[日本語] English
万見
- PDB-7sxm: Structure of Xenon-derivatized Methyl-Coenzyme M Reductase from M... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sxm
タイトルStructure of Xenon-derivatized Methyl-Coenzyme M Reductase from Methanothermobacter marburgensis
要素(Methyl-coenzyme M reductase I subunit ...) x 3
キーワードTRANSFERASE / methyl-coenzyme M reductase / MCR / methanogens
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain ...Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, N-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, ferredoxin-like fold / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 2 / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, N-terminal domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / FACTOR 430 / Coenzyme B / XENON / Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha / Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta / Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Chen, P.Y.-T. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2022
タイトル: XFEL serial crystallography reveals the room temperature structure of methyl-coenzyme M reductase.
著者: Ohmer, C.J. / Dasgupta, M. / Patwardhan, A. / Bogacz, I. / Kaminsky, C. / Doyle, M.D. / Chen, P.Y. / Keable, S.M. / Makita, H. / Simon, P.S. / Massad, R. / Fransson, T. / Chatterjee, R. / ...著者: Ohmer, C.J. / Dasgupta, M. / Patwardhan, A. / Bogacz, I. / Kaminsky, C. / Doyle, M.D. / Chen, P.Y. / Keable, S.M. / Makita, H. / Simon, P.S. / Massad, R. / Fransson, T. / Chatterjee, R. / Bhowmick, A. / Paley, D.W. / Moriarty, N.W. / Brewster, A.S. / Gee, L.B. / Alonso-Mori, R. / Moss, F. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Drennan, C.L. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kern, J.F. / Ragsdale, S.W.
履歴
登録2021年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha
B: Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta
C: Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
D: Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha
E: Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta
F: Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,04127
ポリマ－271,8996
非ポリマー4,14221
水15,097838
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.956, 115.741, 123.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.525, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 258 or resid 260...
d_2ens_1(chain "D" and (resid 3 through 258 or resid 260...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 2 through 364 or resid 373 through 418 or resid 420 through 443))
d_2ens_2(chain "E" and (resid 2 through 364 or resid 373 through 418 or resid 420 through 443))
d_1ens_3(chain "C" and (resid 2 through 50 or resid 52 through 247))
d_2ens_3(chain "F" and (resid 2 through 50 or resid 52 through 247))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPALAA1 - 256
d_12ens_1VALVALA259 - 268
d_13ens_1AGMILEA272 - 492
d_14ens_1GLNALAA494 - 550
d_15ens_1F43F43B
d_21ens_1ASPALAP1 - 256
d_22ens_1VALVALP259 - 268
d_23ens_1AGMILEP272 - 492
d_24ens_1GLNALAP496 - 552
d_25ens_1F43F43Q
d_11ens_2ALAHISK1 - 363
d_12ens_2GLYVALK380 - 425
d_13ens_2SERILEK429 - 452
d_21ens_2ALAHISU1 - 363
d_22ens_2GLYVALU380 - 425
d_23ens_2SERILEU429 - 452
d_11ens_3ALAPRON1 - 49
d_12ens_3VALASNN53 - 245
d_21ens_3ALAPROW1 - 49
d_22ens_3VALASNW51 - 243

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

-
要素

-
Methyl-coenzyme M reductase I subunit ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha / MCR I alpha / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase alpha


分子量: 60377.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
株: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg
参照: UniProt: P11558, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta / MCR I beta / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase beta


分子量: 47148.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
株: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg
参照: UniProt: P11560, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma / MCR I gamma / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase gamma


分子量: 28423.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
株: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg
参照: UniProt: P11562, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

-
非ポリマー , 8種, 859分子

#4: 化合物 ChemComp-F43 / FACTOR 430


分子量: 906.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H51N6NiO13
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン


