PDB-7s4n: Crystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s4n

タイトル

Crystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL17

要素

C-C motif chemokine 17
Evasin P974

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Inflammation / Evasin / Chemokine / Evasion-chemokine complex

機能・相同性

機能・相同性情報

C-C chemokine binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / chemotaxis / cell-cell signaling / immune response / inflammatory response / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Amblyomma cajennense (ダニ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Bhusal, R.P. / Devkota, S.R. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structure-guided engineering of tick evasins for targeting chemokines in inflammatory diseases.
著者: Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Devkota, S.R. / Pokhrel, R. / Gunzburg, M.J. / Foster, S.R. / Lim, H.D. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.

履歴

登録	2021年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s4n.cif.gz	156.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s4n.ent.gz	101.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s4n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/7s4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/7s4n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7s58C 7s59C 7s5aC 7so0C 3fpuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1fzy-1 4cc2-d 4lw9-2 5egg-d 4k61-1 4zdt-1 6q6c-d 2dvo-d 4k61-2 6fjc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Evasin P974

C: Evasin P974

D: C-C motif chemokine 17

B: C-C motif chemokine 17

35.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Evasin P974

B: C-C motif chemokine 17

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
17.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Evasin P974

D: C-C motif chemokine 17

登録者が定義した集合体
17.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.431, 37.716, 69.186
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.664, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 4 through 33 or (resid 34...
d_2	ens_1	(chain "C" and (resid 4 through 6 or (resid 7...
d_1	ens_2	(chain "B" and (resid 7 through 22 or (resid 23...
d_2	ens_2	(chain "D" and (resid 7 through 15 or (resid 16...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	TYR	ASN	A	1 - 82
d_2	1	ens_1	TYR	ASN	B	3 - 84
d_1	1	ens_2	GLY	GLU	D	1 - 63
d_2	1	ens_2	GLY	GLU	C	3 - 65

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.0454549171034, 0.37818760743, -0.924612342605), (-0.704006803628, -0.668791108185, -0.238941151871), (-0.708737095795, 0.640072329662, 0.296646493061)	20.7882439883, -11.5621055348, -6.51253938094
2	given	(0.00195288345266, 0.340614869375, -0.940200881199), (-0.634766531703, -0.726075182812, -0.264360131517), (-0.77270151836, 0.597324316989, 0.214792979069)	22.0954049277, -9.82944401334, -5.25519069844

#1: タンパク質	Evasin P974 分子量: 9702.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amblyomma cajennense (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023FDY8
#2: タンパク質	C-C motif chemokine 17 / CC chemokine TARC / Small-inducible cytokine A17 / Thymus and activation-regulated chemokine 分子量: 8096.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL17, SCYA17, TARC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92583
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M Na3 Cit 3.5 pH (Buffer) 3 M NaCl (Precipitant)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→37.72 Å / Num. obs: 32313 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.65→37.72 Å / Num. unique obs: 1514 / CC_1/2: 0.528

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FPU

3fpu

解像度: 1.65→34.03 Å / SU ML: 0.1844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.577
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2373	1655	5.13 %
R_work	0.2079	30633	-
obs	0.2094	32288	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→34.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2187	0	0	227	2414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	2229
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8614	3017
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0523	330
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	393
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.4047	316

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.20042267396
ens_2	d_2	D	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.50223860707

