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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pkn | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the human CCAN deltaCT complex | ||||||||||||
![]() | (Centromere protein ...) x 11 | ||||||||||||
![]() | CELL CYCLE / Kinetochore / chromosome segregation / centromere | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process ...positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / kinetochore assembly / inner kinetochore / mitotic sister chromatid segregation / centriolar satellite / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / NRIF signals cell death from the nucleus / mitotic spindle organization / positive regulation of epithelial cell proliferation / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / Separation of Sister Chromatids / actin cytoskeleton / chromosome / nuclear body / cell adhesion / cell division / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / signal transduction / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
![]() | Muir, K.W. / Yatskevich, S. / Bellini, D. / Barford, D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the human inner kinetochore bound to a centromeric CENP-A nucleosome. 著者: Stanislau Yatskevich / Kyle W Muir / Dom Bellini / Ziguo Zhang / Jing Yang / Thomas Tischer / Masa Predin / Tom Dendooven / Stephen H McLaughlin / David Barford / ![]() 要旨: Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron ...Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron microscopy structures of the human inner kinetochore constitutive centromere associated network (CCAN) complex bound to CENP-A reconstituted onto α-satellite DNA. CCAN forms edge-on contacts with CENP-A, and a linker DNA segment of the α-satellite repeat emerges from the fully wrapped end of the nucleosome to thread through the central CENP-LN channel that tightly grips the DNA. The CENP-TWSX histone-fold module further augments DNA binding and partially wraps the linker DNA in a manner reminiscent of canonical nucleosomes. Our study suggests that the topological entrapment of the linker DNA by CCAN provides a robust mechanism by which kinetochores withstand both pushing and pulling forces exerted by the mitotic spindle. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 465.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 353.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 803.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 820.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 101.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 13473MC ![]() 7pb4C ![]() 7pb8C ![]() 7piiC ![]() 7r5rC ![]() 7r5sC ![]() 7r5vC ![]() 7ywxC ![]() 7yyhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Centromere protein ... , 11種, 11分子 HIKLMNOPQUR
#1: タンパク質 | 分子量: 28520.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 86820.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 31696.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 39039.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 19761.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 39609.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 33830.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 33210.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 30648.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 47609.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 20228.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/HOH.gif)
#12: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human inner kinetochore CCAN / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 569755 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 187.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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