PDB-6c9b: The structure of MppP soaked with the products 4HKA and 2KA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c9b

タイトル

The structure of MppP soaked with the products 4HKA and 2KA

要素

PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP

キーワード

oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / dimer / product 4HKA binding complex / oxidase / PLP / ANTIBIOTIC / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces wadayamensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.689 Å

データ登録者

Han, L. / Silvaggi, N.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Streptomyces wadayamensis MppP is a PLP-Dependent Oxidase, Not an Oxygenase.
著者: Han, L. / Vuksanovic, N. / Oehm, S.A. / Fenske, T.G. / Schwabacher, A.W. / Silvaggi, N.R.

履歴

登録	2018年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c9b.cif.gz	814 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c9b.ent.gz	686.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c9b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/6c9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/6c9b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5bk7C 6c8tC 6c92C 5dj1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dj3-1 5bk7-3 6c8t-2 5bk7-4 5dj1-2 2hoz-d 6c92-1 2hp2-d 6xvp-d 3v4x-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP

B: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP

C: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP

D: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP

B: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
83.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP

D: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.110, 108.830, 195.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP 分子量: 41765.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces wadayamensis (バクテリア) プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0X1KHF5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EGV / (4S)-5-carbamimidamido-4-hydroxy-2-oxopentanoic acid 分子量: 189.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁N₃O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 997 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% polyethylene glycol monomethyl ether 550 (PEG MME 550), 50 mM MgCl2, and 0.1 M HEPES pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.689→50 Å / Num. obs: 199364 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 1.69→1.72 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 9240 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DJ1

5dj1

解像度: 1.689→48.792 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1652	1998	1 %
R_work	0.1507	-	-
obs	0.1509	199127	97.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.689→48.792 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11117	0	16	997	12130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11406
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041	15539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.917	6788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2037

