PDB-7tl5: Crystal structure of putative hydrolase yjcS from Klebsiella pneu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tl5

タイトル

Crystal structure of putative hydrolase yjcS from Klebsiella pneumoniae.

要素

Lactamase_B domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

linear primary-alkylsulfatase activity / dodecyl sulfate metabolic process / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Chang, C. / Endres, M. / Wu, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae.
著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...

履歴

登録	2022年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tl5.cif.gz	500.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tl5.ent.gz	412.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tl5_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tl5_full_validation.pdf.gz	461.8 KB	表示
XML形式データ	7tl5_validation.xml.gz	43.5 KB	表示
CIF形式データ	7tl5_validation.cif.gz	59.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/7tl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/7tl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dt3C 6duxC 6dvvC 6dxnC 6e85C 6nauC 6nbgC 6ndiC 6wn5C 6wn8C 6x1lC 7rjjC 7tzpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ajl-d 5aij-1 5a23-1 4nur-d 5wzr-d 4av7-1 2cfz-1 4av7-2 2cg2-1 4av7-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96892

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lactamase_B domain-containing protein

B: Lactamase_B domain-containing protein

ヘテロ分子

142 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.453, 80.159, 243.825
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lactamase_B domain-containing protein 分子量: 70953.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (肺炎桿菌) 遺伝子: RJA_08600 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3F3B310
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.5M Magnesium Formate, 0.1M Bis-Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 38419 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 39.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.834 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	4.9	1.008	1662	0.614	0.464	1.114	0.774	79.4
2.75-2.8	4.9	0.877	1762	0.681	0.404	0.969	0.798	85.1
2.8-2.85	4.9	0.738	1818	0.729	0.345	0.818	0.794	86
2.85-2.91	4.5	0.615	1836	0.778	0.303	0.689	0.789	88.9
2.91-2.97	5.1	0.54	1882	0.843	0.246	0.596	0.803	89.7
2.97-3.04	5.5	0.444	1868	0.893	0.197	0.488	0.817	90.1
3.04-3.12	5.4	0.331	1904	0.939	0.146	0.363	0.822	90.1
3.12-3.2	5.3	0.27	1890	0.954	0.119	0.296	0.808	89.5
3.2-3.3	5.3	0.214	1885	0.97	0.095	0.235	0.804	90.7
3.3-3.4	5.2	0.164	1876	0.975	0.074	0.181	0.864	89.3
3.4-3.52	4.9	0.126	1888	0.984	0.059	0.14	0.925	89.1
3.52-3.66	4.8	0.104	1892	0.983	0.048	0.115	0.881	88.9
3.66-3.83	5.3	0.085	1902	0.99	0.037	0.093	0.904	89.7
3.83-4.03	5.3	0.07	1885	0.992	0.03	0.076	0.938	89.4
4.03-4.29	5.2	0.054	1954	0.993	0.024	0.059	0.898	91.5
4.29-4.62	4.9	0.045	1975	0.995	0.021	0.05	0.875	93.5
4.62-5.08	4.9	0.041	2041	0.995	0.018	0.045	0.844	94.2
5.08-5.81	5.3	0.04	2077	0.993	0.018	0.044	0.727	96
5.81-7.32	5.3	0.035	2153	0.994	0.016	0.039	0.809	98
7.32-50	5.8	0.034	2269	0.996	0.015	0.037	0.811	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.19_4092	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.69→41.66 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	1741	4.92 %
R_work	0.209	57445	-
obs	0.211	35045	75.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.71 Å² / B_iso mean: 45.9517 Å² / B_iso min: 15.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.69→41.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9843	0	4	75	9922
B_iso mean	-	-	41.47	31.95	-
残基数	-	-	-	-	1264

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.69-2.73	0.3763	45	0.2989	772	817	21
2.73-2.78	0.3831	48	0.2857	1125	1173	31
2.78-2.83	0.2975	77	0.2938	1440	1517	40
2.83-2.88	0.3222	99	0.2807	1764	1863	49
2.88-2.94	0.3307	134	0.2997	2108	2242	58
2.94-3.01	0.3715	133	0.2989	2569	2702	71
3.01-3.08	0.4305	131	0.297	2882	3013	77
3.08-3.15	0.3978	129	0.2784	2953	3082	82
3.15-3.24	0.3509	132	0.2639	3110	3242	84
3.24-3.33	0.3164	167	0.245	3072	3239	84
3.33-3.44	0.251	167	0.2206	3111	3278	86
3.44-3.57	0.2364	171	0.2144	3080	3251	85
3.57-3.71	0.2345	140	0.2092	3100	3240	85
3.71-3.88	0.246	167	0.1878	3070	3237	84
3.88-4.08	0.1977	140	0.1734	3121	3261	85
4.08-4.34	0.1843	208	0.1581	3138	3346	87
4.34-4.67	0.2076	156	0.1516	3259	3415	89
4.67-5.14	0.1706	167	0.166	3304	3471	91
5.14-5.88	0.2214	160	0.2	3421	3581	93
5.88-7.4	0.2347	201	0.197	3533	3734	98
7.41-41.66	0.2237	202	0.1992	3513	3715	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2551	-0.6474	-0.1368	1.267	0.0337	0.5956	0.097	0.2441	-0.1423	-0.0648	-0.155	-0.1014	0.0122	0.3748	0.0276	0.3674	0.1026	0.0129	0.4693	0.1579	0.3633	67.7338	-16.5226	159.999
2	1.6134	-0.6198	-0.4	0.4431	0.1005	0.6247	0.1613	0.362	-0.1978	-0.205	-0.1515	-0.2123	0.1871	0.0446	-0.0529	0.4132	0.0618	-0.0087	0.3321	0.0382	0.4937	50.7068	-21.8798	156.8345
3	0.4586	-0.2374	0.3518	0.2646	-0.3313	1.194	-0.0296	0.0267	0.0909	0.1148	-0.0957	-0.1474	-0.1046	0.3093	0.1085	0.2818	-0.0632	-0.0199	0.2403	0.0605	0.3245	59.0197	7.1716	156.2276
4	0.8938	-0.0159	0.072	1.3056	-0.0731	1.7847	0.0242	0.0646	-0.0352	0.1611	0.1439	0.21	0.0372	-0.4359	-0.1211	0.1782	0.0141	-0.0123	0.3173	0.106	0.312	23.933	10.257	140.4235
5	1.0707	0.299	0.6189	0.8067	0.2462	1.4654	0.1343	0.1394	-0.2618	-0.0865	-0.1594	0.0298	0.4348	-0.1029	-0.0315	0.2321	0.004	-0.0209	0.3751	0.0631	0.2311	37.8001	3.0696	133.0034
6	0.5851	-0.3091	0.321	0.7542	-0.305	1.2957	-0.0669	-0.0154	0.1492	0.217	-0.0265	0.0274	-0.2697	0.0034	0.0694	0.2809	-0.021	0.0154	0.153	0.0598	0.1961	39.4634	14.6676	156.0905
7	0.5242	0.3128	-0.4327	1.1251	0.2815	0.7962	0.0492	0.0978	-0.0835	0.0824	-0.022	0.1602	0.3134	-0.2355	-0.0604	0.4566	-0.1553	-0.0461	0.3664	0.0909	0.3584	25.6888	-20.1018	161.3872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 285 )	A	43 - 285
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 286 through 401 )	A	286 - 401
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 402 through 674 )	A	402 - 674
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 43 through 285 )	B	43 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 286 through 354 )	B	286 - 354
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 355 through 561 )	B	355 - 561
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 562 through 674 )	B	562 - 674

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