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- PDB-7s59: Crystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to a chim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s59
タイトルCrystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to a chimera made of human chemokines CCL7 and CCL8
要素
  • Evasin P974
  • chimera protein of C-C motif chemokine 7 and C-C motif chemokine 8,C-C motif chemokine 7
キーワードIMMUNE SYSTEM / Inflammation / Evasin / Chemokine binder / Evasin-chemokine complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of leukocyte proliferation / negative regulation by host of viral genome replication / CCR chemokine receptor binding / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine-mediated signaling pathway ...CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of leukocyte proliferation / negative regulation by host of viral genome replication / CCR chemokine receptor binding / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of leukocyte migration / phospholipase activator activity / monocyte chemotaxis / exocytosis / cytoskeleton organization / response to gamma radiation / response to virus / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / heparin binding / regulation of cell shape / angiogenesis / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Evasins Class A / Evasins Class A / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
Evasin P974 / C-C motif chemokine 8 / C-C motif chemokine 7
類似検索 - 構成要素
生物種Amblyomma cajennense (ダニ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Bhusal, R.P. / Devkota, S.R. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structure-guided engineering of tick evasins for targeting chemokines in inflammatory diseases.
著者: Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Devkota, S.R. / Pokhrel, R. / Gunzburg, M.J. / Foster, S.R. / Lim, H.D. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.
履歴
登録2021年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Evasin P974
3: Evasin P974
4: chimera protein of C-C motif chemokine 7 and C-C motif chemokine 8,C-C motif chemokine 7
2: chimera protein of C-C motif chemokine 7 and C-C motif chemokine 8,C-C motif chemokine 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4096
ポリマ－37,2174
非ポリマー1922
水1629
1
1: Evasin P974
2: chimera protein of C-C motif chemokine 7 and C-C motif chemokine 8,C-C motif chemokine 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7053
ポリマ－18,6092
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
3: Evasin P974
4: chimera protein of C-C motif chemokine 7 and C-C motif chemokine 8,C-C motif chemokine 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7053
ポリマ－18,6092
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.240, 62.718, 53.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.933, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
111-201-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "1" and ((resid 3 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "3" and (resid 3 through 74 or (resid 75...
d_1ens_2(chain "2" and (resid 6 through 23 or (resid 24...
d_2ens_2(chain "4" and (resid 6 through 18 or (resid 19...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPASNA1 - 83
d_21ens_1ASPASNB2 - 84
d_11ens_2SERASPD6 - 68
d_21ens_2SERASPC1 - 63

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.843509809317, 0.528644147952, 0.0950082439671), (0.52297184824, -0.84867279638, 0.0790881194219), (0.122440383592, -0.0170249675873, -0.992329835763)15.1813088807, -3.86262324605, 47.0628960059
2given(0.862217296331, 0.493038770503, 0.116164128232), (0.487070711541, -0.869950840118, 0.0771210589675), (0.139080753041, -0.00991496635946, -0.990231406074)14.8093519999, -3.35121143455, 46.5688960808

-
要素

#1: タンパク質 Evasin P974


分子量: 9702.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amblyomma cajennense (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023FDY8
#2: タンパク質 chimera protein of C-C motif chemokine 7 and C-C motif chemokine 8,C-C motif chemokine 7 / HC14 / Monocyte chemoattractant protein 2 / Monocyte chemotactic protein 2 / MCP-2 / Small- ...HC14 / Monocyte chemoattractant protein 2 / Monocyte chemotactic protein 2 / MCP-2 / Small-inducible cytokine A8 / Monocyte chemoattractant protein 3 / Monocyte chemotactic protein 3 / MCP-3 / NC28 / Small-inducible cytokine A7


分子量: 8906.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CCL8, MCP2, SCYA10, SCYA8, CCL7, MCP3, SCYA6, SCYA7
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80075, UniProt: P80098
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS 8.5 pH (Buffer) 2 M (NH4)2SO4 (Precipitant)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→42.38 Å / Num. obs: 16549 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / Num. unique obs: 1551 / CC1/2: 0.913

