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Yorodumi- PDB-7s58: Crystal Structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7s58 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL7 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Inflammation / Chemokine / Evasin / Evasin-chemokine complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationCCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / C-C chemokine binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / monocyte chemotaxis ...CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / C-C chemokine binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / monocyte chemotaxis / cellular response to ethanol / cytoskeleton organization / response to gamma radiation / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / regulation of cell shape / heparin binding / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Amblyomma cajennense (Cayenne tick) Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | Bhusal, R.P. / Devkota, S.R. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J. | ||||||
| Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2022Title: Structure-guided engineering of tick evasins for targeting chemokines in inflammatory diseases. Authors: Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Devkota, S.R. / Pokhrel, R. / Gunzburg, M.J. / Foster, S.R. / Lim, H.D. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7s58.cif.gz | 302.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7s58.ent.gz | 204.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7s58.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7s58_validation.pdf.gz | 469.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7s58_full_validation.pdf.gz | 472.8 KB | Display | |
| Data in XML | 7s58_validation.xml.gz | 23.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 7s58_validation.cif.gz | 34.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s58 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7s4nSC ![]() 7s59C ![]() 7s5aC ![]() 7so0C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 9702.080 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Amblyomma cajennense (Cayenne tick) / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 8974.482 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CCL7, MCP3, SCYA6, SCYA7 / Production host: ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.8 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M BIS-TRIS 6.5 pH (Buffer) 25 %w/v PEG 3350 (Precipitant) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.82→48.88 Å / Num. obs: 61992 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 40.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.5 |
| Reflection shell | Resolution: 1.82→1.85 Å / Num. unique obs: 3397 / CC1/2: 0.678 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7S4N Resolution: 1.82→30.77 Å / SU ML: 0.2626 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.3065 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 55.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→30.77 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Amblyomma cajennense (Cayenne tick)
Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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