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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tn0 | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with human ACE2 and S304 Fab and S309 Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / neutralizing monoclonal antibody / SARS-CoV-2 receptor human ACE2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / negative regulation of signaling receptor activity / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / negative regulation of signaling receptor activity / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / cilium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / regulation of cell population proliferation / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | McCallum, M. / Czudnochowski, N. / Nix, J.C. / Croll, T.I. / SSGCID / Dillen, J.R. / Snell, G. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structural basis of SARS-CoV-2 Omicron immune evasion and receptor engagement. 著者: Matthew McCallum / Nadine Czudnochowski / Laura E Rosen / Samantha K Zepeda / John E Bowen / Alexandra C Walls / Kevin Hauser / Anshu Joshi / Cameron Stewart / Josh R Dillen / Abigail E ...著者: Matthew McCallum / Nadine Czudnochowski / Laura E Rosen / Samantha K Zepeda / John E Bowen / Alexandra C Walls / Kevin Hauser / Anshu Joshi / Cameron Stewart / Josh R Dillen / Abigail E Powell / Tristan I Croll / Jay Nix / Herbert W Virgin / Davide Corti / Gyorgy Snell / David Veesler / 要旨: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron variant of concern evades antibody-mediated immunity that comes from vaccination or infection with earlier variants due to ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron variant of concern evades antibody-mediated immunity that comes from vaccination or infection with earlier variants due to accumulation of numerous spike mutations. To understand the Omicron antigenic shift, we determined cryo-electron microscopy and x-ray crystal structures of the spike protein and the receptor-binding domain bound to the broadly neutralizing sarbecovirus monoclonal antibody (mAb) S309 (the parent mAb of sotrovimab) and to the human ACE2 receptor. We provide a blueprint for understanding the marked reduction of binding of other therapeutic mAbs that leads to dampened neutralizing activity. Remodeling of interactions between the Omicron receptor-binding domain and human ACE2 likely explains the enhanced affinity for the host receptor relative to the ancestral virus. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tn0.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tn0.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tn0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/7tn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/7tn0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 EFIS
#3: タンパク質 | 分子量: 69620.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: Q9BYF1 #6: タンパク質 | 分子量: 24735.871 Da / 分子数: 2 / Fragment: Receptor-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
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-抗体 , 4種, 8分子 ADBCGNHM
#1: 抗体 | 分子量: 23204.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 24573.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 23369.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | 分子量: 23729.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 1種, 11分子
#10: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 4種, 221分子
#7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 化合物 | ChemComp-CL / #9: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.79 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% v/v Ethylene glycol, 10% w/v PEG 8000, 0.1 M Tris (base)/BICINE pH 8.5, 0.1 M NDSB-256 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.07216 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年12月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07216 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→48.91 Å / Num. obs: 121127 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 53.45 Å2 / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.9 Å / Num. unique obs: 6212 / CC1/2: 0.209 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7JX3 解像度: 2.85→48.91 Å / SU ML: 0.4499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9166 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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