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.689-1.7313	0.2479	133	0.2241	13196	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7313-1.7781	0.2626	135	0.206	13341	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7781-1.8304	0.2106	137	0.1933	13576	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8304-1.8895	0.1761	140	0.1728	13727	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8895-1.957	0.2063	141	0.1679	13943	X-RAY DIFFRACTION	96
1.957-2.0354	0.1763	141	0.1568	13937	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0354-2.128	0.1603	144	0.143	14088	X-RAY DIFFRACTION	98
2.128-2.2402	0.1614	143	0.1418	14169	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2402-2.3805	0.1672	142	0.1391	14043	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3805-2.5643	0.1593	146	0.1403	14403	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5643-2.8224	0.1468	147	0.1445	14485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8224-3.2307	0.1841	148	0.1442	14595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2307-4.07	0.1434	150	0.136	14702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-48.8128	0.1542	151	0.1569	14924	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3254	-0.0571	-0.9756	0.8113	0.252	3.0744	-0.1136	0.0033	-0.1988	0.1763	0.1571	0.0982	0.0499	0.4028	-0.0365	0.365	-0.0144	0.042	0.223	-0.0778	0.3805	-39.3568	-17.7199	-23.2997
2	0.8315	-0.2611	-0.1589	0.7304	0.1757	0.6142	0.0053	0.0899	-0.0635	-0.0096	-0.0324	0.1515	0.0801	-0.0838	0.0089	0.182	-0.0265	0.0159	0.1763	-0.0542	0.2233	-45.4851	2.8427	-26.4935
3	0.7706	0.023	-0.2673	0.6144	-0.1726	1.8815	-0.0343	-0.021	-0.3566	0.1719	0.0166	0.4427	0.2515	-0.2675	-0.1267	0.4018	-0.1411	0.1159	0.1966	-0.0798	0.5183	-54.4738	-19.197	-20.3604
4	0.2844	-0.0724	0.0473	1.3964	-0.1458	0.3245	-0.0799	-0.1502	-0.2727	0.5653	0.0403	0.0134	0.3654	0.0187	0.0183	0.5698	-0.0304	0.0976	0.1975	0.0218	0.417	-46.0223	-19.7366	-9.2435
5	0.544	0.452	0.2037	0.4118	-0.0031	1.2091	-0.0522	0.1891	0.0486	0.0601	-0.019	0.3452	-0.0619	-0.2734	-0.0046	0.2648	-0.0128	0.0183	0.3984	-0.0505	0.2689	-24.0639	11.6271	-37.8136
6	2.7408	1.9387	-1.5885	1.6613	-1.1401	1.9133	0.0103	0.1302	-0.4282	-0.0595	-0.0326	-0.1987	0.2661	0.1603	0.0469	0.3141	0.053	-0.011	0.2128	-0.1237	0.3095	-23.5298	-15.9495	-37.2259
7	1.049	0.3158	0.2824	0.6803	0.1396	0.7175	0.079	-0.0615	-0.0167	0.1805	-0.0736	0.0215	0.0954	0.0828	-0.0012	0.2023	-0.0103	0.0098	0.1741	-0.0172	0.1623	-17.6572	5.1913	-16.1687
8	0.8253	0.0498	0.2768	0.4781	-0.1504	3.0559	0.0573	0.0654	-0.0296	0.1879	-0.0478	-0.1001	0.0192	0.3581	-0.0243	0.1956	-0.0087	-0.0323	0.2273	-0.0134	0.194	-5.5247	9.2816	-14.465
9	0.9609	0.1847	0.3689	0.6183	0.0989	0.6563	0.0658	0.0686	-0.1799	0.1128	-0.0296	-0.0389	0.1631	0.1498	-0.0258	0.2479	0.0162	-0.006	0.1956	-0.034	0.205	-16.9483	-2.0136	-20.5469
10	1.2946	-0.1396	0.0628	3.2864	0.9767	1.099	-0.0472	0.3672	0.0508	-0.3123	0.1545	-0.3778	-0.099	0.3891	-0.029	0.2096	-0.0336	0.05	0.3975	-0.0126	0.2141	-5.706	12.1491	-38.7808
11	0.7142	0.1952	0.5662	1.0373	0.7349	2.6063	-0.047	0.268	0.3286	-0.3995	-0.11	0.1757	-0.6658	-0.1758	0.1247	0.3497	0.0233	-0.0287	0.2926	0.0733	0.2847	-18.6624	24.2862	-36.1574
12	1.3941	0.0771	-0.0112	2.0625	0.1959	2.0619	-0.1201	0.6281	0.1482	-0.527	0.1408	-0.0242	-0.2653	0.2534	0.0125	0.3311	-0.0794	0.0015	0.469	0.0333	0.2054	-13.1451	16.0853	-45.4231
13	0.6338	0.2379	0.7257	0.313	0.2659	0.8183	-0.1359	0.2534	0.2674	-0.1217	0.1221	0.1014	-0.2106	-0.0744	0.0548	0.3401	-0.1246	-0.0406	0.3618	0.1935	0.2504	-52.7004	54.0477	-34.6709
14	1.3036	-0.1711	0.1975	0.4046	-0.3361	0.4614	-0.0423	0.4216	-0.1483	-0.1778	0.0632	-0.031	0.0216	0.1611	-0.0222	0.2297	-0.0929	0.0144	0.3377	-0.0099	0.1925	-45.0103	36.5783	-34.7288
15	0.7206	0.199	0.2184	0.7633	-0.0901	0.9135	-0.0257	0.106	0.0351	-0.0044	0.0518	-0.111	-0.051	0.1822	-0.0319	0.1469	-0.0375	-0.0173	0.1879	0.0127	0.1887	-37.8843	37.027	-13.3268
