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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tvm | |||||||||
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Title | Structure of the mouse CD1d-SMC124-iNKT TCR complex | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antigen presentation / glycolipid / NKT cells | |||||||||
Function / homology | ![]() regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / alpha-beta T cell receptor complex ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation / Generation of second messenger molecules / regulation of immune response / PD-1 signaling / cellular defense response / T cell receptor binding / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of type II interferon production / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / late endosome / Downstream TCR signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / early endosome / lysosome / endosome membrane / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Girardi, E. / Li, Y. / Zajonc, D.M. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Glycolipids that Elicit IFN-gama-Biased Responses from Natural Killer T Cells Authors: Tyznik, A.J. / Farber, E. / Girardi, E. / Birkholz, A. / Li, Y. / Chitale, S. / So, R. / Arora, P. / Khurana, A. / Wang, J. / Porcelli, S.A. / Zajonc, D.M. / Kronenberg, M. / Howell, A.R. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 633.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 518 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
-Protein , 3 types, 6 molecules AEBFDH
#1: Protein | Mass: 32632.668 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 19-298 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11660.350 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 27026.998 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus, Homo sapiens Gene: Vbeta8.2 (mouse variable domain, human constant domain) Plasmid: pET30a / Production host: ![]() ![]() |
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-Antibody , 1 types, 2 molecules CG
#3: Antibody | Mass: 23055.621 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus, Homo sapiens Gene: Valpha14 (mouse variable domain, human constant domain) Plasmid: pET22b / Production host: ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 6 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: Polysaccharide | #6: Polysaccharide | #7: Sugar | |
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-Non-polymers , 4 types, 64 molecules ![](data/chem/img/07P.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-CL / | #10: Chemical | ChemComp-GOL / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 100mM trisodium citrate pH5.6, 10% PEG3350, 2% tacsimate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 14, 2009 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→75.29 Å / Num. all: 58305 / Num. obs: 58305 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2Q7Y for CD1d, 3HE6 for TCR Resolution: 2.8→75.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 33.138 / SU ML: 0.295 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.895 / ESU R Free: 0.366 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.28 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→75.29 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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