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.3411	134	0.3396	2427	X-RAY DIFFRACTION	97.56
1.69-1.75	0.3491	131	0.3141	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.75-1.81	0.3536	116	0.2782	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.81-1.88	0.2678	148	0.2567	2542	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.88-1.97	0.2633	112	0.2359	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.07	0.2632	163	0.2196	2509	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.07-2.2	0.2558	171	0.2046	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.37	0.2549	149	0.2076	2533	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.37-2.61	0.2541	105	0.2193	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.99	0.2481	141	0.2171	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.99-3.77	0.2069	141	0.1911	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.77-34.03	0.1991	144	0.1718	2658	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.35777147427	0.363050104897	0.536811870446	7.18700745156	0.629040915269	3.44049646812	-0.369550024201	0.146402902312	-0.824651988885	0.22564185418	0.0947001518675	-0.49356127868	0.806935103287	0.630113223315	0.213895034718	0.413897696347	0.0859036382315	0.0860854980964	0.261780976763	0.0261450903599	0.260321208211	-11.1374567563	4.12247297036	18.2111740614
2	6.54555276093	-1.74548759771	-1.01857346408	4.04398242729	0.473230430653	2.9424621141	-0.046574037404	0.0785540337039	0.083952177003	-0.153502723278	-0.019011934618	-0.204422421128	0.0796609585839	0.242740108594	0.0936757076005	0.226418974645	-0.00653709803541	0.00931860744325	0.175832926726	0.00873105001264	0.138734792306	-17.0920819989	13.1363222653	22.7925366259
3	8.57201706046	1.16015230358	0.344446061956	4.78463888212	0.310302273866	2.37035898455	-0.0105187259791	-0.0672781922342	0.41473144488	0.196758655919	-0.113562107453	-0.0743684586473	-0.120982736206	0.00592400605717	0.0943799484508	0.251278499213	0.0148195958016	0.00399133242876	0.148853423938	0.0227590654101	0.134899884655	-23.13048876	19.3890242607	23.5097421606
4	8.52919453915	-7.16515814711	6.00228904093	9.01974559679	-2.55327615675	7.81339262049	-0.105967828604	1.06055925867	0.0499282569746	-0.51864772984	-0.51211976453	1.23685763109	0.898510196685	0.607266343556	0.586249492435	0.893462907769	-0.150831442327	-0.0314234969218	0.449917607925	-0.0177352861897	0.353210040923	4.53744802485	-8.68120521955	1.29648871147
5	3.72848098353	-0.65036658523	1.35909488125	3.87853458424	-0.80598296143	5.4196222982	0.191964729126	0.199666887896	-0.0508879306287	-0.108226194513	0.0341145979059	-0.206128539416	0.274790384289	0.448362912003	-0.284605331974	0.164391247648	0.0255472558415	0.0500978931831	0.132994332952	-0.0402121667262	0.175063036633	12.144826159	-11.4521941492	21.0062313859
6	2.51570495405	-0.887276131064	-0.587943538423	5.11739770732	-1.03861409176	2.72382157219	-0.0396231699048	0.250232231492	-0.117775015874	-0.364960638618	0.0718510439128	0.419952810587	-0.00894182471677	-0.01893484367	-0.0546965470126	0.218310929377	-0.0243881173723	-0.0122715747851	0.157147604305	-0.0269176276593	0.246816900966	4.99283690656	-16.7910877485	17.8898453062
7	9.32114373497	2.34554153939	4.60007622762	9.25052805992	5.09486526872	6.84113511215	-0.288393337822	0.893133058811	0.833406971774	-0.599166159389	0.135314000238	0.435583872176	-0.833924580812	0.405581021524	0.216646155874	0.287011396086	0.0310737803496	0.00612370568945	0.228010823935	0.00808179336938	0.263330721901	2.58574763258	-4.54354061501	27.285427635
8	2.26887203063	0.331512618126	-0.189485503485	4.52489185573	4.57929264139	4.53135390944	-0.321032630635	0.0212817717403	-0.211420331667	0.0839200922998	0.135660205978	0.148085320016	0.350096245613	0.176587079558	0.221987822606	0.334109867167	-0.01097720574	0.0431993550434	0.154559390485	0.0277625548183	0.252358739079	6.88531367491	-16.8715837956	28.5833141384
9	5.69367340885	0.950991313955	1.28029949231	7.45308120172	2.87990496757	6.40256654494	-0.249756556769	0.0574715126622	-0.344517983947	0.734409138586	0.431825423824	0.326435841423	0.389870759493	0.147694000791	-0.201997148115	0.25553250928	0.0223323923843	0.0912478736461	0.157926460924	0.0172727643151	0.195540135543	7.90433132594	-15.7563090895	29.8174202134
10	3.32598767803	0.0658703307049	0.817543138027	2.76232824608	-3.73855002103	6.82358689003	-0.248355759729	0.0180994193785	0.166182500624	0.0142978246985	-0.235713007417	0.0555612313147	-0.312535067417	0.367618795992	0.328442556988	0.382516183351	0.0236028764143	0.0183008988355	0.139798422362	-0.00498256834562	0.272891709245	12.3666895026	-6.71244496884	9.82631079405
11	2.58911230385	-2.10870605715	3.06700791822	3.01091044119	-5.12184930938	8.86815491333	-0.180510592136	0.245189018771	0.324994045803	0.60851901821	0.0589070647626	0.330267564355	-1.54144551539	-0.0979066026963	-0.00301210256465	0.67655733898	0.0439146596732	0.0749775546345	0.264394917722	0.000282855915169	0.377563796072	11.419360939	3.87023820811	8.24213232131
12	4.06136732831	-0.253853359772	1.94864499222	4.31480787321	-1.0580688052	6.23901820015	0.149600537053	-0.00328149814296	0.0923250187921	-0.260294117239	-0.0839428507382	-0.0665419033997	-0.258037208218	-0.0031998044359	-0.127408333517	0.319862510004	0.0452721531917	0.120555274066	0.13774773487	0.00842094328781	0.200334435941	14.3773726355	-5.38444320313	11.1932420917
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14	2.75592607504	3.00029607877	1.58130753071	6.48984591411	0.00720424682561	3.16795870881	0.0185814672725	-0.0303982902032	0.0669251957593	0.248777512153	0.070720679452	0.0940220550901	0.328262372712	-0.0507040124222	-0.0717440797654	0.36419568438	0.031911019532	0.111941959525	0.178509868708	0.00329748762476	0.195319555953	-15.3866475879	-0.0257096784124	11.0225263208
15	4.2316349308	2.58124719643	-1.24953103502	5.86826460113	-1.72036038166	6.34474978037	0.061928882828	-0.00483127107829	0.0192904604625	0.020431097739	-0.16834403424	0.0734659168455	0.0203060658698	0.130930255969	0.1373593591	0.26832052485	0.0398001593484	0.0256262376013	0.157306097346	0.00506655299655	0.148475612024	-15.2379818446	2.7905987522	10.1243268191
16	3.40119086037	5.05818674723	0.333557710762	8.38157593745	1.49863309986	4.64980597978	-0.584680594979	0.679317540543	-0.233249513302	-0.48783703826	0.541915526336	0.357200251464	0.0801645853076	-0.575168342502	0.235098069319	0.412051178799	0.016873974024	0.0918893529154	0.221624961077	0.0174996248623	0.270801842901	-18.147821847	-5.78206803409	0.983591596622