分子量: 343.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS
#8: 化合物 ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 838 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 uL of 24 mg/mL MCR was mixed with 1 uL of well solution (27% (w/v) PEG400, 0.18 M magnesium acetate, 0.25 M sodium chloride, and 0.10 M HEPES pH 7.5) to make a 2-uL sitting drop in a sealed ...詳細: 1 uL of 24 mg/mL MCR was mixed with 1 uL of well solution (27% (w/v) PEG400, 0.18 M magnesium acetate, 0.25 M sodium chloride, and 0.10 M HEPES pH 7.5) to make a 2-uL sitting drop in a sealed well with 30 uL well solution. Yellowish green rod MCR crystals grew in two to four hrs. The entire crystallization plate was shipped to Advanced Light Source Beamline 8.2.2 for Xe- pressurization and data collection. The crystals used to determine Xe-derivatized structure were transferred from the sitting drop into 2-5 uL of paraffin oil briefly and then sealed in a steel chamber pressurized with xenon at 180 psi for 10 mins. The Xe-derivatized crystals were flash-cooled in liquid nitrogen for data collection immediately.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.503→69.633 Å / Num. obs: 151627 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 35.38 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.503→2.59 Å / Num. unique obs: 14815 / CC1/2: 0.731

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M1V

3m1v


解像度: 2.503→69.63 Å / SU ML: 0.2628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5613
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 7573 5 %
Rwork0.1783 144002 -
obs0.1803 151575 97.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→69.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19038 0 207 838 20083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002219784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.530726850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04062908
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00323554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.64867172
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.275814390883
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.31323338696
ens_3d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.281198671524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.503-2.530.30242160.24414577X-RAY DIFFRACTION92.69
2.53-2.560.32052530.25234762X-RAY DIFFRACTION95.56
2.56-2.590.30492100.24714706X-RAY DIFFRACTION95.35
2.59-2.630.25842350.23714760X-RAY DIFFRACTION95.43
2.63-2.660.27492820.2264656X-RAY DIFFRACTION95.98
2.66-2.70.30262290.21664796X-RAY DIFFRACTION95.64
2.7-2.730.22962510.21494806X-RAY DIFFRACTION96.29
2.73-2.780.23742680.21094647X-RAY DIFFRACTION95.92
2.78-2.820.31172380.20264871X-RAY DIFFRACTION96.31
2.82-2.870.24632550.21414726X-RAY DIFFRACTION96.25
2.87-2.910.28612520.20544777X-RAY DIFFRACTION96.4
2.91-2.970.23962580.18964771X-RAY DIFFRACTION96.47
2.97-3.020.23612510.1954834X-RAY DIFFRACTION96.95
3.02-3.090.26052410.19544771X-RAY DIFFRACTION96.74
3.09-3.150.26012560.19524812X-RAY DIFFRACTION97.11
3.15-3.230.23222580.18614765X-RAY DIFFRACTION96.99
3.23-3.310.21662590.18254796X-RAY DIFFRACTION97.27
3.31-3.40.22082540.18184813X-RAY DIFFRACTION97.37
3.4-3.50.23072470.18274784X-RAY DIFFRACTION97.35
3.5-3.610.20912670.17094838X-RAY DIFFRACTION97.61
3.61-3.740.20312460.16424923X-RAY DIFFRACTION97.99
3.74-3.890.19562850.16114745X-RAY DIFFRACTION97.78
3.89-4.070.18452410.15734857X-RAY DIFFRACTION98
4.07-4.280.17942660.15314869X-RAY DIFFRACTION98.24
4.28-4.550.18522550.1514903X-RAY DIFFRACTION98.4
4.55-4.90.21782370.14614861X-RAY DIFFRACTION98.7
4.9-5.390.18432870.16494854X-RAY DIFFRACTION98.79
5.39-6.170.22172500.17824908X-RAY DIFFRACTION99.15
6.17-7.770.18672750.17434902X-RAY DIFFRACTION99.35
7.78-69.630.16372510.14714912X-RAY DIFFRACTION99.14

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る