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万見
- PDB-7s13: Crystal structure of Fab in complex with mouse CD96 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s13
タイトルCrystal structure of Fab in complex with mouse CD96 dimer
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • T-cell surface protein tactile
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / checkpoint / antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of natural killer cell cytokine production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of type II interferon production / cell-matrix adhesion / response to lipopolysaccharide / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-cell surface protein tactile / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / T-cell surface protein tactile
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus (ネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Lee, P.S. / Barman, I. / Strop, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2021
タイトル: Antibody blockade of CD96 by distinct molecular mechanisms.
著者: Lee, P.S. / Chau, B. / Barman, I. / Bee, C. / Jashnani, A. / Hogan, J.M. / Aguilar, B. / Dollinger, G. / Rajpal, A. / Strop, P.
履歴
登録2021年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
I: Fab heavy chain
M: Fab light chain
C: T-cell surface protein tactile
D: T-cell surface protein tactile
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,57612
ポリマ－123,7586
非ポリマー8186
水66737
1
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
D: T-cell surface protein tactile
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2867
ポリマ－61,8793
非ポリマー4074
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Fab heavy chain
M: Fab light chain
C: T-cell surface protein tactile
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2895
ポリマ－61,8793
非ポリマー4102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.030, 131.250, 186.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "C" and resid 24 through 201)
d_2ens_1chain "D"
d_1ens_2(chain "H" and (resid 1 through 126 or resid 134 through 212))
d_2ens_2chain "I"
d_1ens_3(chain "L" and resid 3 through 209)
d_2ens_3chain "M"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUGLUE4 - 117
d_12ens_1NAGNAGF
d_21ens_1GLUGLUG1 - 114
d_22ens_1NAGNAGH
d_11ens_2PCAPROA1 - 129
d_12ens_2SERPROA131 - 209
d_21ens_2PCAPROC1 - 208
d_11ens_3GLUARGB1 - 208
d_21ens_3GLUARGD1 - 208

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.996875953269, 0.0631063139363, 0.0474965991936), (-0.0534283574208, -0.981673792978, 0.182926145761), (0.0581699614655, 0.179817010655, 0.981978664871)131.296330345, -29.3968167798, 0.0638630938572
2given(-0.993168002393, -0.101609716423, -0.0573827896805), (0.0975651115782, -0.992808777982, 0.0693669904491), (-0.0640184975286, 0.0632945170585, 0.995939474107)133.703898214, -32.858799715, 3.97877101909
3given(-0.99636978713, -0.0849897265863, 0.00489833333356), (0.0850675415722, -0.991763165497, 0.0957566547776), (-0.00328034533581, 0.0958257269115, 0.995392721189)130.097602811, -33.5921600392, 0.590525790543

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HILM

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24238.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23393.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 CD

#3: タンパク質 T-cell surface protein tactile / Cell surface antigen CD96 / T cell-activated increased late expression protein


分子量: 14246.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd96 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3U0X8
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 41分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→107.4 Å / Num. obs: 49907 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 44.12 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.12→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2495 / CC1/2: 0.676 / Rpim(I) all: 0.364

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AIZ, 1NC2, 6ARQ

4aiz

1nc2

6arq


解像度: 2.12→40.77 Å / SU ML: 0.3295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.5543
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 2465 4.94 %
Rwork0.2166 47442 -
obs0.219 49907 67.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→40.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8184 0 53 37 8274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00958427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.247111495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06941331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00921449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.59473032
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS5.29485331886
ens_2d_2IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.25721460101
ens_3d_2MX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.33318559667
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.160.3309160.3185194X-RAY DIFFRACTION5.17
2.16-2.20.3216110.3003295X-RAY DIFFRACTION7.7
2.2-2.240.4413150.3121364X-RAY DIFFRACTION10.4
2.26-2.30.3736230.3376493X-RAY DIFFRACTION14.72
2.3-2.360.343510.3024778X-RAY DIFFRACTION20.37
2.36-2.420.3632700.32441455X-RAY DIFFRACTION37.88
2.42-2.490.36151240.32282397X-RAY DIFFRACTION61.73
2.49-2.580.34451370.32192858X-RAY DIFFRACTION73.46
2.58-2.670.34331670.32523238X-RAY DIFFRACTION83.72
2.67-2.770.34772150.32923698X-RAY DIFFRACTION96.12
2.77-2.90.33252150.29733866X-RAY DIFFRACTION99.76
2.9-3.050.30072190.28293900X-RAY DIFFRACTION99.98
3.05-3.240.35441740.27073918X-RAY DIFFRACTION99.95
3.24-3.490.31431840.25943928X-RAY DIFFRACTION99.95
3.49-3.850.27591890.19593939X-RAY DIFFRACTION99.98
3.85-4.40.19732070.16013975X-RAY DIFFRACTION99.88
4.4-5.540.19492300.14323964X-RAY DIFFRACTION99.93
5.55-40.770.22962180.17244182X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 66.936615225 Å / Origin y: -10.4209589324 Å / Origin z: 68.3616168886 Å
111213212223313233
T0.21571561676 Å2-0.00941074442779 Å20.0442218880605 Å2-0.220344686264 Å2-0.00342074616834 Å2--0.209548689356 Å2
L0.388090571124 °2-0.4357584617 °20.0163987616481 °2-0.757955811755 °2-0.227569482631 °2--0.213703243249 °2
S-0.0350388277079 Å °-0.0247482448309 Å °0.0833309478625 Å °0.168065380045 Å °0.0375517739409 Å °-0.0510741358514 Å °-0.0346427213463 Å °0.0148855770254 Å °0.000805852878305 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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