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	4013
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4599
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.073	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.267	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.049	4.844	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.049	4.844	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.982	7.256	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.981	7.257	5373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.862	5.066	4320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.862	5.066	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.809	7.491	6310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.809	7.491	6311
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.734	56.824	9209
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.734	56.822	9209

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.18	0.371	81	0.287	1382	X-RAY DIFFRACTION	84.6644
3.18-3.267	0.304	64	0.243	1483	X-RAY DIFFRACTION	87.9977
3.267-3.362	0.364	77	0.22	1357	X-RAY DIFFRACTION	86.8039
3.362-3.466	0.347	69	0.228	1325	X-RAY DIFFRACTION	85.7319
3.466-3.579	0.308	58	0.225	1318	X-RAY DIFFRACTION	86.6499
3.579-3.705	0.32	83	0.208	1247	X-RAY DIFFRACTION	87.156
3.705-3.844	0.292	53	0.186	1226	X-RAY DIFFRACTION	86.1279
3.844-4.001	0.269	70	0.169	1161	X-RAY DIFFRACTION	85.6646
4.001-4.179	0.25	52	0.158	1074	X-RAY DIFFRACTION	84.4711
4.179-4.383	0.225	48	0.152	1048	X-RAY DIFFRACTION	82.5301
4.383-4.619	0.26	62	0.142	980	X-RAY DIFFRACTION	83.4936
4.619-4.899	0.243	49	0.146	961	X-RAY DIFFRACTION	84.6605
4.899-5.237	0.31	48	0.155	874	X-RAY DIFFRACTION	82.8392
5.237-5.656	0.209	39	0.164	827	X-RAY DIFFRACTION	83.1094
5.656-6.194	0.251	35	0.174	767	X-RAY DIFFRACTION	83.2814
6.194-6.923	0.4	38	0.185	667	X-RAY DIFFRACTION	80.5714
6.923-7.99	0.256	34	0.17	576	X-RAY DIFFRACTION	78.4062
7.99-9.777	0.215	31	0.149	506	X-RAY DIFFRACTION	80.6306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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