[日本語] English
万見
- PDB-7rfb: Crystal structure of broadly neutralizing antibody mAb1198 in com... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rfb
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody mAb1198 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 ectodomain
要素
  • envelope glycoprotein E2
  • mAb1198 Heavy Chain
  • mAb1198 Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell ...host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepacivirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI127469 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99 AI153465 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Analysis of antibodies from HCV elite neutralizers identifies genetic determinants of broad neutralization.
著者: Weber, T. / Potthoff, J. / Bizu, S. / Labuhn, M. / Dold, L. / Schoofs, T. / Horning, M. / Ercanoglu, M.S. / Kreer, C. / Gieselmann, L. / Vanshylla, K. / Langhans, B. / Janicki, H. / Stroh, L. ...著者: Weber, T. / Potthoff, J. / Bizu, S. / Labuhn, M. / Dold, L. / Schoofs, T. / Horning, M. / Ercanoglu, M.S. / Kreer, C. / Gieselmann, L. / Vanshylla, K. / Langhans, B. / Janicki, H. / Stroh, L.J. / Knops, E. / Nierhoff, D. / Spengler, U. / Kaiser, R. / Bjorkman, P.J. / Krey, T. / Bankwitz, D. / Pfeifer, N. / Pietschmann, T. / Flyak, A.I. / Klein, F.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: mAb1198 Heavy Chain
B: mAb1198 Light Chain
C: envelope glycoprotein E2
D: envelope glycoprotein E2
H: mAb1198 Heavy Chain
L: mAb1198 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,21018
ポリマ－155,9056
非ポリマー6,30612
水00
1
A: mAb1198 Heavy Chain
B: mAb1198 Light Chain
C: envelope glycoprotein E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,24510
ポリマ－77,9523
非ポリマー3,2937
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9020 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area32160 Å2
手法PISA
2
D: envelope glycoprotein E2
H: mAb1198 Heavy Chain
L: mAb1198 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9658
ポリマ－77,9523
非ポリマー3,0135
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area31890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.090, 102.431, 131.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 envelope glycoprotein E2


分子量: 28946.479 Da / 分子数: 2 / Fragment: ectodomain (UNP residues 214-475) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス) / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2P0NE26

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体 mAb1198 Heavy Chain


分子量: 25090.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 mAb1198 Light Chain


分子量: 23915.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 12分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 % / Mosaicity: 0.43 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 17% PEG10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→80.78 Å / Num. obs: 47758 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 148614 / Scaling rejects: 150
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.793.10.8881386944180.610.5861.0691.597.4
10.8-80.7830.08223947870.9890.0520.0971095.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 6MEH & 6MEI

