PDB-7bg1: Structure of anti-FLAG M2 Fab domain remodeled based on proteomic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bg1

タイトル

Structure of anti-FLAG M2 Fab domain remodeled based on proteomic sequencing

要素

anti-FLAG M2 heavy chain
anti-FLAG M2 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Immunoglobulin / IgG / Fab / Monoclonal / M2 / Protein purification / FLAG / anti-FLAG / FLAG-tag / Immunohistochemistry / Immunocytochemistry / Immunoprecipitation / ELISA / Western blot / Research tool / Affinity tag

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Pronker, M.F. / Snijder, J.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Proteome Res. / 年: 2021
タイトル: Mass Spectrometry-Based De Novo Sequencing of Monoclonal Antibodies Using Multiple Proteases and a Dual Fragmentation Scheme.
著者: Peng, W. / Pronker, M.F. / Snijder, J.

履歴

登録	2021年1月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bg1.cif.gz	218.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bg1.ent.gz	145.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bg1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bg1_validation.pdf.gz	329.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bg1_full_validation.pdf.gz	336.1 KB	表示
XML形式データ	7bg1_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	7bg1_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bg1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g60S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dvb-1 5t78-1 2uyl-2 4kaq-d 6ug8-d 6y49-d 4msw-1 4r7d-1 6z3k-9 4dn3-d 6kx0-d 3qg7-d 6ltg-2 1kfa-2 5vr9-1 5etu-1 4gay-2 6mfj-2 5w24-d 4yhm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: anti-FLAG M2 heavy chain

L: anti-FLAG M2 light chain

ヘテロ分子

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, Standard Fab

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.360, 133.760, 41.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: 抗体	anti-FLAG M2 heavy chain 分子量: 23907.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IGHV1-04/IGHJ2 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組織 (発現宿主): Ovarian
#2: 抗体	anti-FLAG M2 light chain 分子量: 24364.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組織 (発現宿主): Ovarian
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG 4000, 0.1M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 46087 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.249 / Num. unique obs: 2659 / % possible all: 58.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot	1.17.1_3660	モデル構築
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G60

2g60

解像度: 1.86→41.52 Å / SU ML: 0.2045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0197
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2552	2008	5.02 %
R_work	0.2173	37980	-
obs	0.2192	39988	95.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→41.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3236	0	11	250	3497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0035	3327
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7265	4534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0488	506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.9305	1184

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.91	0.2992	122	0.2741	1967	X-RAY DIFFRACTION	71.96
1.91-1.96	0.2883	121	0.2517	2254	X-RAY DIFFRACTION	80.89
1.96-2.02	0.2683	124	0.2623	2546	X-RAY DIFFRACTION	90.79
2.02-2.08	0.298	137	0.2539	2793	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.08-2.16	0.3234	159	0.2505	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.16-2.24	0.2912	142	0.2401	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.34	0.2568	164	0.2368	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.47	0.2736	147	0.2456	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.62	0.2943	156	0.239	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.82	0.2497	136	0.2334	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.11	0.2963	130	0.2292	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.56	0.283	163	0.2087	2847	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.56-4.48	0.2077	172	0.1847	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.67
4.48-41.52	0.2193	135	0.1994	2999	X-RAY DIFFRACTION	97.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.60542288953	0.801231496795	-0.104956917971	3.27868782638	-0.0901913620662	1.92633710552	0.0340286234025	0.30125608221	0.214226876907	-0.172348220197	-0.0933724590705	0.271044072654	-0.145212734805	-0.190204077204	0.0628188823372	0.17741170079	0.0389006158269	-0.00523712379327	0.274157676745	-0.0529537804724	0.242714593616	22.8058896158	32.1660648665	-3.8256920579
2	0.414092649671	-0.710309624678	1.17846492009	3.3744888895	-1.69587265154	2.91656933276	0.388930900203	-1.98804462899	-0.786448205969	0.831307970675	-0.200516451758	0.58483417849	0.312690670997	-1.00174438618	-0.543525278132	0.73712498974	-0.28130308827	-0.0241743823677	1.36828613145	0.585210696813	0.74033492238	17.574695577	3.36688711623	17.9271767149
3	5.63425180439	-1.21589625302	5.70357853794	6.66239158615	-0.265563002685	5.91902992034	0.373215903772	-0.777817870876	-0.0204640736056	0.353277774115	-0.259352946388	-0.480801538693	0.101967081405	0.14831243102	-0.11218189478	0.836277692139	-0.572017364222	-0.222399343238	1.68904010234	0.313320340993	1.47544737608	16.3638097606	-9.05109954164	22.1761952253
4	4.09373910215	-0.0545262833079	2.32453555782	0.834324746581	-2.61974555006	8.93394156893	0.0380784874171	-0.285445512586	-0.0893769721421	-0.0284989696521	-0.0255496157295	-0.00122116248697	1.22199528591	0.112524357166	-0.0625071840294	0.354021666527	0.04394772236	0.0160464265745	0.336564302319	-0.0670368682451	0.222148545768	46.4106530179	20.2740262152	2.88074579116
5	5.22171671111	0.628154799115	0.345355889383	3.93386026062	0.0359374887752	1.58061641857	0.0784279817716	-0.317340834768	0.552899727638	0.102442382803	-0.02288534264	0.0856570303523	-0.178590469606	-0.0342586661859	-0.0795917277263	0.139143192739	-0.0106125590351	-0.0166264563701	0.257190064912	-0.0366644653116	0.216818650552	42.9917744414	32.8187048135	0.199128003731
6	1.90578262159	1.71069508863	0.246046360299	3.20182061089	-3.10972376316	6.48551626234	0.154427484693	-0.432541907876	0.345738244137	0.24194259901	0.185346579435	-0.239010972827	-0.311634167447	0.597216962899	-0.330962062367	0.158774055023	0.0194222044906	-0.038980424197	0.342473229663	-0.0650871645894	0.209202237786	49.3060826879	28.0859903209	5.43743348966
7	5.98829416475	0.115891595777	0.283986232649	5.40628756247	1.27755597025	6.80870055806	0.135514035536	0.458271952584	0.429473076724	-0.518320286893	-0.119872227532	0.167733305979	-0.069763296512	-0.391666620062	-0.0491982851574	0.139496395283	0.0101343129574	0.00700763617436	0.274956315824	0.00124444228792	0.175642342155	38.0842088815	27.3901472747	-4.97011895388
8	4.10534209948	-0.0954670741845	1.17310851631	4.01966527547	-1.58904469384	2.11896024748	0.407088202424	-0.348154585577	-0.797373826191	-0.548877014419	0.218593824333	0.705555316296	0.897064893378	-0.383191615937	-0.388695749479	0.569674060597	-0.0719774197972	-0.15811908997	0.287584981698	0.120724450328	0.434867150555	31.7373702687	3.02879531719	8.61914095587

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 119 through 213 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 214 through 215 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 1 through 25 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 26 through 66 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 67 through 90 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 91 through 109 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 110 through 224 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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