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万見
- PDB-7sz7: Cryo-EM structure of the extracellular module of the full-length ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sz7
タイトルCryo-EM structure of the extracellular module of the full-length EGFR bound to TGF-alpha. "tips-juxtaposed" conformation
要素
  • Epidermal growth factor receptor
  • Transforming growth factor alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / Transferase / receptor tyrosine kinases / epidermal growth factor receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / morphogenesis of an epithelial fold / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR ...hepatocyte proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / morphogenesis of an epithelial fold / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / epidermal growth factor binding / epidermal growth factor receptor binding / response to UV-A / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / ubiquitin-dependent endocytosis / PLCG1 events in ERBB2 signaling / digestive tract morphogenesis / ERBB2-EGFR signaling pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization / eyelid development in camera-type eye / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / intracellular vesicle / cerebral cortex cell migration / hair follicle development / ERBB2 Regulates Cell Motility / Developmental Lineage of Mammary Gland Myoepithelial Cells / mammary gland alveolus development / protein insertion into membrane / positive regulation of cell division / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / embryonic placenta development / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / GAB1 signalosome / salivary gland morphogenesis / xenobiotic transport / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation / Signaling by ERBB2 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / positive regulation of mitotic nuclear division / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / positive regulation of epithelial cell proliferation / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / ossification / cellular response to epidermal growth factor stimulus / basal plasma membrane / positive regulation of DNA replication / positive regulation of DNA repair / Signal transduction by L1 / growth factor activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to estradiol stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / sperm end piece / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / ER to Golgi transport vesicle membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / sperm principal piece / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / cell-cell adhesion / EGFR downregulation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / receptor protein-tyrosine kinase / negative regulation of protein catabolic process / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of miRNA transcription / cell morphogenesis / positive regulation of fibroblast proliferation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / ruffle membrane / kinase binding / Downregulation of ERBB2 signaling / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / HCMV Early Events / cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / actin filament binding / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor / Protransforming growth factor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Huang, Y. / Ognjenovic, J. / Karandur, D. / Miller, K. / Merk, A. / Subramaniam, S. / Kuriyan, J.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Canada Excellence Research Chair Award カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A molecular mechanism for the generation of ligand-dependent differential outputs by the epidermal growth factor receptor.
著者: Yongjian Huang / Jana Ognjenovic / Deepti Karandur / Kate Miller / Alan Merk / Sriram Subramaniam / John Kuriyan /
要旨: The epidermal growth factor receptor (EGFR) is a receptor tyrosine kinase that couples the binding of extracellular ligands, such as EGF and transforming growth factor-α (TGF-α), to the initiation ...The epidermal growth factor receptor (EGFR) is a receptor tyrosine kinase that couples the binding of extracellular ligands, such as EGF and transforming growth factor-α (TGF-α), to the initiation of intracellular signaling pathways. EGFR binds to EGF and TGF-α with similar affinity, but generates different signals from these ligands. To address the mechanistic basis of this phenomenon, we have carried out cryo-EM analyses of human EGFR bound to EGF and TGF-α. We show that the extracellular module adopts an ensemble of dimeric conformations when bound to either EGF or TGF-α. The two extreme states of this ensemble represent distinct ligand-bound quaternary structures in which the membrane-proximal tips of the extracellular module are either juxtaposed or separated. EGF and TGF-α differ in their ability to maintain the conformation with the membrane-proximal tips of the extracellular module separated, and this conformation is stabilized preferentially by an oncogenic EGFR mutation. Close proximity of the transmembrane helices at the junction with the extracellular module has been associated previously with increased EGFR activity. Our results show how EGFR can couple the binding of different ligands to differential modulation of this proximity, thereby suggesting a molecular mechanism for the generation of ligand-sensitive differential outputs in this receptor family.
履歴
登録2021年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25563
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
C: Transforming growth factor alpha
B: Epidermal growth factor receptor
D: Transforming growth factor alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,9874
ポリマ－279,9874
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 134433.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド Transforming growth factor alpha / TGF-alpha / EGF-like TGF / ETGF / TGF type 1


分子量: 5560.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01135
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: full-length human EGFR:TGF-alpha complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
10cryoSPARCv2初期オイラー角割当
11cryoSPARCv2最終オイラー角割当
12cryoSPARCv2分類
13cryoSPARCv2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126471 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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