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Yorodumi- PDB-7q2o: Beta-lactoglobulin mutant FAW (I56F/L39A/M107W) in complex with d... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q2o | ||||||
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Title | Beta-lactoglobulin mutant FAW (I56F/L39A/M107W) in complex with desipramine (FAW-DSM#1) | ||||||
Components | Beta-lactoglobulin | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / mutation / desipramine | ||||||
Function / homology | Function and homology information retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular space / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Lewinski, K. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Iucrj / Year: 2022 Title: New ligand-binding sites identified in the crystal structures of [beta]-lactoglobulin complexes with desipramine Authors: Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Sliwiak, J. / Bonarek, P. / Wrobel, P. / Pokrywka, K. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Jaskolski, M. / Lewinski, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7q2o.cif.gz | 138.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7q2o.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7q2o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7q2o_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7q2o_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 7q2o_validation.xml.gz | 15.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7q2o_validation.cif.gz | 21 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7q17C 7q18C 7q19C 7q2nC 7q2pC 1bsyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 9 - 161 / Label seq-ID: 9 - 161
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AAABBB
#1: Protein | Mass: 18279.965 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L1A, I2S, L39A, I56F, M107W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: LGB / Plasmid: pET-Duet-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Origami B (DE3) / References: UniProt: P02754 |
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-Non-polymers , 5 types, 162 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-DSM / #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 2.20 M (NH4)2SO4, 0.5 M Tris-HCl pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 6, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→45.45 Å / Num. obs: 32842 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5.52 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 14.42 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.91 Å / Num. unique obs: 5196 / CC1/2: 0.851 / Rrim(I) all: 1.191 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1BSY Resolution: 1.8→45.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 11.364 / SU ML: 0.135 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.117 / Details: Hydrogen atoms were added at riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.116 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→45.45 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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