PDB-7q17: Beta-lactoglobulin mutant FAW (I56F/L39A/M107W), unliganded form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q17

タイトル

Beta-lactoglobulin mutant FAW (I56F/L39A/M107W), unliganded form

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / mutation / desipramine

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Lewinski, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: New ligand-binding sites identified in the crystal structures of [beta]-lactoglobulin complexes with desipramine
著者: Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Sliwiak, J. / Bonarek, P. / Wrobel, P. / Pokrywka, K. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Jaskolski, M. / Lewinski, K.

履歴

登録	2021年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q17.cif.gz	75.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q17.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q17_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q17_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	7q17_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	7q17_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q18C 7q19C 7q2nC 7q2oC 7q2pC 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.7 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.083, 53.083, 111.469
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-305- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18279.965 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L39A, I56F, M107W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.40 M ammonium sulfate, 0.5 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月23日
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.97 Å / Num. obs: 17450 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.31 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 13.73
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 4.02 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2615 / CC_1/2: 0.59 / R_rim(I) all: 0.972 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 1.8→45.971 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.239 / WR_factor R_work: 0.19 / SU B: 5.814 / SU ML: 0.087 / Average fsc free: 0.9138 / Average fsc work: 0.9327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	1000	5.731 %
R_work	0.183	16448	-
all	0.185	-	-
obs	-	17448	99.652 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.125 Å²	0.062 Å²	-0 Å²
2-	-	0.125 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.405 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1251	0	4	98	1353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.619	1.641	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.317	1.583	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.357	5	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.44	25.517	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.242	15	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.308	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	601
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.052	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.239	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.277	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.052	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.318	3.384	630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.308	3.382	629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.425	5.049	784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.424	5.051	785
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.159	3.817	647
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.157	3.82	648
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.064	5.541	944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.061	5.544	945
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.002	40.087	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.002	39.765	1344

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.313	72	0.289	1192	0.291	1281	0.801	0.826	98.6729	0.288
1.847-1.897	0.286	71	0.257	1162	0.259	1239	0.864	0.877	99.5157	0.248
1.897-1.952	0.258	68	0.218	1124	0.22	1192	0.91	0.917	100	0.199
1.952-2.012	0.276	67	0.191	1098	0.196	1165	0.899	0.936	100	0.167
2.012-2.078	0.267	64	0.19	1049	0.194	1113	0.908	0.939	100	0.166
2.078-2.151	0.23	63	0.189	1047	0.191	1110	0.922	0.937	100	0.166
2.151-2.232	0.257	62	0.194	1015	0.198	1078	0.919	0.937	99.9072	0.166
2.232-2.323	0.235	59	0.191	969	0.193	1029	0.938	0.947	99.9028	0.163
2.323-2.426	0.24	57	0.171	935	0.175	992	0.936	0.957	100	0.146
2.426-2.544	0.252	53	0.177	875	0.181	928	0.922	0.953	100	0.154
2.544-2.681	0.207	51	0.178	842	0.18	901	0.939	0.952	99.1121	0.161
2.681-2.843	0.222	49	0.206	799	0.207	852	0.933	0.94	99.5305	0.194
2.843-3.039	0.277	47	0.204	771	0.208	818	0.902	0.935	100	0.198
3.039-3.281	0.303	43	0.189	717	0.196	760	0.904	0.951	100	0.19
3.281-3.592	0.168	40	0.183	662	0.182	702	0.964	0.964	100	0.188
3.592-4.013	0.163	37	0.163	603	0.163	640	0.976	0.97	100	0.184
4.013-4.628	0.233	32	0.147	532	0.152	567	0.949	0.972	99.4709	0.182
4.628-5.654	0.222	28	0.147	455	0.151	489	0.943	0.973	98.773	0.181
5.654-7.936	0.226	23	0.215	374	0.215	401	0.958	0.954	99.0025	0.255
7.936-45.971	0.149	14	0.201	227	0.198	252	0.968	0.964	95.6349	0.281

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.1268 Å / Origin y: 4.2842 Å / Origin z: 3.3141 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0466 Å²	-0.0245 Å²	-0.0032 Å²	-	0.0368 Å²	0.0131 Å²	-	-	0.0098 Å²
L	0.0977 °²	-0.0134 °²	0.2655 °²	-	0.9645 °²	0.3476 °²	-	-	1.7266 °²
S	-0.046 Å °	0.0474 Å °	0.0127 Å °	-0.0039 Å °	-0.0216 Å °	0.0505 Å °	0.0232 Å °	0.0995 Å °	0.0676 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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