6meh

6mei


解像度: 2.7→46.16 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 2318 4.87 %
Rwork0.2148 45328 -
obs0.2171 47646 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 205.94 Å2 / Biso mean: 91.7578 Å2 / Biso min: 44.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→46.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10070 0 417 0 10487
Biso mean--119.03 --
残基数----1320
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.760.39681360.32882662279897
2.76-2.820.36921470.30492669281697
2.82-2.880.31021260.2942670279696
2.88-2.950.34991390.2892668280796
2.95-3.030.34391390.28882604274394
3.03-3.120.30611410.26832580272194
3.12-3.220.29131510.26112714286598
3.22-3.340.27861460.25182670281697
3.34-3.470.31121290.23522686281597
3.47-3.630.30071250.22352696282195
3.63-3.820.28691210.22362545266692
3.82-4.060.26531290.20112735286498
4.06-4.370.22721250.18892708283397
4.37-4.810.22161590.16032667282696
4.81-5.510.20091210.17412676279795
5.51-6.930.25461390.20972740287997
6.94-46.160.24091450.21092638278393
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9145-1.39435.046.2198-3.59869.12270.46150.1303-0.3833-0.37960.28980.9870.8818-1.1512-0.72780.6125-0.103-0.03570.6759-0.03280.55611.2313.015-4.902
24.57890.44170.88034.3845-2.75344.38240.56350.669-0.3216-2.1498-0.65980.01030.8720.42050.11361.50.4677-0.15670.7723-0.13250.71390.20426.895-39.777
32.37671.54511.52945.4597-3.63417.9883-0.27970.4272-0.2782-1.5320.3462-0.47790.72070.2128-0.08730.53120.00650.04660.5417-0.14080.67321.311.5378.785
47.6622-0.62894.33963.47111.65083.8972-0.121.0522-0.2283-0.1143-0.07980.5350.39280.84560.18120.51080.0856-0.06010.6591-0.05841.099231.042-14.30395.689
56.30176.1603-3.99918.8613-4.80542.8634-0.6957-0.458-0.675-0.93790.037-1.43030.42290.21730.55780.5050.0391-0.02260.4846-0.07950.611129.2570.26287.62
63.0052-0.5639-0.33064.7955-0.72732.6458-0.2131-0.5084-0.07880.145-0.079-0.2688-0.2330.03960.26510.4590.01560.05290.5783-0.05740.498626.363-0.08592.323
77.30495.76085.88864.51844.63514.81970.497-1.45070.50041.1978-1.07080.21850.3907-0.74270.42880.7030.10150.13510.9862-0.00480.643912.5280.678100.058
83.2436-0.2715-0.14693.9073-3.57498.8469-0.04820.4750.05190.1012-0.1001-0.43860.0540.57790.110.3783-0.02540.02140.3975-0.10810.504918.63520.57159.666
94.5913-2.90171.50454.3275-1.53222.57740.00870.57180.1421-0.2726-0.0285-0.2465-0.22490.16560.05860.461-0.14540.05850.6921-0.09170.36662.73339.55833.701
109.5753-1.66014.72353.6607-3.88928.71490.22-0.1133-0.5792-0.25580.46570.58610.6134-0.866-0.63180.5398-0.09860.03390.4804-0.05180.6222-2.06513.13961.031
115.38311.0451-2.62743.9816-2.16188.50180.00070.8341-0.4958-0.7243-0.03310.10520.5824-0.10230.00780.5581-0.0372-0.04610.7423-0.24450.4978-4.54926.77826.163
125.6043-1.2806-0.42525.727-3.07088.84990.17030.68150.4728-0.0083-0.5567-0.80560.02960.62530.36850.39360.00060.0190.60790.10160.579222.01420.288-5.261
136.8486-2.81211.07346.896-2.01363.99610.20160.24480.4644-0.7319-1.0284-1.19350.00691.05420.66580.63140.11190.16470.85890.16040.56457.59239.342-31.417
147.3004-0.15360.5817.8394-3.88513.482-0.19020.6488-0.9531-1.28140.0442-0.43260.42880.63040.15690.8698-0.10960.09890.6161-0.04910.736823.9513.97511.257
151.53132.30630.40363.93331.63252.48310.3468-0.2383-1.25790.21590.64580.33531.74110.532-0.24721.39930.0962-0.53410.86380.38882.667827.499-17.15331.549
160.26870.1213-0.57450.90260.6131.9488-0.1068-0.2397-2.35610.6258-0.6194-1.49690.29920.97630.68080.7155-0.1188-0.22180.90010.35761.70631.8590.78523.584
172.53160.6181-1.96832.54361.40922.85120.238-0.8171-0.70630.7936-0.7665-1.4273-1.29991.25360.6110.9916-0.3432-0.3661.12770.2540.869634.0211.1928.388
181.0519-2.13771.11657.3942-0.52292.3366-0.2237-0.914-1.79071.1706-0.6357-1.343-0.0330.83430.75410.752-0.1152-0.13170.88930.5171.460327.197-8.74730.086
197.80691.5527-3.49214.8416-3.01968.3359-0.198-0.1491-1.0460.3161-0.131-0.21530.03530.49760.25940.6922-0.0212-0.07430.5290.08740.624516.1940.30127.668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN L AND RESID 2:113 )L2 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN L AND RESID 114:213 )L114 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 420:464 )C420 - 464
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 465:484 )C465 - 484
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 485:509 )C485 - 509
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 510:624 )C510 - 624
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 625:645 )C625 - 645
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 1:125 )A1 - 125
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 126:214 )A126 - 214
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 2:113 )B2 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 114:213 )B114 - 213
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND RESID 1:125 )H1 - 125
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN H AND RESID 126:213 )H126 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN D AND RESID 421:458 )D421 - 458
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 459:485 )D459 - 485
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 486:509 )D486 - 509
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 510:550 )D510 - 550
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 551:607 )D551 - 607
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 608:645 )D608 - 645

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る