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- PDB-7suc: XFEL Serial Crystallography Reveals the Room Temperature Structur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7suc
タイトルXFEL Serial Crystallography Reveals the Room Temperature Structure of Methyl-Coenzyme M Reductase
要素(Methyl-coenzyme M reductase I subunit ...) x 3
キーワードTRANSFERASE / Methyl-Coenzyme M Reductase (MCR) / Methanogens / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, N-terminal domain ...Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, N-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, ferredoxin-like fold / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 2 / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / FACTOR 430 / Coenzyme B / Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha / Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta / Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ohmer, C.J. / Dasgupta, M.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1P41GM139687 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM55302 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110501 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126289 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117126 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124169-01 米国
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2022
タイトル: XFEL serial crystallography reveals the room temperature structure of methyl-coenzyme M reductase.
著者: Ohmer, C.J. / Dasgupta, M. / Patwardhan, A. / Bogacz, I. / Kaminsky, C. / Doyle, M.D. / Chen, P.Y. / Keable, S.M. / Makita, H. / Simon, P.S. / Massad, R. / Fransson, T. / Chatterjee, R. / ...著者: Ohmer, C.J. / Dasgupta, M. / Patwardhan, A. / Bogacz, I. / Kaminsky, C. / Doyle, M.D. / Chen, P.Y. / Keable, S.M. / Makita, H. / Simon, P.S. / Massad, R. / Fransson, T. / Chatterjee, R. / Bhowmick, A. / Paley, D.W. / Moriarty, N.W. / Brewster, A.S. / Gee, L.B. / Alonso-Mori, R. / Moss, F. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Drennan, C.L. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kern, J.F. / Ragsdale, S.W.
履歴
登録2021年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha
B: Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta
C: Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
a: Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha
b: Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta
c: Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,97521
ポリマ－271,8996
非ポリマー3,07515
水13,223734
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54190 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area61070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.082, 119.777, 123.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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Methyl-coenzyme M reductase I subunit ... , 3種, 6分子 AaBbCc

#1: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha / MCR I alpha / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase alpha


分子量: 60377.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
株: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg
参照: UniProt: P11558, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta / MCR I beta / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase beta


分子量: 47148.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
株: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg
参照: UniProt: P11560, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma / MCR I gamma / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase gamma


分子量: 28423.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
株: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg
参照: UniProt: P11562, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

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非ポリマー , 7種, 749分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-F43 / FACTOR 430


分子量: 906.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H51N6NiO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン


分子量: 343.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
解説: Pale yellow, Plate-like crystals ranging 20-60 microns in size
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.55 / 詳細: 18% PEG 400, 150mM Mg Acetate, 100mM HEPES (pH 7.5) / PH範囲: 7.5-8.0 / Temp details: Isotemp

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Ambient temp details: Isotemp / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.3007 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月11日 / Frequency: 30
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→21.25 Å / Num. obs: 189345 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 41.43 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / CC1/2: 0.979 / R split: 0.515 / Net I/σ(I): 3.356
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9.89 % / Mean I/σ(I) obs: 0.696 / Num. unique obs: 9505 / CC1/2: 0.379 / R split: 0.831 / % possible all: 99.82
Serial crystallography measurementCollection time total: 0.68 hours / Focal spot size: 16 µm2 / Pulse duration: 30 fsec. / Pulse energy: 2200 µJ / Pulse photon energy: 9.5 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: Drop On Tape / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: mother liquor
解説: Crystal slurry is injected onto a kapton tape from an acoustic droplet injector (ADE). The drop travels on the tape towards the X-ray interaction point where it is hit by the XFEL beam. This ...解説: Crystal slurry is injected onto a kapton tape from an acoustic droplet injector (ADE). The drop travels on the tape towards the X-ray interaction point where it is hit by the XFEL beam. This is the Drop-On-Tape (DOT) sample delivery system used by our team previously.
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 24589 / Frames total: 73742 / Lattices indexed: 22706 / XFEL run numbers: 44-53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
cctbx.xfelデータ削減
cxi.mergeデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M1V

3m1v


解像度: 1.9→21.25 Å / SU ML: 0.2017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.6978
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1863 2008 1.06 %
Rwork0.1524 186898 -
obs0.1528 188906 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→21.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19098 0 195 734 20027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004420177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.816927489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04643006
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00693644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.38262924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.29561440.284113114X-RAY DIFFRACTION98.57
1.95-20.28421400.257713335X-RAY DIFFRACTION99.85
2-2.060.26271420.231313305X-RAY DIFFRACTION99.99
2.06-2.130.24471390.214413376X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.20.23531460.195313298X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.290.21311460.185313333X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.390.22441420.177113348X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.520.23211470.170113370X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.680.22091460.171313332X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.880.21361420.162113350X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.170.18331460.149513392X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.630.16011410.128413424X-RAY DIFFRACTION100
3.63-4.570.14021420.103113431X-RAY DIFFRACTION99.98
4.57-21.250.12821450.11513490X-RAY DIFFRACTION99.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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