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- PDB-1bgw: TOPOISOMERASE RESIDUES 410-1202, -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bgw
タイトルTOPOISOMERASE RESIDUES 410-1202,
要素TOPOISOMERASE
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ISOMERASE / TOPOISOMERASE / DNA-BINDING / PHOSPHORYLATED NUCLEAR PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


replication fork progression beyond termination site / DNA replication termination region / chromatin remodeling at centromere / regulation of mitotic recombination / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / synaptonemal complex / SUMOylation of DNA replication proteins / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / telomere maintenance via recombination ...replication fork progression beyond termination site / DNA replication termination region / chromatin remodeling at centromere / regulation of mitotic recombination / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / synaptonemal complex / SUMOylation of DNA replication proteins / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA strand elongation involved in DNA replication / rRNA transcription / DNA topological change / chromatin organization / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #30 / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM ...Dna Ligase; domain 1 - #30 / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Dna Ligase; domain 1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Berger, J.M. / Gamblin, S.J. / Harrison, S.C. / Wang, J.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structure and mechanism of DNA topoisomerase II.
著者: Berger, J.M. / Gamblin, S.J. / Harrison, S.C. / Wang, J.C.
履歴
登録1996年2月20日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_keywords / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOPOISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,8111
ポリマ－91,8111
非ポリマー00
水1,802100
1
A: TOPOISOMERASE

A: TOPOISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,6212
ポリマ－183,6212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)154.100, 154.100, 127.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 TOPOISOMERASE


分子量: 91810.602 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 410 - 1202 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06786
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.15 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
3270 mM1dropKCl
40.1 mM2-mercaptoethanol1drop
50.001 mMleupeptin1drop
60.001 mMpepstain-A1drop
730 mMsodium cacodylate1reservoir
80.4 %PEG33501reservoir
98 mM1reservoirMgCl2
10290 mM1reservoirNaCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→14 Å / Num. obs: 42160 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.7→14 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 -5 %
Rwork0.22 --
obs0.22 40049 99.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6997 0 0 103 7100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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