PDB-7ps3: Crystal structure of antibody Beta-32 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ps3

タイトル

Crystal structure of antibody Beta-32 Fab

要素

Beta-32 heavy chain
Beta-32 light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-COV-2 B.1.1.7 (Alpha) VARIANT / B.1.351 (Beta) VARIANT / P.1 (Gamma) VARIANT / B.1.617.2 (Delta) VARIANT / ANTIBODY / RECEPTOR-BINDING-DOMAIN / SPIKE / NEUTRALISATION / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / D-MALATE

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022
タイトル: The antibody response to SARS-CoV-2 Beta underscores the antigenic distance to other variants.
著者: Chang Liu / Daming Zhou / Rungtiwa Nutalai / Helen M E Duyvesteyn / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Wanwisa Dejnirattisai / Piyada Supasa / Alexander J Mentzer / Beibei Wang / James ...
要旨: Alpha-B.1.1.7, Beta-B.1.351, Gamma-P.1, and Delta-B.1.617.2 variants of SARS-CoV-2 express multiple mutations in the spike protein (S). These may alter the antigenic structure of S, causing escape ...

履歴

登録	2021年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2022年1月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ps3.cif.gz	233.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ps3.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ps3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ps3_validation.pdf.gz	456 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ps3_full_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示
XML形式データ	7ps3_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	7ps3_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7ps3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7ps3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	13857C 13868C 13869C 13870C 13871C 13872C 13873C 13874C 13875C 7pryC 7przC 7ps0C 7ps1C 7ps2C 7ps4C 7ps5C 7ps6C 7ps7C 7q0gC 7q0hC 7q0iC 7q6eC 7q9fC 7q9gC 7q9iC 7q9jC 7q9kC 7q9mC 7q9pC 7behS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ltg-2 5vr9-1 1m71-d 4ouu-1 4kaq-d 6vsr-d 5nyx-2 5gz0-2 6ug8-d 1kfa-2 3iu4-d 2hh0-d 2uyl-1 3vg0-d 2gfb-2 6df2-2 4r90-d 4dvb-1 7bg1-d 5vz1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Beta-32 heavy chain

L: Beta-32 light chain

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.583, 66.848, 135.015
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	Beta-32 heavy chain 分子量: 24742.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Beta-32 light chain 分子量: 23303.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 396分子

#3: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.1 M DL-Malic acid pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→68 Å / Num. obs: 61012 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 43.4 % / B_iso Wilson estimate: 32.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.181 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 17.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 2917 / CC_1/2: 0.705 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA	1.19_4092	データ収集
PHENIX	1.19_4092	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BEH

7beh

解像度: 1.7→47.5 Å / SU ML: 0.2485 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.4041
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1884	3002	4.97 %
R_work	0.1678	57392	-
obs	0.1688	60394	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3348	0	33	389	3770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	3507
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8306	4782
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0566	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	612
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2172	1260

