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Yorodumi- PDB-7tzp: Crystal Structure of Putataive Short-Chain Dehydrogenase/Reductas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tzp | ||||||
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Title | Crystal Structure of Putataive Short-Chain Dehydrogenase/Reductase (FabG) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 in Complex with NADH | ||||||
Components | 3-oxoacyl-ACP reductase | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / FabG / NADH | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Microbiol Resour Announc / Year: 2023 Title: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae. Authors: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...Authors: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7tzp.cif.gz | 747.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7tzp.ent.gz | 631.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7tzp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7tzp_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7tzp_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 7tzp_validation.xml.gz | 76.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7tzp_validation.cif.gz | 105.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/7tzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/7tzp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6dt3C 6duxC 6dvvC 6dxnC 6e85C 6nauC 6nbgC 6ndiC 6wn5C 6wn8C 6x1lC 7rjjC 7tl5C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 26247.744 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (bacteria) Gene: fabG_6, DBX64_14690, SAMEA4364603_02057 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): magic References: UniProt: A0A332H2K8, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase |
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-Non-polymers , 6 types, 749 molecules
#2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-NAI / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: Protein: 13.0 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: ComPAS (A2), 0.5M Potassium chloride, 12% (w/v) PEGr800, 10% (w/v) Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2020 / Details: Be |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→30 Å / Num. obs: 82427 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.169 / Rsym value: 0.157 / Χ2: 1.163 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.229 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4121 / CC1/2: 0.76 / CC star: 0.929 / Rpim(I) all: 0.475 / Rrim(I) all: 1.318 / Rsym value: 1.229 / Χ2: 1.003 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.6→29.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 18.357 / SU ML: 0.205 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.267 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 169.1 Å2 / Biso mean: 49.129 Å2 / Biso min: 5.83 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→29.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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