[日本語] English
万見
- PDB-7tzp: Crystal Structure of Putataive Short-Chain Dehydrogenase/Reductas... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tzp
タイトルCrystal Structure of Putataive Short-Chain Dehydrogenase/Reductase (FabG) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 in Complex with NADH
要素3-oxoacyl-ACP reductase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / FabG / NADH
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / 3-oxoacyl-ACP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae.
著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-ACP reductase
B: 3-oxoacyl-ACP reductase
C: 3-oxoacyl-ACP reductase
D: 3-oxoacyl-ACP reductase
E: 3-oxoacyl-ACP reductase
F: 3-oxoacyl-ACP reductase
G: 3-oxoacyl-ACP reductase
H: 3-oxoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,60960
ポリマ－209,9828
非ポリマー5,62752
水12,556697
1
A: 3-oxoacyl-ACP reductase
B: 3-oxoacyl-ACP reductase
C: 3-oxoacyl-ACP reductase
D: 3-oxoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,76330
ポリマ－104,9914
非ポリマー2,77226
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17570 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
2
E: 3-oxoacyl-ACP reductase
F: 3-oxoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子

E: 3-oxoacyl-ACP reductase
F: 3-oxoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,53826
ポリマ－104,9914
非ポリマー2,54722
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_454-x-1/2,y,-z-1/21
Buried area16920 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area32610 Å2
手法PISA
3
G: 3-oxoacyl-ACP reductase
H: 3-oxoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子

G: 3-oxoacyl-ACP reductase
H: 3-oxoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,15434
ポリマ－104,9914
非ポリマー3,16330
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+1/2,y,-z-1/21
Buried area17580 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area32640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.387, 256.020, 260.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-535-

HOH

21F-438-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
3-oxoacyl-ACP reductase / 3-oxoacyl-ACP reductase FabG


分子量: 26247.744 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (肺炎桿菌)
遺伝子: fabG_6, DBX64_14690, SAMEA4364603_02057 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic
参照: UniProt: A0A332H2K8, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