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7S58

7s58


解像度: 2.39→42.38 Å / SU ML: 0.3262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.0284
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 826 5.02 %
Rwork0.2374 15619 -
obs0.239 16445 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→42.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2283 0 10 9 2302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00972342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24473186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0617357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8621320
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_21X-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.870091873847
ens_2d_24X-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.36957460104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.540.36521130.35472428X-RAY DIFFRACTION91.08
2.54-2.730.41881070.32112654X-RAY DIFFRACTION98.89
2.73-3.010.40431700.31832590X-RAY DIFFRACTION98.82
3.01-3.440.36331430.29332647X-RAY DIFFRACTION99.5
3.44-4.340.22541590.21782608X-RAY DIFFRACTION98.16
4.34-42.380.20921340.19612692X-RAY DIFFRACTION98.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.835548625852.130078989580.8211046502912.127841272640.2880140593871.4191723494-0.05529423794030.124085575062-0.109016029220.03345189233190.281246929364-0.01212690730650.01476840675750.433561139892-0.0003847314628390.6278219387230.1086988022170.06043303514330.788309306726-0.04488669702780.4477654538357.839077252945.369318689389.79838992189
20.193671287111-0.009768263253690.1155546711670.212164191059-0.2623119548120.0154753702158-0.1361384417490.296685094812-0.4715492132820.284358481136-0.0731437915803-0.7006376072990.155614794181.01929097224-6.77763795468E-50.7094599905380.0474547924523-0.01588062810281.132116937430.01715269169380.86971796851217.08923592896.112079940086.76678614215
30.218638622649-0.0467454482077-0.1038207386440.2710123725370.006046745762260.225908812047-0.1163493996771.34555489835-0.940706574507-0.567025417895-0.0205970425432-0.4939003892170.7762511969990.6545507527440.002846616329130.734469767352-0.0734585521805-0.01073277330740.7981655260280.09401078538960.5945233453699.0966919589715.980214250811.2776802331
40.0435119407217-0.1303617363880.01472376325260.401749857872-0.02946924404210.03264223876670.08923139626240.440832567572-0.9581849162541.048509520270.232383878723-0.23798522548-0.1331107544141.902773140020.001045242072490.738122064975-0.02120058662620.1137885677560.9787068953990.05318033440070.52733194391611.508886768211.923025419420.8596365022
50.30635599595-0.2982169021960.1790447681390.4313706132450.08865907486510.212326868444-0.688774088286-0.3496913780120.05636581996290.6103080884010.580132420070.2715822174780.0787163541025-0.3566437223060.00432417523830.6153808382480.004840955317080.1027933332620.5866439113910.03890612036790.427035465372-0.6177510409613.053547222121.9611180105
60.788728833290.9793756410670.1794836814610.6666900645240.1286677388280.473186782248-0.1590666016070.6984199531921.085735369180.09378006201630.563900708054-0.35773825357-0.06166383675950.423871012101-0.0007039393216840.6874451506340.000735415080161-0.003103424680110.8204753487420.08046338352910.8719083309258.4001007122717.8792356789.03908848951
70.865069263862-1.25751022-0.05489031111241.552816011540.9407124461351.05437418223-0.2687170079590.9188128963970.00986470163612-0.3478165131360.6287879019050.422066848167-0.167474869483-0.547576602213-0.001117972720540.773955457871-0.1689562818360.005569222689040.6541962011140.05940990654270.4904556328714.1177372005617.222312498111.5132249977
80.5172884088140.417976228691-0.3346279469730.4827493492660.07501667867820.4599408591280.2117033772040.3522963428031.01651099930.59487776507-0.691058205074-1.264002700220.1140839503540.388887284343-0.003416725858270.750657339898-0.0338692845909-0.07421532957590.882098669058-0.02369959397440.95433716909427.467916908210.8864886739.622074572
90.0817778951808-0.00714301909509-0.1193329455610.195866645586-0.1573990928640.2060977990510.317797410783-0.79109885208-0.7266280779460.9841343985440.184503473303-0.7941271006461.592373614350.3301371253910.0007360096967811.02921848613-0.0399047705441-0.1775807981830.632144261099-0.1036269305181.151647246722.6656554935-8.0847274684136.8734740169
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain '1' and (resid 3 through 26 )1A3 - 261 - 24
22chain '1' and (resid 27 through 41 )1A27 - 4125 - 39
33chain '1' and (resid 42 through 47 )1A42 - 4740 - 45
44chain '1' and (resid 48 through 53 )1A48 - 5346 - 51
55chain '1' and (resid 54 through 59 )1A54 - 5952 - 57
66chain '1' and (resid 60 through 70 )1A60 - 7058 - 68
77chain '1' and (resid 71 through 85 )1A71 - 8569 - 83
88chain '3' and (resid 2 through 12 )3B2 - 121 - 11
99chain '3' and (resid 13 through 26 )3B13 - 2612 - 25
1010chain '3' and (resid 27 through 36 )3B27 - 3626 - 35
1111chain '3' and (resid 37 through 47 )3B37 - 4736 - 46
1212chain '3' and (resid 48 through 59 )3B48 - 5947 - 58
1313chain '3' and (resid 60 through 68 )3B60 - 6859 - 67
1414chain '3' and (resid 69 through 85 )3B69 - 8568 - 84
1515chain '4' and (resid 6 through 21 )4C6 - 211 - 16
1616chain '4' and (resid 22 through 30 )4C22 - 3017 - 25
1717chain '4' and (resid 31 through 40 )4C31 - 4026 - 35
1818chain '4' and (resid 41 through 57 )4C41 - 5736 - 52
1919chain '4' and (resid 58 through 76 )4C58 - 7653 - 71
2020chain '2' and (resid 1 through 21 )2D1 - 211 - 21
2121chain '2' and (resid 22 through 57 )2D22 - 5722 - 57
2222chain '2' and (resid 58 through 68 )2D58 - 6858 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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