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- PDB-1hm7: N219L PENTALENENE SYNTHASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hm7
タイトルN219L PENTALENENE SYNTHASE
要素PENTALENENE SYNTHASE
キーワードLYASE / sesquiterpene synthase / pentalenene / terpene / antibiotic biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


pentalenene synthase / pentalenene synthase activity / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pentalenene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Seemann, M. / Paschall, C.M. / Christianson, D.W. / Cane, D.E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002
タイトル: Pentalenene synthase. Analysis of active site residues by site-directed mutagenesis.
著者: Seemann, M. / Zhai, G. / de Kraker, J.W. / Paschall, C.M. / Christianson, D.W. / Cane, D.E.
履歴
登録2000年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENTALENENE SYNTHASE
B: PENTALENENE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8372
ポリマ－75,8372
非ポリマー00
水46826
1
A: PENTALENENE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9181
ポリマ－37,9181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PENTALENENE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9181
ポリマ－37,9181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)181.400, 181.400, 56.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP63
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 PENTALENENE SYNTHASE / E.C.4.6.1.5


分子量: 37918.273 Da / 分子数: 2 / 変異: N219L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: UC5319 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55012, EC: 4.6.1.5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: (NH4)2SO4, ethanol, MgCl2, Hepes pH 7.0, farnesyl diphosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12-7 mg/mlprotein1drop
2100 mMHEPES1droppH7.0
31.5 Mammonium sulfate1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoirpH8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 23110 / Num. obs: 23110 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.76 % / Biso Wilson estimate: 45.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 11.87
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2022 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 63768

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1HM4

1hm4


解像度: 2.9→20 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 2195 9.9 %RANDOM
Rwork0.2633 ---
all0.2633 23827 --
obs0.2633 22227 93.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.745 Å2-9.118 Å20 Å2
2---4.745 Å20 Å2
3---9.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.47 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.72 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4710 0 0 26 4736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0085
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.4386 197
Rwork0.3961 -
obs-1828
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.263
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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