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- PDB-7tn0: SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with human ACE2 and S304 Fab an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tn0
タイトルSARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with human ACE2 and S304 Fab and S309 Fab
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2
  • S304 Fab heavy chain
  • S304 Fab light chain
  • S309 heavy chain
  • S309 light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / neutralizing monoclonal antibody / SARS-CoV-2 receptor human ACE2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / Maturation of spike protein / endopeptidase activity / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. ...Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者McCallum, M. / Czudnochowski, N. / Nix, J.C. / Croll, T.I. / SSGCID / Dillen, J.R. / Snell, G. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis of SARS-CoV-2 Omicron immune evasion and receptor engagement.
著者: Matthew McCallum / Nadine Czudnochowski / Laura E Rosen / Samantha K Zepeda / John E Bowen / Alexandra C Walls / Kevin Hauser / Anshu Joshi / Cameron Stewart / Josh R Dillen / Abigail E ...著者: Matthew McCallum / Nadine Czudnochowski / Laura E Rosen / Samantha K Zepeda / John E Bowen / Alexandra C Walls / Kevin Hauser / Anshu Joshi / Cameron Stewart / Josh R Dillen / Abigail E Powell / Tristan I Croll / Jay Nix / Herbert W Virgin / Davide Corti / Gyorgy Snell / David Veesler /
要旨: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron variant of concern evades antibody-mediated immunity that comes from vaccination or infection with earlier variants due to ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron variant of concern evades antibody-mediated immunity that comes from vaccination or infection with earlier variants due to accumulation of numerous spike mutations. To understand the Omicron antigenic shift, we determined cryo-electron microscopy and x-ray crystal structures of the spike protein and the receptor-binding domain bound to the broadly neutralizing sarbecovirus monoclonal antibody (mAb) S309 (the parent mAb of sotrovimab) and to the human ACE2 receptor. We provide a blueprint for understanding the marked reduction of binding of other therapeutic mAbs that leads to dampened neutralizing activity. Remodeling of interactions between the Omicron receptor-binding domain and human ACE2 likely explains the enhanced affinity for the host receptor relative to the ancestral virus.
履歴
登録2022年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年2月16日Group: Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project ...audit_author / pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S309 light chain
B: S309 heavy chain
C: S309 heavy chain
D: S309 light chain
E: Angiotensin-converting enzyme 2
F: Angiotensin-converting enzyme 2
G: S304 Fab light chain
H: S304 Fab heavy chain
I: Spike protein S1
M: S304 Fab heavy chain
N: S304 Fab light chain
S: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,45957
ポリマ－378,46712
非ポリマー3,99145
水3,369187
1
A: S309 light chain
B: S309 heavy chain
E: Angiotensin-converting enzyme 2
G: S304 Fab light chain
H: S304 Fab heavy chain
I: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,26528
ポリマ－189,2346
非ポリマー2,03122
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: S309 heavy chain
D: S309 light chain
F: Angiotensin-converting enzyme 2
M: S304 Fab heavy chain
N: S304 Fab light chain
S: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,19429
ポリマ－189,2346
非ポリマー1,96023
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.280, 183.650, 194.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 EFIS

#3: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 69620.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9BYF1
#6: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 24735.871 Da / 分子数: 2 / Fragment: Receptor-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

-
抗体 , 4種, 8分子 ADBCGNHM

#1: 抗体 S309 light chain


分子量: 23204.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 S309 heavy chain


分子量: 24573.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 S304 Fab light chain


分子量: 23369.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 S304 Fab heavy chain


分子量: 23729.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 1種, 11分子

#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 221分子

#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.79 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% v/v Ethylene glycol, 10% w/v PEG 8000, 0.1 M Tris (base)/BICINE pH 8.5, 0.1 M NDSB-256

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.07216 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07216 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→48.91 Å / Num. obs: 121127 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 53.45 Å2 / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / Num. unique obs: 6212 / CC1/2: 0.209

