PDB-2lha: Solution structure of C2B with IP6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lha

タイトル

Solution structure of C2B with IP6

要素

Synaptotagmin-1

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Protein-Drug complex / Beta-sheet protein / Calcium binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / regulation of regulated secretory pathway / spontaneous neurotransmitter secretion / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) ...clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / regulation of regulated secretory pathway / spontaneous neurotransmitter secretion / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / chromaffin granule membrane / dense core granule / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / vesicle docking / exocytic vesicle / regulation of exocytosis / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / vesicle organization / protein heterooligomerization / vesicle fusion / positive regulation of dopamine secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / membraneless organelle assembly / syntaxin-1 binding / Neurexins and neuroligins / clathrin binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / phosphatidylserine binding / presynaptic active zone / postsynaptic cytosol / excitatory synapse / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / presynaptic cytosol / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / SNARE binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / molecular condensate scaffold activity / synaptic vesicle membrane / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / axon / lipid binding / calcium ion binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Joung, M. / Mohan, S.K. / Yu, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Molecular Level Interaction of Inositol Hexaphosphate with the C2B Domain of Human Synaptotagmin I
著者: Joung, M. / Mohan, S.K. / Yu, C.

履歴

登録	2011年8月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月27日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2020年10月14日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_nmr_software / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nmr_software.name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lha.cif.gz	540.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lha.ent.gz	454.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/2lha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/2lha	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5t0s-d 2okm-d 1tjx-d 2g2x-1 3obq-d 6tz3-d 6u4w-d 6g7v-d 6qmi-d 5ml2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17838

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (6) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (6)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (5)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (5)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (5)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Synaptotagmin-1

ヘテロ分子

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65 分子量: 17352.201 Da / 分子数: 1 / 断片: C2B domain, UNP residues 272-422 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYT1, SVP65, SYT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21579
#2: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆

-
実験

実験

手法: 溶液NMR / 詳細: C2B-IP6 COMPLEX

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D C(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	3D HBHA(CO)NH
1	7	1	3D HN(CO)CA
1	8	1	3D H(CCO)NH
1	9	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	10	1	3D 1H-15N NOESY
1	11	1	3D 1H-13C NOESY
1	12	1	3D (H)CCH-COSY

-
試料調製

詳細

内容: 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 1.1 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE-2, 150 mM sodium chloride-3, 20 mM MES-4, 2 mM DTT-5, 2 mM Calcium Chloride-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.0 mM	protein-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
1.1 mM	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE-2		1
150 mM	sodium chloride-3		1
20 mM	MES-4		1
2 mM	DTT-5		1
2 mM	Calcium Chloride-6		1

試料状態

イオン強度: 0.15 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian varian / 製造業者: Varian / モデル: varian / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
ARIA	1.2	Linge, O'Donoghue and Nilges	構造決定
Sparky		Goddard	chemical shift assignment
Sparky		Goddard	peak picking
Sparky		Goddard	データ解析
VnmrJ		Varian	collection
VnmrJ		Varian	解析
ARIA			精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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