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- PDB-2nmt: MYRISTOYL-COA:PROTEIN N-MYRISTOYLTRANSFERASE BOUND TO MYRISTOYL-C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nmt
タイトルMYRISTOYL-COA:PROTEIN N-MYRISTOYLTRANSFERASE BOUND TO MYRISTOYL-COA AND PEPTIDE ANALOGS
要素MYRISTOYL-COA\:PROTEIN N-MYRISTOYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / TRANSFERASE ACYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MIM / S-(2-OXO)PENTADECYLCOA / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fuetterer, K. / Bhatnagar, R.S. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of N-myristoyltransferase with bound myristoylCoA and peptide substrate analogs.
著者: Bhatnagar, R.S. / Futterer, K. / Farazi, T.A. / Korolev, S. / Murray, C.L. / Jackson-Machelski, E. / Gokel, G.W. / Gordon, J.I. / Waksman, G.
履歴
登録1998年7月14日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYRISTOYL-COA\:PROTEIN N-MYRISTOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,70815
ポリマ－49,0141
非ポリマー2,69414
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.400, 105.400, 106.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 MYRISTOYL-COA\:PROTEIN N-MYRISTOYLTRANSFERASE / GLYCYLPEPTIDE N-TETRADECANOYLTRANSFERASE / PEPTIDE N-MYRISTOYLTRANSFERASE / NMT


分子量: 49013.973 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NMT1 / プラスミド: PBB131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101
参照: UniProt: P14743, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NHM / S-(2-OXO)PENTADECYLCOA


分子量: 991.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H64N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-MIM / [CYCLOHEXYLETHYL]-[[[[4-[2-METHYL-1-IMIDAZOLYL-BUTYL]PHENYL]ACETYL]-SERYL]-LYSINYL]-AMINE / N-[[4-[4-(2-メチル-1H-イミダゾ-ル-1-イル)ブチル]フェニル]アセチル]-L-Ser-L-Lys-((以下略)


分子量: 596.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H52N6O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.75 %
結晶化pH: 6.2 / 詳細: pH 6.2
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.25 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mg/mlenzyme11
250 mMHEPES11
31 mMEDTA11
41 mMdithiothreitol11
518 %(v/v)glycerol1drop
625-30 mg/mlprotein1drop
79-11 %PEG40001reservoir
850 mMzinc acetate1reservoir
9100 mMsodium cacodylate1reservoir
1021.5 %(v/v)glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9668, 0.9789, 0.9792
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96681
20.97891
30.97921
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 14314 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 63.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044
反射
*PLUS
% possible obs: 91.9 % / Num. measured all: 98161
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.3精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.3位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high rms absF: 796452.76 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1040 7.3 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 14271 91.7 %-
溶媒の処理Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3388 0 179 34 3601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.082.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 93 7.1 %
Rwork0.27 1226 -
obs--86.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2SC58272_MIM_CORR1.PARNHMC.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NHMC_CORR1.PARSC58272_MIM.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GOL.PARGOL.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 13234 / % reflection Rfree: 6.7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 53 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.07
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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