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- PDB-7scr: Crystal structure of trypanosome brucei hypoxanthine-guanine-xant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7scr
タイトルCrystal structure of trypanosome brucei hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribzosyltransferase in complex with (4S,7S)-7-hydroxy-4-((guanin-9-yl)methyl)-2,5-dioxaheptan-1,7-diphosphonate
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / purine salvage / inhibitor / phosphonate / drug lead / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding ...xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8QI / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12068485322 Å
データ登録者Guddat, L.W. / Keough, D.T.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1147368 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Stereo-Defined Acyclic Nucleoside Phosphonates are Selective and Potent Inhibitors of Parasite 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferases.
著者: Klejch, T. / Keough, D.T. / King, G. / Dolezelova, E. / Cesnek, M. / Budesinsky, M. / Zikova, A. / Janeba, Z. / Guddat, L.W. / Hockova, D.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
E: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
F: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,20512
ポリマ－183,5466
非ポリマー2,6596
水13,295738
1
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
E: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0684
ポリマ－61,1822
非ポリマー8862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
2
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0684
ポリマ－61,1822
非ポリマー8862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
3
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
F: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0684
ポリマ－61,1822
非ポリマー8862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.253, 107.298, 117.165
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 96.759, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGXPRT


分子量: 30590.955 Da / 分子数: 6 / 変異: F49V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb10.70.6660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q38CA1, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-8QI / ({(2S)-3-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-2-[(2S)-2-hydroxy-2-phosphonoethoxy]propoxy}methyl)phosphonic acid


分子量: 443.244 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 738 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, 0.2 M lithium sulfate, 17.5% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→46.41 Å / Num. obs: 83246 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 28.9731619465 Å2 / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.12→2.23 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique obs: 9413 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MXC

6mxc


解像度: 2.12068485322→46.4 Å / SU ML: 0.333984735807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33787516497 / 位相誤差: 32.691214675
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266728263951 1983 2.40369463502 %
Rwork0.221325707627 80515 -
obs0.222445612984 82498 96.8354578961 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.648747756 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12068485322→46.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10153 0 140 738 11031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023786749425810744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62786481809314597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0237988920821625
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002270087458251826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.12647272864248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1207-2.17370.385080087445900.3238474215753557X-RAY DIFFRACTION60.2113257388
2.1737-2.23250.3568214865241430.3062611136335856X-RAY DIFFRACTION99.4034797017
2.2325-2.29820.3439070328531460.3111846759965911X-RAY DIFFRACTION99.5725793194
2.2982-2.37240.3586575926741450.3120023810585923X-RAY DIFFRACTION99.6551157826
2.3724-2.45710.3641243996141440.3037826337985867X-RAY DIFFRACTION99.322538004
2.4571-2.55550.3560407254661450.294702611015868X-RAY DIFFRACTION99.1916859122
2.5555-2.67180.3062126517541460.2844902302975888X-RAY DIFFRACTION99.390545215
2.6718-2.81270.3768721790221440.2828222170225904X-RAY DIFFRACTION99.7525977239
2.8127-2.98880.3312325869051450.2373764176625897X-RAY DIFFRACTION99.867768595
2.9888-3.21960.2604474324931470.2114264245265976X-RAY DIFFRACTION99.9673469388
3.2196-3.54350.2410900680111460.1865280779715919X-RAY DIFFRACTION99.7696989636
3.5435-4.05590.2010624525641470.1686085864575956X-RAY DIFFRACTION99.8690885289
4.0559-5.1090.2030798081811460.1549058088275970X-RAY DIFFRACTION99.9019928128
5.109-46.40.1997231912511490.189800263566023X-RAY DIFFRACTION99.6448175654

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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