PDB-7u1j: Crystal structure of Pisum sativum convicilin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u1j

タイトル

Crystal structure of Pisum sativum convicilin

要素

Convicilin

キーワード

ALLERGEN / Cupin / Vicilin / Convicilin / Pea / Seed Storage Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

aleurone grain / nutrient reservoir activity / vacuole
類似検索 - 分子機能

生物種

Pisum sativum (エンドウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.701 Å

データ登録者

Bakestani, I.D. / Robinson, K.A. / Loewen, M.C.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Food Chem (Oxf) / 年: 2022
タイトル: Pea and lentil 7S globulin crystal structures with comparative immunoglobulin epitope mapping.
著者: Robinson, K.A. / St-Jacques, A.D. / Bakestani, I.D. / Beavington, B.A.G. / Loewen, M.C.

履歴

登録	2022年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u1j.cif.gz	419.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u1j.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/7u1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/7u1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7u1hC 7u1iC 1uikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Convicilin

B: Convicilin

C: Convicilin

142 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Convicilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
142 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Convicilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Convicilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	269.155, 269.155, 269.155
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	196
Space group name H-M	F23

#1: タンパク質	Convicilin 分子量: 47440.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: cvc 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9M3X6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.15M Ammonium Acetate, 25% PEG3350, 0.05M Bis Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→134.941 Å / Num. obs: 44137 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.81 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.554 / Num. unique obs: 4997 / CC_1/2: 0.811 / R_pim(I) all: 0.359 / R_rim(I) all: 0.663

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UIK

1uik

解像度: 2.701→134.941 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.863 / WR_factor R_free: 0.27 / WR_factor R_work: 0.204 / SU B: 13.705 / SU ML: 0.28 / Average fsc free: 0.8761 / Average fsc work: 0.8982 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.604 / ESU R Free: 0.347 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	2246	5.089 %
R_work	0.2149	41888	-
all	0.218	-	-
obs	-	44134	99.772 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.743 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.701→134.941 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8329	0	0	120	8449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	8475
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.768	1.639	11463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.223	1.581	18875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.561	5	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.477	23.633	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.004	15	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.163	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	8021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	3799
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4940
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.068	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.045	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.096	4.363	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.096	4.363	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.28	6.523	5159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.28	6.524	5160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.44	4.887	4331
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.44	4.887	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.96	7.124	6304
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.959	7.124	6305
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.667	49.736	8719
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.666	49.74	8719

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.701-2.771	0.384	151	0.304	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.847	0.362	166	0.261	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.847-2.929	0.334	136	0.247	2978	X-RAY DIFFRACTION	99.9679
2.929-3.019	0.299	133	0.231	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.019-3.118	0.309	140	0.243	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.118-3.228	0.331	140	0.243	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.228-3.349	0.287	143	0.229	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.349-3.486	0.272	127	0.217	2483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.486-3.641	0.285	125	0.218	2367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.641-3.819	0.315	120	0.217	2283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.819-4.025	0.255	144	0.195	2095	X-RAY DIFFRACTION	97.0525
4.025-4.269	0.266	112	0.186	2040	X-RAY DIFFRACTION	99.9536
4.269-4.564	0.24	122	0.177	1902	X-RAY DIFFRACTION	100
4.564-4.929	0.266	101	0.17	1804	X-RAY DIFFRACTION	100
4.929-5.399	0.228	115	0.183	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
5.399-6.035	0.249	80	0.206	1502	X-RAY DIFFRACTION	100
6.035-6.967	0.28	82	0.209	1332	X-RAY DIFFRACTION	100
6.967-8.528	0.302	56	0.192	1137	X-RAY DIFFRACTION	99.6658

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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