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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rf9 | ||||||
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Title | O2-, PLP-dependent desaturase Plu4 intermediate-bound enzyme | ||||||
![]() | Aminotran_1_2 domain-containing protein | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / arginine desaturase / oxygen- and PLP-dependent oxidase / Fold Type I / biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hoffarth, E.R. / Ryan, K.S. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: A shared mechanistic pathway for pyridoxal phosphate-dependent arginine oxidases. Authors: Hoffarth, E.R. / Caddell Haatveit, K. / Kuatsjah, E. / MacNeil, G.A. / Saroya, S. / Walsby, C.J. / Eltis, L.D. / Houk, K.N. / Garcia-Borras, M. / Ryan, K.S. | ||||||
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 69.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 100.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7n79C ![]() 7rgbC ![]() 6c3dS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 44639.168 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: JF50_03865 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 1165 molecules ![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EJ1.gif)
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![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/AE3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EJ1.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/AE3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-BTB / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-EJ1 / ( #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | ChemComp-AE3 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Bis-Tris:HCl; 27% PEG 3350; 0.2 M ammonium acetate; microseeded from crystals grown at pH 6.0; soaked with 2 mM PLP and 3 mM L-arginine for 8 min Temp details: room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 27, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.926→39.16 Å / Num. obs: 106646 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 13.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 11.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6C3D Resolution: 1.926→38.328 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.75 Å2 / Biso mean: 30.4988 Å2 / Biso min: 12.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.926→38.328 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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