-
非ポリマー , 6種, 749分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.68 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 13.0 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: ComPAS (A2), 0.5M Potassium chloride, 12% (w/v) PEGr800, 10% (w/v) Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月18日 / 詳細: Be
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 82427 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.169 / Rsym value: 0.157 / Χ2: 1.163 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.229 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4121 / CC1/2: 0.76 / CC star: 0.929 / Rpim(I) all: 0.475 / Rrim(I) all: 1.318 / Rsym value: 1.229 / Χ2: 1.003 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 18.357 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 4266 5.2 %RANDOM
Rwork0.1892 ---
obs0.1911 78066 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 169.1 Å2 / Biso mean: 49.129 Å2 / Biso min: 5.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å2-0 Å20 Å2
2---0.57 Å2-0 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14369 0 344 700 15413
Biso mean--54.71 41.9 -
残基数----1962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01314931
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.01514586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.63920158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2261.5833358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.39551970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.65722.181697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg6.105152272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.51815106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.22052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023379
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 281 -
Rwork0.285 5715 -
all-5996 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3816-0.21550.79652.9283-0.96524.17950.11190.06340.34320.1542-0.03790.0449-0.3819-0.211-0.0740.26040.07120.14250.17160.06070.10579.18-37.673-26.667
22.2459-1.8608-1.76164.40231.9933.4350.19250.00770.2356-0.1653-0.0431-0.2548-0.06130.0936-0.14930.23840.01890.10320.34040.03870.090316.831-51.645-26.225
31.7147-0.8582-1.76331.3588-0.00873.70860.0841-0.11530.04060.0799-0.03820.0747-0.05580.06-0.04590.37620.02820.07950.37970.03290.16627.313-55.181-22.974
41.00460.6764-0.52982.64410.13316.03620.09780.27540.202-0.4072-0.08940.1907-0.364-0.1639-0.00840.22240.08530.04950.330.05890.06320.015-53.513-35.273
54.6324-1.4749-1.16631.7315-1.53944.60950.05650.0206-0.17480.15710.0535-0.00750.4120.0146-0.110.47020.03210.00790.4675-0.00740.239826.018-86.539-21.215
61.2503-1.0083-0.3244.08071.25170.92910.05890.00050.02530.0953-0.1103-0.2540.08970.11850.05130.48270.03550.06650.50720.04120.233526.911-72.25-25.346
71.22850.30191.244.23512.36095.83330.16890.15380.0258-0.1209-0.0089-0.13560.0420.0146-0.160.31880.0470.02320.39940.00880.100314.321-72.367-27.443
81.59080.2143-0.32661.7025-0.11057.07110.0755-0.1328-0.11110.2421-0.1177-0.0140.11150.33410.04210.1987-0.0084-00.2218-0.01230.010610.982-79.53-13.703
94.914-0.61781.0715.3951-0.40687.49710.1894-0.0767-0.2464-0.144-0.1103-0.11120.73510.4933-0.07910.4497-0.0111-0.12930.3241-0.13080.2326-1.388-98.055-27.207
101.7544-0.36260.08912.9453-0.56081.77810.21940.1278-0.5001-0.2705-0.020.57760.339-0.2327-0.19940.3834-0.0846-0.1680.4232-0.08410.3282-15.107-92.119-26.696
112.5385-0.7951.6351.8508-0.87873.89260.1934-0.1198-0.0508-0.0263-0.03890.35410.1298-0.222-0.15450.3338-0.0397-0.04030.3536-0.06930.1475-6.717-81.906-23.124
122.41770.11921.62852.2485-0.11348.60910.16750.2848-0.1183-0.5165-0.24290.33170.4444-0.16240.07530.22990.0583-0.08650.2683-0.09320.0670.451-83.294-35.507
134.3569-1.46060.01625.3653.56944.81260.1082-0.10660.36460.1157-0.11440.8247-0.6624-0.61470.00620.48010.11490.13750.5890.02550.5822-25.472-50.752-20.478
145.49841.14281.76529.07912.91354.64790.20240.15660.52150.3112-0.19040.9628-0.2486-0.6402-0.0120.07740.13360.09890.4080.06390.3831-30.41-56.952-26.943
151.3588-1.15630.26564.67-3.50174.87750.14550.08070.0883-0.1048-0.05870.6410.1026-0.1854-0.08670.2309-0.0535-0.02980.4338-0.00750.3161-22.596-72.422-22.627
