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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7rf9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | O2-, PLP-dependent desaturase Plu4 intermediate-bound enzyme | ||||||
Components | Aminotran_1_2 domain-containing protein | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / arginine desaturase / oxygen- and PLP-dependent oxidase / Fold Type I / biosynthesis | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationamino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Pseudoalteromonas luteoviolacea (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.926 Å | ||||||
Authors | Hoffarth, E.R. / Ryan, K.S. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2021Title: A shared mechanistic pathway for pyridoxal phosphate-dependent arginine oxidases. Authors: Hoffarth, E.R. / Caddell Haatveit, K. / Kuatsjah, E. / MacNeil, G.A. / Saroya, S. / Walsby, C.J. / Eltis, L.D. / Houk, K.N. / Garcia-Borras, M. / Ryan, K.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7rf9.cif.gz | 639.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7rf9.ent.gz | 529.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7rf9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7rf9_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7rf9_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
| Data in XML | 7rf9_validation.xml.gz | 69.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 7rf9_validation.cif.gz | 100.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rf9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7n79C ![]() 7rgbC ![]() 6c3dS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 44639.168 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudoalteromonas luteoviolacea (bacteria)Gene: JF50_03865 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 1165 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-BTB / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-EJ1 / ( #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | ChemComp-AE3 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.19 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Bis-Tris:HCl; 27% PEG 3350; 0.2 M ammonium acetate; microseeded from crystals grown at pH 6.0; soaked with 2 mM PLP and 3 mM L-arginine for 8 min Temp details: room temperature |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 27, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.926→39.16 Å / Num. obs: 106646 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 13.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 11.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
|---|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6C3D Resolution: 1.926→38.328 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.97 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 91.75 Å2 / Biso mean: 30.4988 Å2 / Biso min: 12.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.926→38.328 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Pseudoalteromonas luteoviolacea (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
Citation












PDBj


