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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6c8t | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The structure of MppP soaked with the substrate L-Arg | ||||||
Components | (PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP) x 2 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / dimer / L-Arg binding complex / oxidase / PLP / ANTIBIOTIC | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationamino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Streptomyces wadayamensis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Han, L. / Silvaggi, N.R. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2018Title: Streptomyces wadayamensis MppP is a PLP-Dependent Oxidase, Not an Oxygenase. Authors: Han, L. / Vuksanovic, N. / Oehm, S.A. / Fenske, T.G. / Schwabacher, A.W. / Silvaggi, N.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 6c8t.cif.gz | 828.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6c8t.ent.gz | 699.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6c8t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6c8t_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6c8t_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
| Data in XML | 6c8t_validation.xml.gz | 59.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 6c8t_validation.cif.gz | 84.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8t | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5bk7C ![]() 6c92C ![]() 6c9bC ![]() 5dj1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 41537.750 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces wadayamensis (bacteria) / Plasmid: pE-SUMO / Production host: ![]() #2: Protein | | Mass: 41765.867 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces wadayamensis (bacteria) / Plasmid: pE-SUMO / Production host: ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.15 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 30% polyethylene glycol monomethyl ether 550, 50 mM MgCl2, and 0.1 M HEPES pH 8.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 85820 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 24.7 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 3839 / % possible all: 84.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5DJ1 Resolution: 2.2→49.055 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.15
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→49.055 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Streptomyces wadayamensis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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