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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q18 | ||||||
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Title | Beta-lactoglobulin mutant FAF (I56F/L39A/M107F), unliganded form | ||||||
![]() | Beta-lactoglobulin![]() | ||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Loch, J.I. / Cymborowski, M.T. / Minor, W. / Lewinski, K. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: New ligand-binding sites identified in the crystal structures of [beta]-lactoglobulin complexes with desipramine Authors: Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Sliwiak, J. / Bonarek, P. / Wrobel, P. / Pokrywka, K. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Jaskolski, M. / Lewinski, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 128.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7q17C ![]() 7q19C ![]() 7q2nC ![]() 7q2oC ![]() 7q2pC ![]() 1bsyS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth seq-ID: 5 - 160 / Label seq-ID: 5 - 160
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 18240.930 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L1A, I2S, L39A, I56F, M107F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.53 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 2.40 M (NH4)2SO4, 0.5 M Tris-HCl pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 17, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 27108 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 35.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Redundancy: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1363 / CC1/2: 0.884 / Rrim(I) all: 0.833 / % possible all: 98.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1BSY Resolution: 1.804→27.733 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 9.823 / SU ML: 0.135 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.131 / Details: Hydrogen atoms were added at riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.982 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.804→27.733 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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