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- PDB-7scd: Ternary complex of fixed-arm Trx-3ost5 (I299E) with 8mer-1 octasa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7scd
タイトルTernary complex of fixed-arm Trx-3ost5 (I299E) with 8mer-1 octasaccharide substrate and co-factor product PAP
要素Thioredoxin 1,Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 5
キーワードTRANSFERASE/SUBSTRATE / sulfotransferase / heparan sulfate / oligosaccharide / complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-SUBSTRATE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein sulfation / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 1 / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase activity / regulation of viral entry into host cell / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / negative regulation of coagulation / HS-GAG biosynthesis / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity ...protein sulfation / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 1 / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase activity / regulation of viral entry into host cell / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / negative regulation of coagulation / HS-GAG biosynthesis / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / Golgi membrane / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heparan sulfate sulfotransferase / Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Heparan sulfate sulfotransferase / Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Thioredoxin 1 / Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wander, R. / Kaminski, A.M. / Krahn, J.M. / Liu, J. / Pedersen, L.C.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIA-ES102645 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL094463 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL144970 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128484 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134738 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL139197 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Structural and Substrate Specificity Analysis of 3-O-Sulfotransferase Isoform 5 to Synthesize Heparan Sulfate
著者: Wander, R. / Kaminski, A.M. / Wang, Z. / Stancanelli, E. / Xu, Y. / Pagadala, V. / Li, J. / Krahn, J.M. / Pham, T.Q. / Liu, J. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2021年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin 1,Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7593
ポリマ－42,8211
非ポリマー1,9372
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.840, 58.820, 153.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin 1,Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 5 / Trx-1 / Heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 5 / 3-OST-5 / Heparan sulfate 3-O- ...Trx-1 / Heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 5 / 3-OST-5 / Heparan sulfate 3-O-sulfotransferase 5 / h3-OST-5


分子量: 42821.449 Da / 分子数: 1 / 変異: I299E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12
遺伝子: trxA, fipA, tsnC, b3781, JW5856, HS3ST5, 3OST5, HS3OST5
プラスミド: pET32bX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: P0AA25, UniProt: Q8IZT8, [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 1
#2: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1510.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNS[6S]a1-4DGlcpAb1-4DGlcpNS[6S]a1-4DGlcpAb1-4DGlcpNS[6S]a1-4DGlcpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium tartrate, 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月2日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 10461 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 40.81 Å2 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 5.92
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 464 / CC1/2: 0.713 / CC star: 0.912 / Rsym value: 0.547 / % possible all: 81.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BD9

3bd9


解像度: 2.9→40.5 Å / SU ML: 0.3596 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.2739
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 453 4.87 %random
Rwork0.2082 8858 --
obs0.2104 9311 79.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2872 0 121 8 3001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00633081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13834220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.17591099
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.320.3319970.26952032X-RAY DIFFRACTION55.66
3.32-4.180.27671800.20973424X-RAY DIFFRACTION93.27
4.18-40.50.2121760.18853402X-RAY DIFFRACTION88.39
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.35387225598-1.746331898762.089984773535.09096425489-3.816857401658.074886697550.4293651502640.3531870075860.0398734229693-1.02468427249-0.2317225735040.0105340704102-0.3313604345650.0683215700806-0.07942732091630.7828725412310.129193350032-0.01619009720680.5960928264390.09118677050370.42745271517-18.057771443920.9903528396-67.668644826
21.408109074480.3180865373280.848829462252.790627229570.6529986937652.72306660221-0.00875777939575-0.3780421150630.04340992209280.9734121229870.04452962987370.3827492218820.266518850746-1.20928119837-0.05916455498750.2184257938890.2012384644640.05655233385210.2158160666540.1222530134710.252191897598-9.7318775939516.7696109715-30.3419073655
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 107 )2 - 1071 - 106
22chain 'A' and (resid 108 through 1346 )108 - 1346107 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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