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.73	0.4272	113	0.4479	2299	X-RAY DIFFRACTION	83.52
1.73-1.76	0.4533	108	0.4048	2592	X-RAY DIFFRACTION	94.87
1.76-1.79	0.3849	132	0.3377	2710	X-RAY DIFFRACTION	98.65
1.79-1.82	0.3072	132	0.2839	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.82-1.86	0.2749	148	0.2187	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.2237	157	0.1861	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.95	0.2127	150	0.1738	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.1948	137	0.1799	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.05	0.1988	145	0.1856	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.11	0.2221	150	0.1894	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.18	0.2189	147	0.177	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.26	0.1976	153	0.1701	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.35	0.2132	151	0.1689	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.45	0.1867	138	0.175	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.58	0.2108	159	0.1784	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.74	0.197	158	0.1808	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.96	0.1811	156	0.173	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.25	0.1737	143	0.1647	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.72	0.1728	144	0.1465	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.69	0.1453	149	0.1269	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-47.5	0.1726	132	0.1583	3002	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.32568942176	0.230765803035	1.39093516361	2.07813569092	1.02946443506	2.99759812741	0.0206514292383	-0.029800438643	-0.138365400603	0.193856162262	0.0650608212931	-0.256455984227	0.220760800768	0.190451923511	-0.0733248237865	0.294940428351	0.0369750896416	-0.0431144460877	0.201215605829	-0.0266537859233	0.295588307593	-18.450131382	-7.03244901406	-20.0599130513
2	1.25342593277	-0.153945261269	-0.971286173612	1.86011589999	1.14299016219	1.31593210533	-0.116286043468	-0.0135206815352	-0.000216405589881	-0.100817779101	0.073156872973	-0.0105213126944	-0.190881531662	0.0282889870645	0.0212974073641	0.263140153157	0.00727301627558	-0.0130776486452	0.180272800423	-0.015101120485	0.26873077067	-21.6081054073	-0.203936324244	-21.414167358
3	1.57197210308	0.00176088264952	1.86329170548	0.50370339274	-1.36580386781	5.92277090096	-0.411604991597	-1.16692585679	1.00885566419	0.487552889962	0.670886300245	-0.592857938862	-0.658430624415	-0.28082584263	-0.188920206911	0.380554392603	0.0242169207805	0.050161904828	0.589896525002	-0.157478442334	0.441636804831	-30.9935875848	18.6708272316	10.751491571
4	3.2114828468	-2.02282729615	-0.847444098148	1.71230831388	0.487136684235	1.35954744526	-0.0633175146916	-0.150337793004	-0.159776780484	0.179915851368	0.0394623775796	0.116168666309	0.146073098622	0.0467504287474	-0.01624751718	0.242915756561	0.00128585640345	-0.0179216934766	0.333672966814	-0.0359373717888	0.272848433933	-27.7801945922	10.6636742638	2.24360219776
5	2.80047033144	-2.85406618985	-3.68702395349	3.26648623633	3.90699453856	6.27075153497	-0.0796287562751	-0.832994540797	-0.363923665217	0.722841922055	0.146560631601	0.00600229420914	0.170953120155	-0.20423209368	0.0331536704917	0.515872215317	-0.0489103270625	0.105417438801	0.506859070076	-0.00603510071665	0.466692503596	-32.6372339659	6.35492450431	9.47075539842
6	2.4382219485	-0.976529934438	0.591677138642	3.87800482124	0.648703402874	2.01124664603	-0.0373209478555	-0.0195188910769	0.271949554977	-0.187996989066	0.0347528207463	-0.618866777141	-0.261970405073	0.508144111719	0.0842126767785	0.301894279525	-0.0517670457215	-0.00555686291897	0.303454710763	0.0848849972513	0.381344488145	-16.6655237475	19.9461958298	-28.9109696536
7	2.51003953242	-0.706494085896	1.11378602384	3.12294750694	-0.0310593968298	2.07271850287	-0.00369133954581	0.338333374559	0.172534527288	-0.237330003511	-0.068447784222	-0.0651986535704	0.0663693565219	0.113031239474	0.072693295666	0.29210961413	0.00193756071774	0.0130242609555	0.235077316957	0.0234950013705	0.243684003935	-24.2820780825	12.8228273502	-31.6850585526
8	2.87555945207	-1.33657444871	0.0286563092779	3.76022497528	1.29432616939	2.23156234862	0.0626482550738	0.26815588943	0.269361737467	-0.0704958619433	0.00472952332195	-0.367878980391	0.0630286753891	-0.0629936740964	0.061285268956	0.255683681824	-0.0184829343361	0.00362180416373	0.23256919124	0.0116831774626	0.240364549325	-20.3952803718	12.3101544314	-27.0048212718
9	2.34870045435	-1.95155585299	-1.55306965245	3.86164653408	2.1784231143	3.82310295648	0.0574424793415	-0.140629814961	0.389222560613	-0.269843210931	0.274382837516	-0.176066053735	-0.458625025326	0.273654516306	-0.494188001501	0.322714748592	-0.00874773996508	-0.0156203987557	0.254310777455	-0.0318430002384	0.310278135148	-23.3327923973	28.1288838215	-13.5592071099
10	3.31309493075	-0.931449407414	0.67940961049	3.98508789239	-1.18742904948	4.61157651401	-0.018885282273	-0.747432531874	-0.176443280524	0.504777518327	0.21648940049	0.235825660531	0.373169097927	-0.328610300486	-0.18546462898	0.375109926577	-0.00126472752516	-0.0119811168706	0.552273053257	-0.0523247702878	0.267156820861	-25.104844507	15.628982538	14.5591973002
11	2.11818331249	-0.689902677544	1.01786968547	1.98087046303	-1.45945127448	4.79274952114	-0.0174876345717	-0.292450512301	0.274903498108	0.0225237048006	0.126519342496	-0.0450573889027	-0.183219156072	0.173964639686	-0.0122603244328	0.267297583025	-0.00996140480294	0.00273015994875	0.393026331189	-0.130289866943	0.323567343155	-19.8692678056	25.677587627	3.64317053651
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13	2.19911289959	-0.560577130009	0.640574091768	2.32484877597	-0.652803751588	3.22858724686	-0.0924233987511	-0.711245133411	0.26293074252	0.76025604533	0.12845820712	0.0366569091264	-0.542180962965	0.155515301306	-0.065456662261	0.429461929235	0.0272391851576	-0.00836405300742	0.527860223049	-0.181055809598	0.321900872551	-20.274247065	25.5651452864	13.9359950588

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'H' and (resid 1 through 91 )	H	A	1 - 91	1 - 91
2	2	chain 'H' and (resid 92 through 131 )	H	A	92 - 131	92 - 131
3	3	chain 'H' and (resid 132 through 146 )	H	A	132 - 146	132 - 146
4	4	chain 'H' and (resid 147 through 215 )	H	A	147 - 215	147 - 215
5	5	chain 'H' and (resid 216 through 227 )	H	A	216 - 227	216 - 227
6	6	chain 'L' and (resid 1 through 25 )	L	F	1 - 25	1 - 25
7	7	chain 'L' and (resid 26 through 75 )	L	F	26 - 75	26 - 75
8	8	chain 'L' and (resid 76 through 101 )	L	F	76 - 101	76 - 101
9	9	chain 'L' and (resid 102 through 113 )	L	F	102 - 113	102 - 113
10	10	chain 'L' and (resid 114 through 128 )	L	F	114 - 128	114 - 128
11	11	chain 'L' and (resid 129 through 150 )	L	F	129 - 150	129 - 150
12	12	chain 'L' and (resid 151 through 174 )	L	F	151 - 174	151 - 174
13	13	chain 'L' and (resid 175 through 213 )	L	F	175 - 213	175 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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