161.36220.4247-0.93822.4544-0.31831.4570.1930.2150.0355-0.1899-0.01260.46330.0936-0.1775-0.18040.31690.04120.02550.4075-0.00410.2276-14.061-63.983-25.776
171.18610.31180.69131.3599-2.469310.51640.1401-0.0120.22910.2595-0.05560.3025-0.1419-0.3924-0.08440.2434-0.00170.1240.2729-0.00630.1207-9.823-57.593-13.912
181.85950.50860.0153.1583-0.32832.30170.0809-0.52950.39410.67-0.06920.1444-0.0239-0.0314-0.01170.4381-0.0558-0.14920.3902-0.19710.352-31.417-105.164-36.552
194.80514.7744-3.99710.5411-7.38618.51640.0308-0.23220.09880.4149-0.0998-0.5696-0.11880.29040.06910.2175-0.0603-0.17870.2493-0.10.3093-22.311-108.248-49.564
202.74681.6947-1.48362.9183-1.0272.990.1727-0.22340.14660.0471-0.1538-0.11210.10310.183-0.01890.3884-0.0336-0.1490.3597-0.10120.3608-33.648-110.211-52.142
2112.34443.07375.82268.3258-2.016112.9133-0.09210.66611.0433-0.22440.03460.0148-0.78871.53140.05750.4882-0.0798-0.00850.2133-0.12040.7897-35.598-85.69-51.36
222.4598-0.2430.47354.9612-0.67673.1828-0.0272-0.4980.44050.56710.05670.3025-0.2004-0.3233-0.02950.1924-0.0124-0.07840.2343-0.16530.3213-44.107-103.066-49.325
235.60962.2919-2.5934.67842.76525.8777-0.25240.3962-0.1688-0.67640.2547-0.5440.01340.5195-0.00240.59840.21330.18030.85590.11720.7063-13.982-111.411-82.209
242.7965-0.8702-0.52763.93110.58093.67460.07240.3890.2339-0.2307-0.1331-0.5560.03270.87330.06070.0395-0.01730.03590.50320.07090.416-9.033-104.681-75.87
252.53472.0097-1.491211.4906-7.03087.6327-0.13810.2030.1312-0.00610.0074-0.69950.13420.35790.13070.0651-0.0128-0.1160.1974-0.06660.3036-17.589-109.203-61.094
261.97350.28211.422.35890.22282.61660.17270.19270.2299-0.05210.0277-0.25060.21450.3605-0.20040.1580.0618-0.02150.1660.01870.178-27.862-112.402-72.423
275.99590.8714-1.93342.5756-0.17543.0631-0.11580.2109-0.1161-0.26690.1942-0.25080.08850.1222-0.07830.3083-0.049-0.02540.25890.0160.114836.65-95.061-97.478
281.8366-0.8719-0.84282.40221.39833.2641-0.09630.0445-0.1594-0.22950.17480.3167-0.0253-0.1925-0.07850.2954-0.0685-0.10070.33470.09330.195824.385-98.49-85.466
291.62-1.1344-1.02891.03370.08782.74390.0387-0.0288-0.1455-0.01740.06190.08370.267-0.1968-0.10060.3859-0.0453-0.07270.37580.06010.24434.265-100.304-78.978
301.63090.18230.00555.8497-0.6323.8098-0.0109-0.02190.2671-0.27770.37080.1211-0.5292-0.0322-0.360.161-0.061-0.00380.26250.03090.117241.568-87.823-80.007
313.7961-0.79621.19145.0906-1.8186.01370.0277-0.2533-0.28390.31570.35330.39830.1972-0.8232-0.3810.0701-0.0570.02650.45060.17850.123411.461-99.7-51.973
321.4555-1.6147-1.57949.05386.28076.4449-0.0817-0.2399-0.1612-0.05710.15050.41630.1625-0.2654-0.06890.1837-0.0523-0.06250.30990.12340.152917.848-101.571-70.933
330.62671.20090.28532.50641.04394.2052-0.04450.01580.0197-0.0910.22130.11960.0217-0.2589-0.17670.193-0.0082-0.02670.39780.10820.203225.522-96.895-61.544
342.1971-1.33040.61398.7303-1.66391.4384-0.0547-0.0859-0.292-0.46680.38390.43230.435-0.217-0.32930.2778-0.0769-0.07880.21880.04530.087329.598-109.362-54.768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3A128 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4A188 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6B50 - 129
7X-RAY DIFFRACTION7B130 - 183
8X-RAY DIFFRACTION8B184 - 244
9X-RAY DIFFRACTION9C0 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10C32 - 127
11X-RAY DIFFRACTION11C128 - 187
12X-RAY DIFFRACTION12C188 - 244
13X-RAY DIFFRACTION13D0 - 49
14X-RAY DIFFRACTION14D50 - 90
15X-RAY DIFFRACTION15D91 - 128
16X-RAY DIFFRACTION16D129 - 188
17X-RAY DIFFRACTION17D189 - 244
18X-RAY DIFFRACTION18E1 - 98
19X-RAY DIFFRACTION19E99 - 128
20X-RAY DIFFRACTION20E129 - 183
21X-RAY DIFFRACTION21E184 - 204
22X-RAY DIFFRACTION22E205 - 244
23X-RAY DIFFRACTION23F0 - 49
24X-RAY DIFFRACTION24F50 - 88
25X-RAY DIFFRACTION25F89 - 129
26X-RAY DIFFRACTION26F130 - 244
27X-RAY DIFFRACTION27G-2 - 60
28X-RAY DIFFRACTION28G61 - 127
29X-RAY DIFFRACTION29G128 - 187
30X-RAY DIFFRACTION30G188 - 244
31X-RAY DIFFRACTION31H-1 - 90
32X-RAY DIFFRACTION32H91 - 127
33X-RAY DIFFRACTION33H128 - 188
34X-RAY DIFFRACTION34H189 - 244

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る