PDB-7q2n: Beta-lactoglobulin mutant FAF (I56F/L39A/M107F) in complex with d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q2n

タイトル

Beta-lactoglobulin mutant FAF (I56F/L39A/M107F) in complex with desipramine (FAF-DSM)

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / mutation / desipramine

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Lewinski, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: New ligand-binding sites identified in the crystal structures of [beta]-lactoglobulin complexes with desipramine
著者: Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Sliwiak, J. / Bonarek, P. / Wrobel, P. / Pokrywka, K. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Jaskolski, M. / Lewinski, K.

履歴

登録	2021年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q2n.cif.gz	139.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q2n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q2n_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q2n_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7q2n_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	7q2n_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q17C 7q18C 7q19C 7q2oC 7q2pC 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

BBB: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.821, 73.340, 179.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-358- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth seq-ID: 5 - 160 / Label seq-ID: 5 - 160

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18240.930 Da / 分子数: 2 / 変異: L1A, I2S, L39A, I56F, M107F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P02754

-
非ポリマー , 6種, 155分子

#2: 化合物	ChemComp-DSM / 3-(10,11-DIHYDRO-5H-DIBENZO[B,F]AZEPIN-5-YL)-N-METHYLPROPAN-1-AMINE / Desipramine;Norpramin / デシプラミン分子量: 266.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗うつ薬, 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.40 M (NH4)2SO4, 0.5 M Tris-HCl pH 8.5, desipramine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.38 Å / Num. obs: 41144 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 17.97
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique obs: 6512 / CC_1/2: 0.903 / R_rim(I) all: 1.351

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 1.7→46.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 12.805 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogen atoms were added at riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2328	1042	2.537 %
R_work	0.2032	40027	-
all	0.204	-	-
obs	-	41069	99.934 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.931 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.806 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.96 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.154 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2493	0	101	146	2740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.599	1.643	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.384	1.629	5974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.423	5	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.445	25.667	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.151	15	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.053	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.534	3.812	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.529	3.81	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.028	5.697	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.029	5.7	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.412	4.369	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.411	4.362	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.555	6.345	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.565	6.333	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.496	44.881	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.483	44.836	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.158	0.05	4320

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15827	0.05007
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15827	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.415	74	0.396	2951	0.396	3027	0.248	0.236	99.9339	0.336
1.744-1.792	0.412	75	0.397	2815	0.398	2894	0.178	0.196	99.8618	0.331
1.792-1.844	0.331	68	0.363	2764	0.362	2834	0.163	0.137	99.9294	0.293
1.844-1.9	0.314	60	0.336	2685	0.336	2746	0.188	0.192	99.9636	0.273
1.9-1.963	0.307	58	0.306	2635	0.306	2694	0.41	0.404	99.9629	0.25
1.963-2.031	0.261	63	0.279	2513	0.278	2580	0.496	0.527	99.845	0.234
2.031-2.108	0.295	54	0.27	2460	0.27	2514	0.592	0.552	100	0.226
2.108-2.194	0.276	76	0.253	2347	0.253	2423	0.703	0.662	100	0.22
2.194-2.291	0.278	67	0.235	2259	0.237	2326	0.78	0.796	100	0.208
2.291-2.403	0.329	56	0.223	2152	0.225	2210	0.806	0.864	99.9095	0.198
2.403-2.532	0.19	65	0.214	2073	0.213	2138	0.92	0.906	100	0.19
2.532-2.685	0.26	69	0.218	1921	0.219	1991	0.905	0.926	99.9498	0.201
2.685-2.87	0.297	50	0.194	1836	0.196	1888	0.902	0.935	99.8941	0.183
2.87-3.099	0.287	50	0.185	1722	0.188	1772	0.917	0.944	100	0.18
3.099-3.393	0.194	43	0.179	1593	0.179	1637	0.95	0.957	99.9389	0.18
3.393-3.791	0.196	39	0.159	1448	0.16	1487	0.959	0.969	100	0.164
3.791-4.373	0.174	33	0.145	1296	0.146	1331	0.963	0.974	99.8497	0.158
4.373-5.344	0.122	19	0.132	1120	0.132	1139	0.976	0.98	100	0.153
5.344-7.507	0.289	16	0.204	881	0.205	897	0.936	0.956	100	0.226
7.507-46.384	0.069	7	0.166	545	0.164	552	0.994	0.965	100	0.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3487	0.033	0.1335	0.1485	0.1752	0.3978	0.0154	0.0808	-0.1092	0.0173	-0.003	-0.0059	-0.0241	-0.0197	-0.0125	0.0529	0.0063	-0.0081	0.0453	-0.0412	0.0414	17.0924	-0.1514	62.0919
2	1.3175	-0.1823	0.0061	0.1532	0.3686	1.1507	-0.0242	-0.0153	-0.0571	-0.0098	0.0067	0.0215	0	0.0531	0.0176	0.0552	0.0078	-0.0135	0.0182	-0.0102	0.0282	45.0761	3.615	74.9238

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	4 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	201
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	301
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	163
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	164
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AeA	165
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AfA	166
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AgA	167
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AhA	170 - 260
10	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	5 - 161
11	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	165 - 248

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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