PDB-7q2h: mycolic acid methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobac-terium tu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q2h

タイトル

mycolic acid methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobac-terium tuberculosis in complex with ZT275

要素

Hydroxymycolate synthase MmaA4

キーワード

TRANSFERASE / mycolic acid methyltransferase mycobacterium tuberculosis fragment based ligand discovery

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity / mycolic acid biosynthetic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / lipid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Maveyraud, L. / Galy, R. / Mourey, L.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2021
タイトル: Fragment-Based Ligand Discovery Applied to the Mycolic Acid Methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobacterium tuberculosis : A Crystallographic and Molecular Modelling Study.
著者: Galy, R. / Ballereau, S. / Genisson, Y. / Mourey, L. / Plaquevent, J.C. / Maveyraud, L.

履歴

登録	2021年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q2h.cif.gz	136.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q2h.ent.gz	104.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q2bC 7q2cC 7q2dC 7q2eC 7q2fC 7q2gC 2fk7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7q2d-d 1lqg-2 3ckx-d 7laz-d 3vc2-2 1l1e-1 2fk8-d 1hm7-1 1hnd-d 5zk4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydroxymycolate synthase MmaA4

ヘテロ分子

37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.619, 56.619, 207.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Hydroxymycolate synthase MmaA4 / Mycolic acid methyltransferase / MA-MT / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / AdoMet-MT / SAM-MT 分子量: 36521.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mmaA4, hma, mma4, Rv0642c / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q79FX8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-IEJ / O-TOLUENESULFONAMIDE / OTS 分子量: 171.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: BisTris 50 mM, PEG 3350 4% (w/v), pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→49.03 Å / Num. obs: 40075 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.89 % / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.095 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 13.72
反射シェル	解像度: 1.75→1.86 Å / 冗長度: 8.79 % / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique obs: 6368 / CC_1/2: 0.89 / R_rim(I) all: 0.804 / R_sym value: 0.089 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2FK7

2fk7

解像度: 1.75→49.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 4.531 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21054	2034	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17822	-	-	-
obs	0.17984	37941	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0.08 Å²	-0 Å²
2-	-	0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→49.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2278	0	27	193	2498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.164	1.659	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.225	1.582	5054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.911	5	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.083	21.752	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.62	15	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.54	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.764	13.795	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.761	13.778	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.255	19.904	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.26	19.92	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.38	15.681	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.378	15.69	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.623	22.018	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.712	43.72	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.711	43.734	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	140	-
R_work	0.249	2753	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.6648 Å / Origin y: 8.2239 Å / Origin z: 16.6692 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1268 Å²	-0.0312 Å²	0.0129 Å²	-	0.0604 Å²	0.0058 Å²	-	-	0.0135 Å²
L	1.2172 °²	-0.1341 °²	-0.6268 °²	-	1.6723 °²	0.3928 °²	-	-	2.4859 °²
S	-0.0419 Å °	-0.0183 Å °	0.1029 Å °	-0.1494 Å °	0.1864 Å °	0.0095 Å °	-0.3452 Å °	-0.1116 Å °	-0.1445 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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