PDB-7pqf: Crystal structure of Campylobacter jejuni DsbA2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pqf

タイトル

Crystal structure of Campylobacter jejuni DsbA2

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA/DsbL

キーワード

OXIDOREDUCTASE / periplasmic / disulfide bond / thioredoxin fold / posttranslational modification

機能・相同性

Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / Thiol:disulfide interchange protein DsbA/DsbL

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Wilk, P. / Banas, A.M. / Bocian-Ostrzycka, K.M. / Jagusztyn-Krynicka, E.K.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Interplay between DsbA1, DsbA2 and C8J_1298 Periplasmic Oxidoreductases of Campylobacter jejuni and Their Impact on Bacterial Physiology and Pathogenesis.
著者: Banas, A.M. / Bocian-Ostrzycka, K.M. / Dunin-Horkawicz, S. / Ludwiczak, J. / Wilk, P. / Orlikowska, M. / Wyszynska, A. / Dabrowska, M. / Plichta, M. / Spodzieja, M. / Polanska, M.A. / ...

履歴

登録	2021年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pqf.cif.gz	113.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pqf.ent.gz	72.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pqf_validation.pdf.gz	410.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pqf_full_validation.pdf.gz	411.6 KB	表示
XML形式データ	7pqf_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	7pqf_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pq7SC 7pq8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gha-d 3gh9-d 4mzs-2 4ktc-1 3khw-2 2lha-d 2xqq-2 1iwd-d 3eu3-d 4yte-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA/DsbL

23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.491, 43.491, 196.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA/DsbL 分子量: 23385.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: BCB47_05860, DPG08_09260, EC071_03680, F8Y55_09670, F9778_05070, FVY60_01405, FW488_04095, FZ445_05600, FZ732_06725, GNO00_06025, GXA88_04900, GXS76_000976 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: A0A1J6UFJ6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: LMB F5 condition (29% w/v PEG 4000, 0.1M Sodium citrate, 0.1M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M Ammonium sulfate, pH 6.5). Starting protein concentration 130 mg/ml.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月18日
放射	モノクロメーター: double-channel cut fixed-exit monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→39.26 Å / Num. obs: 20471 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.86 % / B_iso Wilson estimate: 33.58 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_rim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.81→1.92 Å / 冗長度: 13.89 % / R_merge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 3072 / CC_1/2: 0.632 / R_rim(I) all: 0.2817 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PQ7

7pq7

解像度: 1.82→37.66 Å / SU ML: 0.2754 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.0378
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2347	1017	5 %
R_work	0.199	19333	-
obs	0.2008	20350	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→37.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1554	0	0	107	1661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	1616
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0128	2186
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0559	231
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	283
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.3406	1373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.91	0.4111	135	0.3973	2588	X-RAY DIFFRACTION	96.02
1.91-2.03	0.3138	143	0.2812	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.03-2.19	0.2853	144	0.2383	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.19-2.41	0.2826	144	0.2188	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.41-2.76	0.2586	145	0.2015	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.76-3.47	0.2724	148	0.2061	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.47-37.66	0.1736	158	0.163	2995	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.229398695827	-0.138001861555	0.0796787212327	0.677486879179	-0.301287901086	0.122268980433	0.356880218269	-0.0611266366684	0.380519611181	0.310203478142	0.153715546571	0.135671320121	-0.712200346746	-0.458659565402	0.00810239048438	0.521439877814	0.0953139167214	0.186154511126	0.508361621705	0.105598526505	0.464826988078	11.6099141749	8.41515720456	-21.0369354169
2	0.283064836744	-0.368271751973	-0.258420283058	0.625719758286	0.00540442111399	0.411220967881	0.0705543553792	0.0969509537156	0.0318784911643	-0.341268717011	0.0295804355195	-0.221261022454	-0.00226840858996	0.082241373002	-0.000197626768982	0.436232233599	-0.033120774126	0.0624281719322	0.331507311177	-0.00414604813693	0.382041304773	22.2560482584	-6.76204889652	-22.5686459749
3	0.275208010914	-0.213225126129	-0.66717400042	0.606527580727	0.282188190532	1.56482457342	-0.0579584268852	-0.183235380809	0.0121202918728	0.0326724979834	0.0251524438769	-0.00502138605998	-0.192717216713	0.159861794054	0.00154425990864	0.341775251643	-0.0614057310031	0.0420501211196	0.286887022752	0.00946291649467	0.336922020113	20.6822847498	-6.67674340663	-10.735442765
4	0.0646598438724	0.274500002931	-0.228661884401	0.959379526131	-0.706242952824	0.64608434078	-0.476349388768	0.037778058313	-0.0989227317821	-1.09776275411	0.0887913508397	-0.408671819209	0.197477658878	0.418818438338	-0.0266327541851	0.371617405271	-0.00095206188589	0.105099958062	0.364292251456	-0.0105191196634	0.418208564684	27.7776393131	-11.5220843913	-15.5614642923
5	1.85894517328	0.278227098229	-1.84117998187	1.06138679374	0.114879506242	2.07052873803	-0.631532953144	-0.134479896233	-0.398362336008	-0.316135777552	0.0713015974539	-0.0647374967587	1.16266514472	0.307821995488	-0.6061286612	0.632905361166	-0.00420204613915	0.127231323422	0.230910803639	-3.50283705697E-5	0.453160497924	19.5918179243	-23.2549338401	-10.3184282769
6	0.51388511159	0.614526287905	-0.112795087809	2.68602096331	0.108846073309	0.0578155440235	-0.302807695398	-0.450198945549	0.314083987441	1.47000989902	0.168419558091	-0.0563865351351	0.721417671102	0.550035508048	-0.00705307456704	0.45868001733	0.0677347167496	-0.0176348437948	0.411996980923	0.0185966474711	0.323480714728	24.5395769561	-13.2430674075	2.07762893311
7	0.0157578578755	-0.120010459041	0.0365001736056	0.449129972945	-0.166472632037	0.0501131567833	-0.0607218315812	-0.221743949615	0.306432847934	0.153376368345	0.0170020992774	0.200835235955	-0.50622936147	-0.53641219698	-0.00113388860833	0.381572111787	0.0112579948363	0.033108484829	0.38256016627	-0.00122084715569	0.369357499472	12.2784670105	-2.79040093718	-9.92492478423
8	0.574012041839	-0.00976245864992	-0.14137516967	0.296789192266	-0.192096874388	0.156974441669	0.275812497422	0.395176816794	-0.0894628214196	-0.269806182897	-0.131324514702	-0.164931124389	-0.400893670963	-0.406046859895	0.0190175670455	0.591417480438	0.0362312432594	0.0937044302255	0.357043061834	0.038263458995	0.355348254196	14.5873683787	1.77623885126	-24.8248204529
9	0.372014535893	-0.170209026107	0.217578707528	0.159008302846	-0.0472808242159	0.149466654565	0.493236492713	0.739604988119	0.647794618627	-0.518255675919	-0.413172458404	-0.377088824062	-0.38380403222	-0.0615107604385	0.0109481342653	0.5951301352	0.0684920149233	0.120737772048	0.332470660137	0.0978699552902	0.424351589681	21.7948484191	7.62895878681	-28.2704436442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 19 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 105 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 106 through 128 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 129 through 141 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 161 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 162 through 181 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 182 through 194 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)