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- PDB-7rg5: Importin alpha3 in complex with p50 NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rg5
タイトルImportin alpha3 in complex with p50 NLS
要素
  • Importin subunit alpha-3
  • Isoform 3 of Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN/VIRAL PROTEIN / complex / transportin / importin / TRANSPORT PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein metabolic process => GO:0051248 / transcription coactivator binding => GO:0001223 / negative regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / negative regulation of cholesterol transport / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / neutrophil degranulation / membrane protein intracellular domain proteolysis ...negative regulation of protein metabolic process => GO:0051248 / transcription coactivator binding => GO:0001223 / negative regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / negative regulation of cholesterol transport / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / neutrophil degranulation / membrane protein intracellular domain proteolysis / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / IkBA variant leads to EDA-ID / dopamine secretion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of lipid storage / negative regulation of interleukin-12 production / Regulated proteolysis of p75NTR / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / CLEC7A/inflammasome pathway / NLS-dependent protein nuclear import complex / cellular response to dsRNA / cellular response to interleukin-6 / Interleukin-1 processing / actinin binding / cellular response to angiotensin / interleukin-1-mediated signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / positive regulation of miRNA metabolic process / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / transcription factor binding / The NLRP3 inflammasome / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interleukin-1 / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / nuclear pore / stress-activated MAPK cascade / response to muscle stretch / NF-kB is activated and signals survival / CD209 (DC-SIGN) signaling / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Activation of NF-kappaB in B cells / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / PKMTs methylate histone lysines / ISG15 antiviral mechanism / CLEC7A (Dectin-1) signaling / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / FCERI mediated NF-kB activation / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / HCMV Early Events / Interleukin-1 signaling / cellular response to nicotine / cellular response to mechanical stimulus / specific granule lumen / protein import into nucleus / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to lipopolysaccharide / nuclear membrane / secretory granule lumen / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / apoptotic process / chromatin binding / Neutrophil degranulation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / Domain of unknown function DUF3447 / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / Domain of unknown function DUF3447 / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Immunoglobulin E-set / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-3 / Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Smith, K.M. / Tsimbalyuk, S. / Aragao, D. / Forwood, J.K.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2003636 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: MERS-CoV ORF4b employs an unusual binding mechanism to target IMP alpha and block innate immunity.
著者: Munasinghe, T.S. / Edwards, M.R. / Tsimbalyuk, S. / Vogel, O.A. / Smith, K.M. / Stewart, M. / Foster, J.K. / Bosence, L.A. / Aragao, D. / Roby, J.A. / Basler, C.F. / Forwood, J.K.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-3
B: Isoform 3 of Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3022
ポリマ－55,3022
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.751, 59.183, 86.239
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.319, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-3 / Importin alpha Q1 / Qip1 / Karyopherin subunit alpha-4


分子量: 50325.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA4, QIP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00629
#2: タンパク質・ペプチド Isoform 3 of Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / DNA-binding factor KBF1 / EBP-1 / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 1


分子量: 4975.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFKB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19838-3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M potassium thiocyanate and 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→85.72 Å / Num. obs: 26271 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 43.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2043 / Rpim(I) all: 0.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.19rc4_4035モデル構築
PHENIX1.19rc4_4035精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BVZ

6bvz


解像度: 2.15→48.7 Å / SU ML: 0.2738 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.7566
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 1345 5.13 %
Rwork0.2257 24876 -
obs0.2275 26221 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3284 0 0 70 3354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48234570
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0356550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.79971234
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.220.33631270.29522366X-RAY DIFFRACTION95.74
2.22-2.310.32551440.26522470X-RAY DIFFRACTION99.73
2.31-2.420.28881400.24162482X-RAY DIFFRACTION99.92
2.42-2.540.27511160.252507X-RAY DIFFRACTION99.73
2.54-2.70.32341410.27092478X-RAY DIFFRACTION99.81
2.7-2.910.32771340.26912479X-RAY DIFFRACTION99.89
2.91-3.210.25521000.25662537X-RAY DIFFRACTION99.96
3.21-3.670.29921410.25062497X-RAY DIFFRACTION99.92
3.67-4.620.22171470.19472493X-RAY DIFFRACTION100
4.62-48.70.22761550.18792567X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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