PDB-7rgb: O2-, PLP-dependent desaturase Plu4 product-bound enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rgb

タイトル

O2-, PLP-dependent desaturase Plu4 product-bound enzyme

要素

Aminotran_1_2 domain-containing protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / arginine desaturase / oxygen- and PLP-dependent oxidase / Fold Type I / biosynthesis

機能・相同性

biosynthetic process / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / pyridoxal phosphate binding / Chem-4VI / Aminotransferase class I/classII domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudoalteromonas luteoviolacea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hoffarth, E.R. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: A shared mechanistic pathway for pyridoxal phosphate-dependent arginine oxidases.
著者: Hoffarth, E.R. / Caddell Haatveit, K. / Kuatsjah, E. / MacNeil, G.A. / Saroya, S. / Walsby, C.J. / Eltis, L.D. / Houk, K.N. / Garcia-Borras, M. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2021年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rgb.cif.gz	600.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rgb.ent.gz	494.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rgb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7rgb_validation.pdf.gz	892.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rgb_full_validation.pdf.gz	924 KB	表示
XML形式データ	7rgb_validation.xml.gz	58.7 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/7rgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/7rgb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7n79C 7rf9C 6c3dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7rgb-2 1xpm-1 1xpl-2 1txt-2 5bk7-4 1s5o-d 2hp2-d 5bk7-3 1txt-1 6c8t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminotran_1_2 domain-containing protein

B: Aminotran_1_2 domain-containing protein

C: Aminotran_1_2 domain-containing protein

D: Aminotran_1_2 domain-containing protein

ヘテロ分子

181 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Aminotran_1_2 domain-containing protein

B: Aminotran_1_2 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology
90.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Aminotran_1_2 domain-containing protein

D: Aminotran_1_2 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.372, 72.186, 139.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Aminotran_1_2 domain-containing protein / Oxygen- / PLP-dependent L-arginine desaturase 分子量: 44867.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas luteoviolacea (バクテリア) 遺伝子: JF50_03865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C1MLE8
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-4VI / (2Z,4E)-5-carbamimidamido-2-iminopent-4-enoic acid 分子量: 170.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris:HCl; 27% PEG 3350; 0.2 M ammonium acetate; microseeded from crystals grown at pH 6.0; soaked with 2 mM PLP and 3 mM L-arginine for 16 h Temp details: room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→39.74 Å / Num. obs: 51795 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.26 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 706448 / Scaling rejects: 1599

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.5-2.58	13.1	5.508	58431	4444	0.486	1.576	5.741	1.5	98
10.31-39.74	13.9	0.074	11099	796	0.998	0.02	0.076	17.3	98.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6C3D

6c3d

解像度: 2.5→37.772 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 46.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	2577	5.05 %
R_work	0.2342	48495	-
obs	0.236	51072	97.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.38 Å² / B_iso mean: 67.3216 Å² / B_iso min: 26.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→37.772 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11494	0	96	184	11774
B_iso mean	-	-	78.01	54.77	-
残基数	-	-	-	-	1486