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 12 )	A	A	4 - 12	1 - 9
2	2	chain 'A' and (resid 13 through 53 )	A	A	13 - 53	10 - 50
3	3	chain 'A' and (resid 54 through 85 )	A	A	54 - 85	51 - 82
4	4	chain 'C' and (resid 2 through 6 )	C	B	2 - 6	1 - 5
5	5	chain 'C' and (resid 7 through 21 )	C	B	7 - 21	6 - 20
6	6	chain 'C' and (resid 22 through 47 )	C	B	22 - 47	21 - 46
7	7	chain 'C' and (resid 48 through 58 )	C	B	48 - 58	47 - 57
8	8	chain 'C' and (resid 59 through 70 )	C	B	59 - 70	58 - 69
9	9	chain 'C' and (resid 71 through 85 )	C	B	71 - 85	70 - 84
10	10	chain 'D' and (resid 5 through 20 )	D	C	5 - 20	1 - 16
11	11	chain 'D' and (resid 21 through 29 )	D	C	21 - 29	17 - 25
12	12	chain 'D' and (resid 30 through 55 )	D	C	30 - 55	26 - 51
13	13	chain 'D' and (resid 56 through 71 )	D	C	56 - 71	52 - 67
14	14	chain 'B' and (resid 7 through 29 )	B	D	7 - 29	1 - 23
15	15	chain 'B' and (resid 30 through 55 )	B	D	30 - 55	24 - 49
16	16	chain 'B' and (resid 56 through 69 )	B	D	56 - 69	50 - 63

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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