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- PDB-7rgb: O2-, PLP-dependent desaturase Plu4 product-bound enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rgb
タイトルO2-, PLP-dependent desaturase Plu4 product-bound enzyme
要素Aminotran_1_2 domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / arginine desaturase / oxygen- and PLP-dependent oxidase / Fold Type I / biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4VI / Aminotransferase class I/classII large domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoalteromonas luteoviolacea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hoffarth, E.R. / Ryan, K.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-03778 カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: A shared mechanistic pathway for pyridoxal phosphate-dependent arginine oxidases.
著者: Hoffarth, E.R. / Caddell Haatveit, K. / Kuatsjah, E. / MacNeil, G.A. / Saroya, S. / Walsby, C.J. / Eltis, L.D. / Houk, K.N. / Garcia-Borras, M. / Ryan, K.S.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotran_1_2 domain-containing protein
B: Aminotran_1_2 domain-containing protein
C: Aminotran_1_2 domain-containing protein
D: Aminotran_1_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,89514
ポリマ－179,4694
非ポリマー1,42610
水3,315184
1
A: Aminotran_1_2 domain-containing protein
B: Aminotran_1_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3856
ポリマ－89,7352
非ポリマー6514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
2
C: Aminotran_1_2 domain-containing protein
D: Aminotran_1_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5098
ポリマ－89,7352
非ポリマー7756
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.372, 72.186, 139.626
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Aminotran_1_2 domain-containing protein / Oxygen- / PLP-dependent L-arginine desaturase


分子量: 44867.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas luteoviolacea (バクテリア)
遺伝子: JF50_03865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C1MLE8
#2: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-4VI / (2Z,4E)-5-carbamimidamido-2-iminopent-4-enoic acid


分子量: 170.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris:HCl; 27% PEG 3350; 0.2 M ammonium acetate; microseeded from crystals grown at pH 6.0; soaked with 2 mM PLP and 3 mM L-arginine for 16 h
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.74 Å / Num. obs: 51795 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 706448 / Scaling rejects: 1599
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.5813.15.5085843144440.4861.5765.7411.598
10.31-39.7413.90.074110997960.9980.020.07617.398.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C3D

