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Yorodumi- PDB-7trv: Crystal Structure of the DNA-Binding Domain of the LysR family Tr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7trv | ||||||
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Title | Crystal Structure of the DNA-Binding Domain of the LysR family Transcriptional Regulator YfbA from Yersinia pestis | ||||||
Components | LysR-family transcriptional regulatory protein | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / LysR transcriptional regulator / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Yersinia pestis CO92 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Tesar, C. / Crawford, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the DNA-Binding Domain of the LysR family Transcriptional Regulator YfbA from Yersinia pestis Authors: Kim, Y. / Tesar, C. / Crawford, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7trv.cif.gz | 186.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7trv.ent.gz | 129.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7trv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/7trv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/7trv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 10366.495 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis CO92 (bacteria) / Gene: lysR10, y2171, YP_1951 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: Q8D0G2 |
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-Non-polymers , 5 types, 217 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.86 Å3/Da / Density % sol: 33.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.025 M Magnesium sulfate, 0.05 M TRIS HCl pH 8.5, 1.8 M Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97942 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 9, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 27328 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 13.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.957 / Num. unique obs: 1352 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.552 / Rrim(I) all: 1.111 / % possible all: 98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→32.84 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / Phase error: 26.6024 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→32.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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