PDB-7q2p: Beta-lactoglobulin mutant FAW (I56F/L39A/M107W) in complex with d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q2p

タイトル

Beta-lactoglobulin mutant FAW (I56F/L39A/M107W) in complex with desipramine (FAW-DSM#2)

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / mutation / desipramine

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Pokrywka, K. / Lewinski, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: New ligand-binding sites identified in the crystal structures of [beta]-lactoglobulin complexes with desipramine
著者: Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Sliwiak, J. / Bonarek, P. / Wrobel, P. / Pokrywka, K. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Jaskolski, M. / Lewinski, K.

履歴

登録	2021年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q2p.cif.gz	135.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q2p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q17C 7q18C 7q19C 7q2nC 7q2oC 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

BBB: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.814, 70.517, 178.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-450- HOH
2	1	BBB-469- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 9 - 162 / Label seq-ID: 9 - 162

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18279.965 Da / 分子数: 2 / 変異: L1A, I2S, L39A, I56F, M107W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P02754

-
非ポリマー , 5種, 177分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-DSM / 3-(10,11-DIHYDRO-5H-DIBENZO[B,F]AZEPIN-5-YL)-N-METHYLPROPAN-1-AMINE / Desipramine;Norpramin / デシプラミン分子量: 266.381 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗うつ薬, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.40 M (NH4)2SO4, 0.5 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.688→45.519 Å / Num. obs: 39985 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.94 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 19.43
反射シェル	解像度: 1.69→1.79 Å / Num. unique obs: 6354 / CC_1/2: 0.857 / R_rim(I) all: 1.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 1.69→45.519 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 9.646 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogen atoms were added at riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2355	1000	2.501 %
R_work	0.1892	38980	-
all	0.19	-	-
obs	-	39980	99.577 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.721 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.83 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.119 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→45.519 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2448	0	80	168	2696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.645	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.492	1.619	5811
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.69	5	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.273	25.47	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.266	15	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.785	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3020
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.486	3.288	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.391	3.284	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.977	4.876	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.988	4.881	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	14.424	4.359	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	13.793	4.339	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	17.402	6.08	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	16.499	6.038	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.112	40.577	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	17.156	40.331	2641
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.158	0.05	4231

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15833	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15833	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.732	0.339	72	0.451	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.2461
1.732-1.779	0.478	71	0.416	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.4044
1.779-1.831	0.355	69	0.35	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.4589
1.831-1.887	0.313	67	0.316	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.8891
1.887-1.949	0.309	65	0.292	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.5401
1.949-2.017	0.258	64	0.239	2490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.017-2.093	0.214	61	0.201	2380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.093-2.178	0.275	59	0.184	2277	X-RAY DIFFRACTION	99.3197
2.178-2.275	0.238	57	0.19	2212	X-RAY DIFFRACTION	99.3868
2.275-2.386	0.17	53	0.159	2104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.514	0.253	52	0.164	2019	X-RAY DIFFRACTION	99.9035
2.514-2.666	0.274	50	0.176	1923	X-RAY DIFFRACTION	99.8987
2.666-2.85	0.222	45	0.167	1777	X-RAY DIFFRACTION	98.6999
2.85-3.077	0.274	43	0.169	1682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.077-3.369	0.269	40	0.179	1564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.369-3.764	0.2	37	0.165	1424	X-RAY DIFFRACTION	99.727
3.764-4.342	0.192	32	0.147	1237	X-RAY DIFFRACTION	98.6781
4.342-5.306	0.171	27	0.133	1079	X-RAY DIFFRACTION	99.9097
5.306-7.453	0.312	22	0.21	858	X-RAY DIFFRACTION	99.6602
7.453-45.519	0.168	14	0.206	510	X-RAY DIFFRACTION	97.2171

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4233	-0.1516	-0.2776	0.072	0.1655	0.4206	0.0074	0.09	-0.1556	0.0008	0.0152	-0	-0.0161	0.0276	-0.0226	0.018	0.0179	-0.008	0.0557	-0.0405	0.0567	16.4439	-1.0451	61.8954
2	1.4126	-0.0253	0.0797	0.0803	0.2621	0.9562	0.0121	-0.0456	-0.0632	-0.0169	-0.0267	-0.0032	-0.0488	-0.0235	0.0146	0.0083	0.0159	-0.0092	0.0563	0.0022	0.0513	45.1559	3.2117	74.231

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	4 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	501
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	705
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	9 - 162
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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