6c3d


解像度: 2.5→37.772 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 46.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2693 2577 5.05 %
Rwork0.2342 48495 -
obs0.236 51072 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.38 Å2 / Biso mean: 67.3216 Å2 / Biso min: 26.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→37.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11494 0 96 184 11774
Biso mean--78.01 54.77 -
残基数----1486
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5001-2.54820.45251250.4094258693
2.5482-2.60020.44241520.3613265498
2.6002-2.65670.3491450.351268998
2.6567-2.71850.38691410.3376268298
2.7185-2.78650.3521500.3375263597
2.7865-2.86180.36941270.3289270897
2.8618-2.94590.38691380.3045271999
2.9459-3.0410.35831440.28782756100
3.041-3.14960.3171400.2742737100
3.1496-3.27570.30281680.26492727100
3.2757-3.42470.2821330.25662739100
3.4247-3.60510.28911410.2444274098
3.6051-3.83070.26281330.2222271098
3.8307-4.12620.21831250.196266997
4.1262-4.54080.22941630.1901274399
4.5408-5.19640.2511610.1771275499
5.1964-6.54140.20461450.2032278699
6.5414-37.7720.20481460.1761246186
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.48851.021-0.14812.089-1.69881.54720.17040.02150.12440.4189-0.22570.0842-0.87480.2463-0.01460.75490.0027-0.0190.5864-0.04890.489431.901140.349649.4335
23.4730.0243-0.06862.355-1.03493.55160.1547-0.4649-0.12750.0201-0.08560.71520.0799-0.2334-0.02810.536-0.09120.12240.49860.01460.674217.506923.123355.9668
32.3338-0.3480.91552.5343-0.52621.90840.1089-0.37970.16690.2976-0.14660.6467-0.5062-0.18020.01810.7222-0.05670.18330.4256-0.11510.429321.743234.927956.823
45.96810.07290.1172.508-2.4925.68650.2210.3242-0.3586-0.69460.10040.81020.2976-0.3992-0.27120.81970.0457-0.1320.3585-0.02730.800812.86931.981231.2819
52.06082.4872-1.15026.3483-3.16444.46860.32720.6378-0.43120.0027-0.25590.75470.0133-0.3519-0.10590.5750.1986-0.06550.2714-0.16170.567117.796731.839832.7866
62.5920.41350.80342.55140.21580.29070.10340.02070.0730.0864-0.228-0.3172-0.0570.49760.21980.7792-0.04550.01080.7650.07390.457247.290135.381352.7876
72.8698-1.3539-0.50215.0254-0.88751.3950.2112-0.19750.1477-0.1164-0.32220.0048-0.07040.79340.17440.47310.082-0.05370.687-0.02030.26544.888613.8350.9221
82.8538-0.4648-1.24224.45910.71383.2050.44630.0063-0.133-0.8957-0.8018-0.72050.18721.20220.25380.72780.36150.15431.09740.22560.505855.85810.596349.2693
92.6117-0.34860.85212.1335-0.19252.34280.21530.3398-0.0197-0.1215-0.4708-0.34210.12260.73630.25260.65160.01690.09230.87780.07650.40149.385726.549847.5882
103.60731.28962.60743.41783.08513.59080.3603-0.28340.32090.6788-0.2486-0.37670.26130.6671-0.06320.8465-0.1588-0.01420.95590.13350.426556.511323.330672.5615
112.450.15670.59663.48923.5373.83590.43070.101-0.14310.5582-0.4042-0.25831.2902-0.8136-0.01740.6267-0.0769-0.03540.40590.00820.47020.7586-6.744434.4895
122.0339-0.55950.72571.41371.64282.7943-0.3296-0.12670.637-0.15380.12010.0331-0.7534-0.12680.23920.8116-0.01550.04650.38150.11960.6396-6.27169.743612.2192
133.1088-0.63560.7592.3384-0.07143.07120.17450.2314-0.3648-0.4091-0.0906-0.009-0.32840.4976-0.07060.5149-0.04430.08030.2827-0.02130.34231.6538-8.01576.8814
143.28270.99650.37510.604-0.29323.07230.26190.2057-0.52070.28990.0373-0.7710.39920.5439-0.28760.44570.1112-0.01710.3994-0.09230.67314.4605-15.229515.9313
151.6706-0.21390.35652.24090.48042.20010.04760.24490.0933-0.2068-0.0996-0.4459-0.27170.06950.07090.4867-0.10550.08380.37720.01560.58765.1805-3.39419.3264
163.3462-0.61324.20324.16182.43819.2076-0.77670.29570.539-1.08160.101-0.9053-1.04890.32780.52390.3536-0.14590.07130.32530.01660.771111.808111.000128.1497
174.2196-1.17260.77090.3701-0.11142.0666-0.2003-0.1346-0.01630.24210.1331-0.50390.61050.2604-0.03920.8512-0.1227-0.19840.4616-0.1160.748315.0428-4.131137.7806
182.8778-1.94321.44815.38490.17945.5227-0.2053-0.10990.26641.8131-0.0024-0.6452-0.11910.05680.14950.5275-0.0137-0.16930.4682-0.03710.539910.1586-4.266136.2468
191.3274-0.19981.4373.4221-1.44172.01670.07260.37160.28890.0834-0.5979-0.1866-0.3243-0.13910.35560.42040.1822-0.04920.9048-0.06440.4685-20.8469-4.40383.5063
204.6777-0.92580.97441.5571-1.56321.981-0.4296-0.33320.71730.831-0.2339-0.2826-0.6262-0.33260.39620.43880.1380.05990.6572-0.15220.568-17.92662.717428.2689
213.0171.2907-0.38272.3352-0.54450.72620.2892-0.687-0.15190.02970.17840.05250.6227-0.565-0.38840.6533-0.20890.12510.6923-0.0120.3785-15.7068-16.36325.4062
222.34980.4784-0.16260.8091-0.20791.43130.3055-0.1738-0.69430.3288-0.31310.41861.0566-0.75410.05410.7491-0.37140.17590.7248-0.06290.6383-24.0142-26.161217.0091
233.4550.12130.19682.91831.03752.22680.1309-0.44390.07940.573-0.30470.28720.1343-0.93170.13020.5177-0.10570.09970.5712-0.06990.3597-17.7165-11.09824.5628
240.5641-0.625-1.23362.57170.05093.68060.0163-0.6583-0.05250.0070.1840.89160.1823-0.6464-0.11110.16750.06480.09760.94850.00450.6513-36.6796-7.57576.6171
257.23391.03510.8775.5367-1.6293.2150.09371.0006-0.235-1.24650.01050.62110.3308-0.241-0.08240.73040.0843-0.16970.9336-0.21040.5412-27.7349-14.2737-8.4223
265.7275-2.66890.969.4708-2.91075.9025-0.19690.4775-0.6044-0.8671-0.180.37130.3872-1.39290.37330.5408-0.11150.09190.7154-0.18980.5002-24.3148-17.0235-0.5875
276.07671.85384.47795.04910.41337.859-0.07510.28150.8405-0.6971-0.22460.7742-1.1543-0.54790.53920.54470.2372-0.20190.9114-0.0360.5738-31.6911-2.1076-6.8673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 70 )A6 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 166 )A71 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 167 through 290 )A167 - 290
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 291 through 331 )A291 - 331
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 332 through 379 )A332 - 379
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 6 through 69 )B6 - 69
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 70 through 136 )B70 - 136
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 137 through 199 )B137 - 199
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 200 through 290 )B200 - 290
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 291 through 380 )B291 - 380
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 6 through 28 )C6 - 28
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 29 through 70 )C29 - 70
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 71 through 100 )C71 - 100
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 101 through 166 )C101 - 166
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 167 through 270 )C167 - 270
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 271 through 290 )C271 - 290
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 291 through 331 )C291 - 331
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 332 through 379 )C332 - 379
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 6 through 36 )D6 - 36
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 37 through 69 )D37 - 69
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 70 through 100 )D70 - 100
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 101 through 199 )D101 - 199
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 200 through 270 )D200 - 270
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 271 through 308 )D271 - 308
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 309 through 331 )D309 - 331
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 332 through 360 )D332 - 360
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 361 through 380 )D361 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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