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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q2h | |||||||||
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タイトル | mycolic acid methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobac-terium tuberculosis in complex with ZT275 | |||||||||
要素 | Hydroxymycolate synthase MmaA4 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / mycolic acid methyltransferase mycobacterium tuberculosis fragment based ligand discovery | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mycolic acid biosynthetic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Maveyraud, L. / Galy, R. / Mourey, L. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2021 タイトル: Fragment-Based Ligand Discovery Applied to the Mycolic Acid Methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobacterium tuberculosis : A Crystallographic and Molecular Modelling Study. 著者: Galy, R. / Ballereau, S. / Genisson, Y. / Mourey, L. / Plaquevent, J.C. / Maveyraud, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q2h.cif.gz | 136.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q2h.ent.gz | 104.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q2h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q2h_validation.pdf.gz | 895.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q2h_full_validation.pdf.gz | 895.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7q2h_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q2h_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36521.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mmaA4, hma, mma4, Rv0642c / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q79FX8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-IEJ / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: BisTris 50 mM, PEG 3350 4% (w/v), pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→49.03 Å / Num. obs: 40075 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.89 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 13.72 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / 冗長度: 8.79 % / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique obs: 6368 / CC1/2: 0.89 / Rrim(I) all: 0.804 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 2FK7 解像度: 1.75→49.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.531 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.357 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→49.08 Å
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拘束条件 |
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