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.5001-2.5482	0.4525	125	0.4094	2586	93
2.5482-2.6002	0.4424	152	0.3613	2654	98
2.6002-2.6567	0.349	145	0.351	2689	98
2.6567-2.7185	0.3869	141	0.3376	2682	98
2.7185-2.7865	0.352	150	0.3375	2635	97
2.7865-2.8618	0.3694	127	0.3289	2708	97
2.8618-2.9459	0.3869	138	0.3045	2719	99
2.9459-3.041	0.3583	144	0.2878	2756	100
3.041-3.1496	0.317	140	0.274	2737	100
3.1496-3.2757	0.3028	168	0.2649	2727	100
3.2757-3.4247	0.282	133	0.2566	2739	100
3.4247-3.6051	0.2891	141	0.2444	2740	98
3.6051-3.8307	0.2628	133	0.2222	2710	98
3.8307-4.1262	0.2183	125	0.196	2669	97
4.1262-4.5408	0.2294	163	0.1901	2743	99
4.5408-5.1964	0.251	161	0.1771	2754	99
5.1964-6.5414	0.2046	145	0.2032	2786	99
6.5414-37.772	0.2048	146	0.1761	2461	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4885	1.021	-0.1481	2.089	-1.6988	1.5472	0.1704	0.0215	0.1244	0.4189	-0.2257	0.0842	-0.8748	0.2463	-0.0146	0.7549	0.0027	-0.019	0.5864	-0.0489	0.4894	31.9011	40.3496	49.4335
2	3.473	0.0243	-0.0686	2.355	-1.0349	3.5516	0.1547	-0.4649	-0.1275	0.0201	-0.0856	0.7152	0.0799	-0.2334	-0.0281	0.536	-0.0912	0.1224	0.4986	0.0146	0.6742	17.5069	23.1233	55.9668
3	2.3338	-0.348	0.9155	2.5343	-0.5262	1.9084	0.1089	-0.3797	0.1669	0.2976	-0.1466	0.6467	-0.5062	-0.1802	0.0181	0.7222	-0.0567	0.1833	0.4256	-0.1151	0.4293	21.7432	34.9279	56.823
4	5.9681	0.0729	0.117	2.508	-2.492	5.6865	0.221	0.3242	-0.3586	-0.6946	0.1004	0.8102	0.2976	-0.3992	-0.2712	0.8197	0.0457	-0.132	0.3585	-0.0273	0.8008	12.869	31.9812	31.2819
5	2.0608	2.4872	-1.1502	6.3483	-3.1644	4.4686	0.3272	0.6378	-0.4312	0.0027	-0.2559	0.7547	0.0133	-0.3519	-0.1059	0.575	0.1986	-0.0655	0.2714	-0.1617	0.5671	17.7967	31.8398	32.7866
6	2.592	0.4135	0.8034	2.5514	0.2158	0.2907	0.1034	0.0207	0.073	0.0864	-0.228	-0.3172	-0.057	0.4976	0.2198	0.7792	-0.0455	0.0108	0.765	0.0739	0.4572	47.2901	35.3813	52.7876
7	2.8698	-1.3539	-0.5021	5.0254	-0.8875	1.395	0.2112	-0.1975	0.1477	-0.1164	-0.3222	0.0048	-0.0704	0.7934	0.1744	0.4731	0.082	-0.0537	0.687	-0.0203	0.265	44.8886	13.83	50.9221
8	2.8538	-0.4648	-1.2422	4.4591	0.7138	3.205	0.4463	0.0063	-0.133	-0.8957	-0.8018	-0.7205	0.1872	1.2022	0.2538	0.7278	0.3615	0.1543	1.0974	0.2256	0.5058	55.858	10.5963	49.2693
9	2.6117	-0.3486	0.8521	2.1335	-0.1925	2.3428	0.2153	0.3398	-0.0197	-0.1215	-0.4708	-0.3421	0.1226	0.7363	0.2526	0.6516	0.0169	0.0923	0.8778	0.0765	0.401	49.3857	26.5498	47.5882
10	3.6073	1.2896	2.6074	3.4178	3.0851	3.5908	0.3603	-0.2834	0.3209	0.6788	-0.2486	-0.3767	0.2613	0.6671	-0.0632	0.8465	-0.1588	-0.0142	0.9559	0.1335	0.4265	56.5113	23.3306	72.5615
11	2.45	0.1567	0.5966	3.4892	3.537	3.8359	0.4307	0.101	-0.1431	0.5582	-0.4042	-0.2583	1.2902	-0.8136	-0.0174	0.6267	-0.0769	-0.0354	0.4059	0.0082	0.4702	0.7586	-6.7444	34.4895
12	2.0339	-0.5595	0.7257	1.4137	1.6428	2.7943	-0.3296	-0.1267	0.637	-0.1538	0.1201	0.0331	-0.7534	-0.1268	0.2392	0.8116	-0.0155	0.0465	0.3815	0.1196	0.6396	-6.2716	9.7436	12.2192
13	3.1088	-0.6356	0.759	2.3384	-0.0714	3.0712	0.1745	0.2314	-0.3648	-0.4091	-0.0906	-0.009	-0.3284	0.4976	-0.0706	0.5149	-0.0443	0.0803	0.2827	-0.0213	0.3423	1.6538	-8.0157	6.8814
14	3.2827	0.9965	0.3751	0.604	-0.2932	3.0723	0.2619	0.2057	-0.5207	0.2899	0.0373	-0.771	0.3992	0.5439	-0.2876	0.4457	0.1112	-0.0171	0.3994	-0.0923	0.673	14.4605	-15.2295	15.9313
15	1.6706	-0.2139	0.3565	2.2409	0.4804	2.2001	0.0476	0.2449	0.0933	-0.2068	-0.0996	-0.4459	-0.2717	0.0695	0.0709	0.4867	-0.1055	0.0838	0.3772	0.0156	0.5876	5.1805	-3.3941	9.3264
16	3.3462	-0.6132	4.2032	4.1618	2.4381	9.2076	-0.7767	0.2957	0.539	-1.0816	0.101	-0.9053	-1.0489	0.3278	0.5239	0.3536	-0.1459	0.0713	0.3253	0.0166	0.7711	11.8081	11.0001	28.1497
17	4.2196	-1.1726	0.7709	0.3701	-0.1114	2.0666	-0.2003	-0.1346	-0.0163	0.2421	0.1331	-0.5039	0.6105	0.2604	-0.0392	0.8512	-0.1227	-0.1984	0.4616	-0.116	0.7483	15.0428	-4.1311	37.7806
18	2.8778	-1.9432	1.4481	5.3849	0.1794	5.5227	-0.2053	-0.1099	0.2664	1.8131	-0.0024	-0.6452	-0.1191	0.0568	0.1495	0.5275	-0.0137	-0.1693	0.4682	-0.0371	0.5399	10.1586	-4.2661	36.2468