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JX3

7jx3


解像度: 2.85→48.91 Å / SU ML: 0.4499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9166
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 6055 5 %
Rwork0.2303 115072 -
obs0.2322 121127 95.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24463 0 221 187 24871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00325291
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.657634495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04483835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00454479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.86978661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.880.39372050.34683618X-RAY DIFFRACTION89.85
2.88-2.920.35742040.34153589X-RAY DIFFRACTION90.42
2.92-2.950.37491860.32923713X-RAY DIFFRACTION92.77
2.95-2.990.36922040.31163779X-RAY DIFFRACTION93.56
2.99-3.030.37072130.31843869X-RAY DIFFRACTION95.78
3.03-3.070.34112190.30023799X-RAY DIFFRACTION95.96
3.07-3.110.36061940.30993920X-RAY DIFFRACTION96.82
3.11-3.160.34572110.30443907X-RAY DIFFRACTION97.31
3.16-3.210.33231960.29443923X-RAY DIFFRACTION97.49
3.21-3.260.33522020.28953963X-RAY DIFFRACTION97.36
3.26-3.320.33271900.27583843X-RAY DIFFRACTION97.09
3.32-3.380.32191960.26853937X-RAY DIFFRACTION97.43
3.38-3.440.30462160.26473895X-RAY DIFFRACTION96.8
3.44-3.510.29732210.25823884X-RAY DIFFRACTION97.25
3.51-3.590.30332150.25313897X-RAY DIFFRACTION96.89
3.59-3.670.30232160.24393887X-RAY DIFFRACTION96.77
3.67-3.770.28241920.23883914X-RAY DIFFRACTION96.77
3.77-3.870.27731800.23693883X-RAY DIFFRACTION96.46
3.87-3.980.26161980.21333883X-RAY DIFFRACTION96.36
3.98-4.110.24742030.19823900X-RAY DIFFRACTION96
4.11-4.260.24072140.19163820X-RAY DIFFRACTION95.91
4.26-4.430.22682060.18523855X-RAY DIFFRACTION95.6
4.43-4.630.2291930.18333902X-RAY DIFFRACTION95.41
4.63-4.870.22642040.17593815X-RAY DIFFRACTION95.15
4.87-5.180.22141570.19193863X-RAY DIFFRACTION94.72
5.18-5.580.22121920.20053850X-RAY DIFFRACTION94.44
5.58-6.140.23512040.21373770X-RAY DIFFRACTION94.17
6.14-7.020.25251920.21663797X-RAY DIFFRACTION93.35
7.02-8.840.21092210.19723749X-RAY DIFFRACTION92.48
8.84-48.910.1962110.18883648X-RAY DIFFRACTION88.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.515896672520.0428312367787-0.7458745425461.815761797670.6929122891842.941615051920.1840269100090.1185720881540.381754235707-0.0880152827873-0.0843014226065-0.195358136412-0.3577840933420.109491869885-0.05387856295690.424456348914-0.04556956917590.005510367593040.3328838853130.1366244576410.38869791996415.097-14.327142.438
21.88923252270.503640018289-0.5486322792982.62765039026-1.388438866152.977622018030.123673447941-0.3288751420370.295809546271-0.0409744721955-0.07951162256070.07833013465210.12170495088-0.0582719245323-0.0995126782670.299496368716-0.0311365673419-0.02944114151870.329437200758-0.07908483055770.3338867466872.275-22.793174.671
31.165430050630.764449947782-0.7901082865251.573661308990.06684184042562.30321980318-0.1630538549260.132071793316-0.0480744527077-0.11033113678-0.03314313264370.01036254569840.384556879044-0.04877728090470.2009884701750.429399861658-0.073957344096-0.01304282416310.2978002454750.08497697526510.3367213350156.99-33.812135.422
42.58869781855-0.394553507864-0.3444291060941.65343810356-0.3199911488992.58478824315-0.0018801913294-0.07249966600270.114426896763-0.0831662912577-0.03749450992320.08839156547530.173364835684-0.5936626085320.02022646535360.331483057803-0.0554879828594-0.04534915875180.3800541802950.01366286674180.389788352976-10.423-26.128164.928
51.720006366310.308513381877-0.1325491419991.814106563230.333744909021.057525292590.0952639337288-0.3593673326140.8921387237630.00824359986522-0.0148313820990.0316553643224-0.4146690532350.357370530319-0.0326705554790.567366145789-0.2086200080650.04515142780080.778047171866-0.03727174089410.84646887535152.12916.214116.533
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN D AND RESID 1:108 )D1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND RESID 109:214 )D109 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:127 )C1 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 128:228 )C128 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN F AND RESID 19:602 )F19 - 602
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN N AND RESID 1:108 )N1 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN N AND RESID 109:214 )N109 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN M AND RESID 1:120 )M1 - 120
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN M AND RESID 121:220 )M121 - 220
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN S AND RESID 331:529 )S331 - 529
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 1:108 )A1 - 108
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 109:213 )A109 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 1:127 )B1 - 127
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 128:228 )B128 - 228
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN E AND RESID 19:613 )E19 - 613
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN G AND RESID 1:108 )G1 - 108
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN G AND RESID 109:214 )G109 - 214
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN H AND RESID 1:120 )H1 - 120
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN H AND RESID 121:220 )H121 - 220
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN I AND RESID 332:529 )I332 - 529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る