16	0.6623	0.1796	0.191	0.6648	-0.2436	0.6812	-0.1369	0.3281	0.0705	-0.1071	0.143	-0.0471	-0.1267	0.1225	-0.0092	0.1753	-0.067	-0.0043	0.2439	0.0381	0.155	-45.854	38.1459	-27.752
17	0.4565	-0.4208	0.1084	0.6532	0.7135	2.5623	-0.0937	0.2217	0.3042	-0.1521	0.1098	-0.1575	-0.424	0.0857	0.0015	0.3786	-0.2159	-0.0255	0.2583	0.1474	0.3373	-35.7766	62.1846	-23.863
18	1.7745	0.4162	0.6365	2.2597	0.6524	1.7895	0.0181	0.0605	0.1233	0.1438	0.1331	-0.3218	-0.2407	0.2876	-0.1289	0.3718	-0.1497	-0.0386	0.2431	0.031	0.3344	-33.2646	59.9965	-12.2896
19	0.7448	-1.0012	0.1678	3.1145	-0.8452	1.1354	-0.0803	-0.1738	0.2245	0.5305	0.2727	0.3798	-0.6896	-0.0325	-0.1605	0.4818	-0.0092	0.0405	0.2077	0.0111	0.3296	-44.7621	59.1338	-3.5997
20	0.9623	0.0873	0.2103	1.3988	0.6526	2.0246	-0.0939	0.1045	0.3858	-0.0291	0.1881	0.2412	-0.6265	-0.0522	-0.0413	0.4769	-0.0611	0.0057	0.2013	0.0905	0.4207	-42.5919	67.3244	-14.335
21	1.0688	0.634	-0.2621	0.528	-0.4635	0.6723	-0.1125	0.4317	0.3052	-0.0804	0.0969	0.0599	-0.2291	-0.0198	-0.0114	0.2587	-0.0281	-0.0123	0.3152	0.1525	0.2726	-67.6904	49.7972	-32.8848
22	1.337	0.2563	-0.0504	0.3077	-0.1925	0.6557	0.0051	0.0493	0.0523	0.0771	-0.0209	-0.0118	-0.0864	-0.0198	0.0014	0.1587	-0.0151	-0.0007	0.1503	0.0144	0.1546	-67.8035	34.9995	-15.2553
23	1.0255	0.1352	-0.0434	0.7233	-0.2763	1.0379	-0.0165	0.1372	0.0328	0.055	0.0104	0.1147	-0.0762	-0.17	0.0079	0.1547	0.0046	0.0206	0.1989	0.0171	0.1759	-80.3334	32.5491	-14.8212
24	0.7587	0.0739	-0.1522	0.5863	-0.4007	1.0988	-0.0419	0.22	0.2926	-0.0158	0.0643	0.0596	-0.205	-0.1566	-0.0003	0.2297	-0.0076	-0.0009	0.1973	0.0753	0.2113	-67.178	45.3304	-23.2662
25	0.9589	-0.19	0.0507	2.3735	-0.736	0.9218	-0.0316	0.6311	-0.1207	-0.3681	0.0944	0.3191	0.1188	-0.1993	0.0189	0.2103	-0.067	-0.0401	0.5131	-0.0316	0.1981	-81.2832	27.2556	-38.9645
26	0.5523	-0.0854	-0.1141	1.3057	-0.0936	1.523	0.0858	0.6693	-0.3554	-0.3529	-0.0374	-0.0951	0.3689	0.2449	-0.0067	0.2745	0.0004	0.04	0.5384	-0.1522	0.2733	-70.3601	18.4074	-38.3638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 23:35 )	A	23 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 36:272 )	A	36 - 272
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 273:313 )	A	273 - 313
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 314:375 )	A	314 - 375
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 7:35 )	B	7 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 36:54 )	B	36 - 54
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 55:156 )	B	55 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 157:181 )	B	157 - 181
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 182:272 )	B	182 - 272
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 273:313 )	B	273 - 313
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 314:349 )	B	314 - 349
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 350:375 )	B	350 - 375
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 23:54 )	C	23 - 54
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 55:89 )	C	55 - 89
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 90:201 )	C	90 - 201
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 202:272 )	C	202 - 272
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 273:292 )	C	273 - 292
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 293:313 )	C	293 - 313
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 314:349 )	C	314 - 349
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 350:375 )	C	350 - 375
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 23:72 )	D	23 - 72
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 73:127 )	D	73 - 127
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 128:218 )	D	128 - 218
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 219:272 )	D	219 - 272
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 273:313 )	D	273 - 313
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 314:375 )	D	314 - 375

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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