19	1.3274	-0.1998	1.437	3.4221	-1.4417	2.0167	0.0726	0.3716	0.2889	0.0834	-0.5979	-0.1866	-0.3243	-0.1391	0.3556	0.4204	0.1822	-0.0492	0.9048	-0.0644	0.4685	-20.8469	-4.4038	3.5063
20	4.6777	-0.9258	0.9744	1.5571	-1.5632	1.981	-0.4296	-0.3332	0.7173	0.831	-0.2339	-0.2826	-0.6262	-0.3326	0.3962	0.4388	0.138	0.0599	0.6572	-0.1522	0.568	-17.9266	2.7174	28.2689
21	3.017	1.2907	-0.3827	2.3352	-0.5445	0.7262	0.2892	-0.687	-0.1519	0.0297	0.1784	0.0525	0.6227	-0.565	-0.3884	0.6533	-0.2089	0.1251	0.6923	-0.012	0.3785	-15.7068	-16.363	25.4062
22	2.3498	0.4784	-0.1626	0.8091	-0.2079	1.4313	0.3055	-0.1738	-0.6943	0.3288	-0.3131	0.4186	1.0566	-0.7541	0.0541	0.7491	-0.3714	0.1759	0.7248	-0.0629	0.6383	-24.0142	-26.1612	17.0091
23	3.455	0.1213	0.1968	2.9183	1.0375	2.2268	0.1309	-0.4439	0.0794	0.573	-0.3047	0.2872	0.1343	-0.9317	0.1302	0.5177	-0.1057	0.0997	0.5712	-0.0699	0.3597	-17.7165	-11.098	24.5628
24	0.5641	-0.625	-1.2336	2.5717	0.0509	3.6806	0.0163	-0.6583	-0.0525	0.007	0.184	0.8916	0.1823	-0.6464	-0.1111	0.1675	0.0648	0.0976	0.9485	0.0045	0.6513	-36.6796	-7.5757	6.6171
25	7.2339	1.0351	0.877	5.5367	-1.629	3.215	0.0937	1.0006	-0.235	-1.2465	0.0105	0.6211	0.3308	-0.241	-0.0824	0.7304	0.0843	-0.1697	0.9336	-0.2104	0.5412	-27.7349	-14.2737	-8.4223
26	5.7275	-2.6689	0.96	9.4708	-2.9107	5.9025	-0.1969	0.4775	-0.6044	-0.8671	-0.18	0.3713	0.3872	-1.3929	0.3733	0.5408	-0.1115	0.0919	0.7154	-0.1898	0.5002	-24.3148	-17.0235	-0.5875
27	6.0767	1.8538	4.4779	5.0491	0.4133	7.859	-0.0751	0.2815	0.8405	-0.6971	-0.2246	0.7742	-1.1543	-0.5479	0.5392	0.5447	0.2372	-0.2019	0.9114	-0.036	0.5738	-31.6911	-2.1076	-6.8673

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 70 )	A	6 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 166 )	A	71 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 167 through 290 )	A	167 - 290
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 291 through 331 )	A	291 - 331
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 332 through 379 )	A	332 - 379
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 6 through 69 )	B	6 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 70 through 136 )	B	70 - 136
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 137 through 199 )	B	137 - 199
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 200 through 290 )	B	200 - 290
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 291 through 380 )	B	291 - 380
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 6 through 28 )	C	6 - 28
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 29 through 70 )	C	29 - 70
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 71 through 100 )	C	71 - 100
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 101 through 166 )	C	101 - 166
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 167 through 270 )	C	167 - 270
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 271 through 290 )	C	271 - 290
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 291 through 331 )	C	291 - 331
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 332 through 379 )	C	332 - 379
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 6 through 36 )	D	6 - 36
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 37 through 69 )	D	37 - 69
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 70 through 100 )	D	70 - 100
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 101 through 199 )	D	101 - 199
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 200 through 270 )	D	200 - 270
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 271 through 308 )	D	271 - 308
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 309 through 331 )	D	309 - 331
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 332 through 360 )	D	332 - 360
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 361 through 380 )	D	361 - 380

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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