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- PDB-6u4w: 1.4 A structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (D366E) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u4w
タイトル1.4 A structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (D366E)
要素Synaptotagmin-1
キーワードEXOCYTOSIS / C2 domain / C2B / Greek Key / Baker-Gordon syndrome
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of regulated secretory pathway / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane ...clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of regulated secretory pathway / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / chromaffin granule membrane / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / exocytic vesicle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / vesicle organization / vesicle docking / protein heterooligomerization / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of dopamine secretion / regulation of exocytosis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / vesicle fusion / dense core granule / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / membraneless organelle assembly / neurotransmitter secretion / presynaptic active zone / Neurexins and neuroligins / syntaxin-1 binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / phosphatidylserine binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / excitatory synapse / detection of calcium ion / postsynaptic cytosol / positive regulation of synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / presynaptic cytosol / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / molecular condensate scaffold activity / calcium-dependent protein binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / axon / lipid binding / calcium ion binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Dominguez, M.J. / Bradberry, M.M. / Chapman, E.R. / Sutton, R.B.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for Synaptotagmin-1-Associated Neurodevelopmental Disorder.
著者: Bradberry, M.M. / Courtney, N.A. / Dominguez, M.J. / Lofquist, S.M. / Knox, A.T. / Sutton, R.B. / Chapman, E.R.
履歴
登録2019年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2785
ポリマ－17,8941
非ポリマー3844
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.390, 54.390, 103.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 17893.846 Da / 分子数: 1 / 変異: D366E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: brain / 遺伝子: SYT1, SVP65, SYT / プラスミド: p202 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21579
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→27.91 Å / Num. obs: 35752 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 12.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 1.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1747 / CC1/2: 0.698 / Rrim(I) all: 1.499 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB-REDO精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UOW

1uow


解像度: 1.4→27.91 Å / SU ML: 0.2022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7741
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 1854 5.22 %
Rwork0.1866 33648 -
obs0.188 35502 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→27.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1193 0 20 110 1323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01051333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11631810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0912196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9278519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.440.78591250.56822469X-RAY DIFFRACTION96.18
1.44-1.480.40931270.33672547X-RAY DIFFRACTION98.16
1.48-1.530.30841450.23622503X-RAY DIFFRACTION98.62
1.53-1.580.21871380.21532562X-RAY DIFFRACTION99.01
1.58-1.650.2341110.19192597X-RAY DIFFRACTION99.34
1.65-1.720.18471420.17622563X-RAY DIFFRACTION99.27
1.72-1.810.20551630.15872594X-RAY DIFFRACTION99.93
1.81-1.930.21581120.1412593X-RAY DIFFRACTION99.89
1.93-2.070.19721400.1422598X-RAY DIFFRACTION99.96
2.07-2.280.18591850.15092583X-RAY DIFFRACTION99.89
2.28-2.610.18581630.16142614X-RAY DIFFRACTION99.57
2.61-3.290.21351410.19712648X-RAY DIFFRACTION99.89
3.29-27.910.18681620.18242777X-RAY DIFFRACTION99.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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