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- PDB-7so0: Crystal Structure of the Engineered Tick Evasin EVA-P974(F31A) Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7so0
タイトルCrystal Structure of the Engineered Tick Evasin EVA-P974(F31A) Complexed to Human Chemokine CCL2
要素
  • C-C motif chemokine 2
  • Evasin P974
キーワードIMMUNE SYSTEM / Inflammation / Chemokine / Tick Evasin
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / positive regulation of apoptotic cell clearance / CCR chemokine receptor binding / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of glial cell apoptotic process / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway ...helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / positive regulation of apoptotic cell clearance / CCR chemokine receptor binding / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of glial cell apoptotic process / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / C-C chemokine binding / cellular homeostasis / chemokine activity / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / positive regulation of macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to interleukin-1 / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cytoskeleton organization / sensory perception of pain / viral genome replication / animal organ morphogenesis / response to bacterium / positive regulation of T cell activation / cellular response to type II interferon / cytokine-mediated signaling pathway / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of cell shape / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / protein kinase activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Evasins Class A / Evasins Class A / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
Evasin P974 / C-C motif chemokine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Amblyomma cajennense (ダニ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Bhusal, R.P. / Devkota, S.R. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structure-guided engineering of tick evasins for targeting chemokines in inflammatory diseases.
著者: Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Devkota, S.R. / Pokhrel, R. / Gunzburg, M.J. / Foster, S.R. / Lim, H.D. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Evasin P974
B: C-C motif chemokine 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2992
ポリマ－18,2992
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.785, 36.785, 108.682
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Evasin P974


分子量: 9625.984 Da / 分子数: 1 / 変異: F31A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amblyomma cajennense (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023FDY8
#2: タンパク質 C-C motif chemokine 2 / HC11 / Monocyte chemoattractant protein 1 / Monocyte chemotactic and activating factor / MCAF / ...HC11 / Monocyte chemoattractant protein 1 / Monocyte chemotactic and activating factor / MCAF / Monocyte chemotactic protein 1 / MCP-1 / Monocyte secretory protein JE / Small-inducible cytokine A2


分子量: 8673.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL2, MCP1, SCYA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13500
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M Na3 Cit 3.5 pH (Buffer) 25 %w/v PEG 3350 (Precipitant)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953731894493 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953731894493 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→31.86 Å / Num. obs: 33772 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 27.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 31.07
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / Num. unique obs: 913 / CC1/2: 0.994

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7S58

7s58


解像度: 1.74→31.86 Å / SU ML: 0.141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 29.4353
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2017 1589 4.71 %
Rwork0.1844 32183 -
obs0.1853 33772 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→31.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1159 0 0 129 1288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00741181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11911604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5727162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.790.29521400.25262872X-RAY DIFFRACTION99.01
1.79-1.860.21241480.23712928X-RAY DIFFRACTION99.87
1.86-1.930.26281920.21142927X-RAY DIFFRACTION99.97
1.93-2.020.25681640.19952885X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.130.24891100.17452978X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.260.22851280.19712969X-RAY DIFFRACTION99.97
2.26-2.430.21541600.22752942X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.680.22911080.23282945X-RAY DIFFRACTION99.9
2.68-3.070.23411230.19492968X-RAY DIFFRACTION99.84
3.07-3.860.16591120.16612919X-RAY DIFFRACTION99.77
3.86-31.860.17752040.15142850X-RAY DIFFRACTION98.39
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.759802980451.730789304280.6974916587754.119727382881.437491405643.863331642640.0209000116810.0632171691941-0.394427233574-0.1556136572680.0290939516286-0.4326587252940.247631706320.219019880927-0.04890795010730.2469131819880.04832036091610.02299024373210.1831535324420.03065605847690.18099909990221.1253199268-14.9057862542-14.3773842405
27.949073767360.890664883789-2.296381917555.447766457352.167574947156.514594380420.198606278897-0.168609526838-0.1952170604320.178346397531-0.218896320342-0.116291121524-0.2399153339170.1527450966720.01982158410660.3011188749350.013263942383-0.02441648085470.2277167097770.04065316740.14445823483621.3595334589-5.67089242014-4.57827408269
31.680799988271.683484359871.581280128487.837359268064.675174849088.72510011987-0.185445296846-0.0608745134306-0.1743088277030.0112453657283-0.1767683560950.09431070556740.178524075788-0.09545189215090.3891578554930.2433163162110.01127803083460.03721736852220.1559747117820.01756975144790.2288660036914.6603184227-17.5772396175-20.4571399478
43.829479482330.298352773769-0.7752904135346.96419837245-0.3903732355954.7710092505-0.0690644589184-0.0832470651486-0.08076575280240.6566413147630.04011585014440.7636011765960.661438399842-0.606387617386-0.07187723524180.301231071592-0.0342269154160.07217487743650.2929060949490.008524503493130.2749469869155.39690161037-23.6648090355-20.3326376038
54.569375072422.901609282061.930148795332.902255383023.182419012214.45096539549-0.158132652763-0.09756159331430.5448142150460.0362217938116-0.194994535250.771741158008-0.328270295799-0.3361257514310.3168484726310.2392589841550.03082261692850.013579179970.2029858245730.003585322489390.23482968104110.2918629009-12.9060415527-19.3967611418
67.11056512711.718814923770.05861904524284.31807682842-0.1219950783163.32936494415-0.08639319747220.163852017603-0.14182197639-0.02781798890830.08141674655710.4032688191650.180819379172-0.499054554396-0.01259154529720.257850493926-0.01378874418260.03507168606550.182916464886-0.01200752118320.1927824722323.23834108704-23.3296677831-23.9660933032
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 41 )AA2 - 411 - 40
22chain 'A' and (resid 42 through 85 )AA42 - 8541 - 84
33chain 'B' and (resid 7 through 21 )BB7 - 211 - 15
44chain 'B' and (resid 22 through 31 )BB22 - 3116 - 25
55chain 'B' and (resid 32 through 45 )BB32 - 4526 - 39
66chain 'B' and (resid 46 through 76 )BB46 - 7640 - 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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